조심 2009구2349 (2010.06.21)

양도

경정

자동차매매사업용 토지에 건축물이 있는 경우 지방세법 시행령 제131조의2 제1항 제2호 및 같은 조 제3항 제6호에 따라 산정한 면적 중 큰 면적을 사업용토지로 봄

소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

국심2003전3759/조심2008서2185

조심2009서2177 / 조심2019서4352

1. 처분개요

가. 청구인은 1973.3.24 취득한 OOO 대지 1,572.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 위 지상 건물 124.96㎡(자동차관련시설 93.6㎡, 주택 31.36㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 2007.1.5. 양도하고 실가(양도가액 1,100백만원, 취득가액 1,015,530,777원)로 2007년 귀속 양도소득세 22,168,880원을 신고․납부하였다.

그 내용을 보면 쟁점토지의 취득가액은 환지예정지로 지정된 토지의 토지등급을 적용함에 있어 환지 전 구 토지대장상의 토지등급을 적용하고, 면적은 환지 전의 면적을 적용하여 취득가액을 환산하고, 쟁점건물 연면적 125㎡의 3배인 375㎡를 초과한 1,197.8㎡는 비사업용토지로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사에서 쟁점토지의 양도가액을 1,330백만원으로 확인하고, 취득가액을 환산함에 있어서 환지예정지 지정에 따라 취득시 적용할 1990.8.30. 현재의 토지등급을 1990.9.1. 설정된 잠정등급(209)을 적용하여 취득가액을 33,383,753원으로 환산하고, 비사업용토지 면적은 「경상북도 자동차관리업 등록기준에 관한 조례」(이하 “경상북도 조례”라 한다)에 의한 자동차매매업 등록 최소기준인 330㎡의 1.5배를 적용한 495㎡의 초과면적인 1,077.8㎡로 하여 2009.3.16. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 739,254,000원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 취득가액 환산시 적용되는 「소득세법 시행령」 제164조 제4항에 규정된 산식 중 1990.8.30. 현재에 적용될 토지등급이 구 토지대장상에는 존재하지 아니하나 1987.8.1. 수정결정된 121등급이 수정결정되기 전까지는 그대로 계속 적용되어야 하며, 행정관청이 1987.8.1. 이후 쟁점토지에 대하여 토지등급을 수정하거나 설정하지 아니한 것은 구 토지대장상 등급(121)이 그 당시의 토지정황을 반영한 것으로 보았기 때문임에도 처분청이 쟁점토지에 대하여 1990.8.30. 현재의 토지등급인 121등급을 적용하지 아니하고 1990.9.1. 설정된 209등급을 소급하여 적용한 것은 부당하다

(2) 경상북도 조례에 의거 자동차매매업 등록기준 면적인 330㎡를 최소면적기준으로 보아 동 면적의 1.5배인 495㎡만을 사업용토지로 본 것은 법령을 잘못 해석한 것이며, 청구인은 1997년 12월부터 쟁점부동산을 자동차매매업 용도로 사용하였고 쟁점토지 전체에 대하여 재산세(별도합산)를 납부한 사실이 있으므로 쟁점토지 전체를 사업용토지로 보아야 하며, 다른 한편으로는 자동차매매업 등록기준 면적인 330㎡의 1.5배인 495㎡만을 사업용토지로 분류하여야 한다면, 쟁점토지 1,572.8㎡중 495㎡를 제외한 1,077.8㎡에 대하여는 「소득세법 시행령」 제168조의11 제1항 제13호에 의한 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지의 양도에 해당되므로 비사업용토지의 범위에서 660㎡를 추가로 제외함이 타당하다.

