원고의 청구를 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 2015. 5. 22. 피고에게 통영시 C 지상 다세대주택 및 상가(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 건축공사를 도급하였다.

공사대금은 부가가치세 118,181,818원을 포함하여 1,300,000,000원으로 정하였다.

나. 피고는 원고로부터 공사대금을 받은 뒤 원고에게 합계 1,300,000,000원의 세금계산서를 발행하였고, 위 부가가치세를 진주세무서에 납부하였다.

다. 그런데 이 사건 건물 중 다세대주택 부분은 부가가치세 면세대상이었다.

원고는 이를 알고 진주세무서에 부가가치세 경정청구와 환급신청을 하였으나 환급받지 못하였다. 라.

피고는 2018. 6. 11. 원고에게 과세 대상 부분에 관한 311,350,000원의 수정 세금계산서(공급가액 283,045,454원, 부가가치세 28,304,546원)와 면세 대상 부분에 관한 수정 세금계산서(공급가액 898,772,727원)를 발행하였고, 원고는 위 과세 대상 부분에 관한 수정 세금계산서를 이용하여 부가가치세 28,304,546원을 환급받았다.

마. 피고는 진주세무서에 수정신고를 하였고, 진주세무서는 2015년 2기 분에 대하여 가산세 3,505,897원을 부과한 뒤 16,996,155원을 환급하고, 2016년 1기분에 대하여 가산세 14,165,496원을 부과하고 기존 매입세액 공제액 54,314,511원 또한 납부를 명하며, 2017년 1기분에 대하여 가산세 6,659,010원을 부과하고, 46,228,314원을 환급하는 것으로 경정하였다.

이에 따라 진주세무서는 총 환급금 63,224,469원 중 피고의 체납액 에 충당된 54,314,511원을 뺀 나머지 8,909,958원을 피고에게 실제로 돌려주었다.

바. 피고는 이 사건 소 제기 이후인 2019. 9. 16. 원고 앞으로 8,909,958원과 이에 대한 지연손해금의 합계 9,393,433원을 변제공탁하였다

(대구지방법원 2019 금 제5738호). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 11호증, 을 제1...