(3) 쟁점토지는 청구인의 의사와 관계없이 국가 시책의 일환으로 1990년 환지처분으로 인하여 지번과 지목이 변경되었는 바, 이는 경제적 실질측면에서 「소득세법」 제88조에 의한 교환에 해당하는 것으로 원시취득한 문경시 모전동 207의 답을 구획정리시행기관에 양도하고 동소 864-5의 대지를 구획정리시행기관으로부터 취득한 것으로, 양도소득세 계산은 첫째, 1973년 취득시부터 환지처분 확정일까지 기간에 대해 양도소득세를 계산하고, 둘째 환지처분확정일부터 양도일까지의 기간에 대해 양도소득세를 계산한 다음 이를 합산한 가액을 최종 납부할 세액으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법 시행령」 제164조 제4항은 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」에 의하여 1990.8.30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 소정의 산식에 의하여 계산한 가액으로 산정하고, 토지구획정리사업의 시행으로 환지예정지가 지정된 경우 토지구획정리사업지구 내의 토지에 대한 과세시가표준액은 환지예정지가 지정되기 전에 설정된 토지등급의 유무에 불구하고 환지예정지가 지정된 다음에 새로이 설정된 잠정등급에 의하여 그 가액을 산정하여야 할 것인 바(대법원 2005두9699, 2007.2.8.), 쟁점토지는 토지구획정리사업으로 환지예정지의 지정으로 토지의 지목․품위 또는 정황이 현저히 달라졌음에도 시장․군수가 등급을 곧바로 설정하지 아니한 경우로서 환지예정지가 지정되기 전에 설정된 토지등급의 유무에 불구하고 환지예정지가 지정된 다음에 새로이 설정된 잠정등급(1990.9.1. 설정 209등급)을 적용하여야 하므로 동 등급을 적용한 당초 처분은 정당하다

(2) 자동차매매사업용 토지에 건축물이 있는 경우 「지방세법 시행령」 제131조의2 제1항 제2호와 같은 조 제3항 제6호에 따라 산정된 면적 중 큰 면적을 사업에 사용하는 토지로 보아 「소득세법」 제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의6의 규정을 적용하는 것이므로 경상북도 조례 제4조에 규정된 자동차매매업 등록기준인 330㎡의 1.5배를 적용하여 495㎡를 사업용토지로 본 것은 정당하며, 문경시청에서 쟁점토지 중 495㎡는 별도합산으로 나머지 1,077.8㎡는 종합합산으로 하여 재산세를 과세한 것으로 보아 더욱 그러하며, 또한 청구인은 비사업용토지로 본 1,077.8㎡중 「소득세법 시행령」제168조의11 제1항 제13호에 의하여 660㎡는 비사업용토지에서 추가로 제외하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제168조의11 제1항 제13호는 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지로서 주택신축의 가능여부 등을 고려하여 기획재정부령이 정하는 기준에 해당하는 660㎡ 이내의 토지에 대하여만 적용되는 것이므로 청구인이 쟁점토지를 자동차매매업 사업장으로 사용하고 있었으므로 청구주장은 이유없다.

(3) 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 먼저 1973년 취득시부터 환지처분 확정일까지 기간에 대해 양도소득세를 계산하고, 다음 환지처분확정일부터 양도일까지의 기간에 대해 양도소득세를 계산하여 이를 합산한 가액으로 하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 취득시점부터 양도시점까지 소유권변동이 없이 환지만 된 경우이므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 환지 전에 취득한 토지를 환지 후에 양도할 경우 취득가액 환산산식 적용시 1990.8.30. 적용 토지등급을 1990.8.30. 당시 등급이 아닌 1990.9.1. 설정된 등급을 적용한 처분의 당부

(2) 자동차매매업을 영위한 사업용토지 면적 산정시 자동차매매업 등록기준 면적 330㎡의 1.5배를 적용하여 495㎡로 하여야 하는지 아니면 쟁점토지 전체로 하여야 하는지 여부 및 청구인이 주택을 소유하지 아니한 1세대로서 나지를 소유한 것으로 보아 660㎡를 비사업용토지에서 추가로 제외할 수 있는지 여부

(3) 쟁점토지의 양도를 원시취득한 후 사업시행기관에 양도하였다가 다시 매수자에 양도하는 형식으로 양도단계를 구분하여 과세방법을 달리할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.

⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】② 법 제114조 제7항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액” 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가

제3항 제1호의 매매사례가액 × ───────────────

또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규 정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제7항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다.(단서 생략)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】③ 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다.

④ 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 「지방세법」상 시가표준액을 말한다.

1990년 1월 1일을 취득당시의 시가표준액

기준으로 한 × ───────────────────

개별공시지가 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과

그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을

2로 나누어 계산한 가액

(3) 소득세법 시행규칙 제77조 【환지예정지 등의 양도 또는 취득가액의 계산】① 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우 「도시개발법」 또는 「농어촌정비법」 등에 의한 환지지구내 토지의 양도 또는 취득가액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984년 12월 31일 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 제2호의 산식에 의한다.

1. 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지처분된 토지를 양도한 경우

가. 양도가액

환지예정(교부)면적×양도당시의 단위당 기준시가

나. 취득가액

종전토지의 면적×취득당시의 단위당 기준시가

2. 환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우

가. 양도가액

환지예정(교부)면적×양도당시의 단위당 기준시가

나. 취득가액

환지예정면적×취득당시의 단위당 기준시가

③ 제1항 제1호 및 제2항의 경우에 환지사업으로 인하여 감소되는 토지의 면적에 대한 가액은 자본적지출로 계상하지 아니한다.

(4) 구 지방세법 시행령 제80조 【과세시가표준액의 결정】 ① 토지ㆍ건물 및 선박의 과세시가표준액은 다음 각호의 가격 또는 가액으로 한다.

1. 토지

매년 1회 조례로써 정하는 날 현재 제80조의2의 규정에 의하여 결정된 토지등급가격(이하 “토지등급가격”이라 한다)으로 하되, 등급이 없는 토지 또는 그 정황이 현저하게 달라진 토지는 새로이 설정 또는 그 정황이 현저하게 달라진 토지는 새로이 설정 또는 수정된 등급가격.

제80조의2 【토지등급의 결정 등】 ① 시장ㆍ군수는 토지에 대하여 토지의 지목, 품위 또는 정황에 따라 등급을 설정하고 이를 토지대장, 임야대장 및 과세대장에 등재하여야 한다.

② 시장ㆍ군수는 제1항의 규정에 의하여 등급이 설정된 토지가 그 지목ㆍ품위 또는 정황이 현저하게 달라진 경우에는 그 토지의 지목 또는 정황과 유사한 토지의 등급에 준하여 토지등급을 수정할 수 있다.

③ 시장ㆍ군수가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 등급을 설정하거나 수정하고자 할 때에는 내무부령이 정하는 바에 따라 도지사의 승인을 받아야 한다.

(5) 구 지방세법 시행규칙 제46조【토지구획정리사업 등 특정사업지구내 토지의 잠정등급 결정】① 시장․군수는 토지구획정리사업법의 규정에 의한 토지구획정리사업과 농촌근대화촉진법의 규정에 의한 농지개량사업 및 기타 법령에 의한 개발사업 등으로 환지예정지 또는 일시이용지 등이 지정된 경우에는 그 사업지구 내의 토지에 대하여 잠정적으로 토지등급(이하 “잠정등급”이라 한다)을 설정하여야 한다

② 잠정등급을 설정한 토지가 이용상황이나 주변환경 기타 자연적․사회적 조건이 현저하게 달라진 경우에는 그 토지의 이용상황이나 주변환경 기타 자연적․사회적 조건이 유사한 토지의 등급에 준하여 잠정등급을 수정할 수 있다

(6) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

4. 농지，임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지

(7) 소득세법 시행령 제168조의11 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

13. 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지[裸地(제1호 내지 제12호에 해당하지 아니하는 토지로서 어느 용도로도 사용되고 있지 아니한 토지를 말한다)]로서 주택 신축의 가능여부 등을 고려하여 재정경제부령이 정하는 기준에 해당하는 토지(660제곱미터 이내에 한한다)

(8) 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

(9) 지방세법 시행령 제131조의2 【별도합산과세대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지

가. 법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다.

2. 준주거지역ㆍ상업지역 적용배율 3배

③ 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

6. 「자동차관리법」에 의하여 자동차관리사업의 등록을 한 자가 그 시설기준에 따라 사용하는 자동차관리사업용 토지(자동차정비사업장용ㆍ자동차폐차사업장용ㆍ자동차매매사업장용 또는 자동차경매장용 토지에 한한다)로서 그 시설의 최저면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

(10) 경상북도 자동차관리사업 등록기준에 관한 조례 제4조【매매업의 등록기준】① 자동차매매업(이하 “매매업”이라 한다)의 등록기준은 다음 각호와 같다

1. 연면적 330제곱미터이상의 자동차 전시용 시설과 사무실을 갖출 것

2. 사업장 너비 12미터 이상의 도로에 접할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 신고서, 경정결의서 등에 의하면 청구인이 1973.3.24. 취득한 쟁점토지를 2007.1.5. 양도하고 양도가액은 실지거래가액인 1,100백만원으로 취득가액은 「소득세법 시행령」제164조 제4항 및 제176조의2의 규정에 의한 환산가액인 1,015,530,777원으로 하고 쟁점토지 중 1,197.8㎡(쟁점건물 연면적 125㎡의 3배인 375㎡를 제외한 면적)를 비사업용토지로 보아 양도소득세신고를 한데 대하여, 처분청은 양도가액을 1,330백만원으로 확인하고 취득가액은 같은 시행령 제164조 제4항의 산식 중 1990.8.30. 현재의 시가표준액 계산시 청구인이 적용한 토지등급 121등급을 부인하고 209등급을 적용하여 기준시가를 산정한 후 다시 양도가액으로 환산한 33,383,753원으로 하고, 비사업용토지 면적은 자동차매매업 등록기준 면적인 330㎡의 1.5배를 적용한 495㎡의 초과면적 1,077.8㎡로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 나타난다.

(2) 등기부등본, 토지대장, 건축물 관리대장 등에 의하면 쟁점토지는 1973.3.24. 청구인이 취득할 당시는 OOO 207 답 3,140㎡로 되어 있었으며, 1988.3.2. OOO으로 환지예정지구공고가 된 후 1990.9.1. 구획정리가 완료되고 환지가 확정되어 경상북도 문경시 모전동 864-5 대지 1,572.8㎡로 되었으며, 쟁점토지에 대한 토지등급을 보면 1984.7.1. 수정 119등급, 1986.8.1. 수정 120등급, 1987.8.1. 수정 121등급, 1990.9.1. 설정 209등급으로 나타나며, 관련 법령에 의하면 당시 토지등급 정기조정 시기는 1986～1987년은 매년 8.1., 1988년 이후는 매년 1.1. 이루어지는 것으로 되어 있고, 쟁점건물은 쟁점토지 지상에 124.96㎡(자동차관련시설 93.6㎡, 주택 31.36㎡)가 건축되어 있으며 자동차매매업에 사용된 것으로 나타난다.

쟁점토지에 1990.9.1. 설정된 토지등급 209에 대하여 처분청은 잠정등급이라고 주장하고 있는 반면, 청구인은 1987.8.1. 121등급으로 토지등급이 수정된 이후 등급수정이 없다가 1990.9.1. 토지등급이 209등급으로 설정된 것이라고 주장하고 있고, 쟁점토지에 대하여 1995.11.11. 문경시장이 발급한 ‘토지잠정등급확인원’ 사본에 의하면 1990.9.1. 잠정등급을 209등급으로 설정한 것으로 되어 있어 우리원에서 쟁점토지에 대하여 토지등급 수정 등에 대한 정확한 사실을 확인하기 위하여 문경시청에 요청[상임심판관(3)-761, 2009.10.19.]하여 회보받은 자료(세무과-10250, 2009.10.21.)에 의하면, 쟁점토지에 대하여 1987.8.1.부터 1990.8.31.까지의 토지등급 수정내역 및 재산세 부과내역, 잠정등급조사, 잠정등급 설정 및 변동 내역, 잠정등급 적용기간 등에 대한 요청에 대하여 문경시장은 재산세 부과내역은 문서보존기한 경과로 확인할 수 없으며, 토지등급에 대하여는 1987.8.1. 121등급으로 수정된 이후 변동이 없다가 1990.9.1. 209등급으로 설정되었으며, 1987.8.1. 이후부터 1990.9.1. 전까지 기간 중에는 잠정등급 설정이 없었던 것으로 나타난다.

(3) 쟁점토지에 대하여 문경시장이 대구지방국세청장에게 보낸 ‘재산세(토지) 과세대상 구분 정정’(세무과-496, 2009.1.14.) 공문에 의하면, 2005과세연도에 쟁점토지 1,572.8㎡ 중 종합합산과세 1,077.8㎡, 별도합산과세 495㎡(자동차매매사업장용 토지면적)로 기재되어 있다.

(4) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점토지의 취득가액 환산시 적용되는 「소득세법 시행령」 제164조 제4항에 규정된 산식 중 1990.8.30. 현재에 적용될 토지등급이 구 토지대장상에는 존재하지 아니하나 1987.8.1. 수정결정된 121등급이 수정결정되기 전까지는 그대로 계속 적용되어야 하며, 행정관청이 쟁점토지에 대하여 토지등급을 수정결정하지 아니한 것은 구 토지대장상 등급(121)이 그 당시의 토지정황을 반영한 것으로 보았기 때문임에도 처분청이 쟁점토지에 대하여 1990.8.30. 현재의 토지등급인 121등급을 적용하지 아니하고 1990.9.1. 설정된 209등급을 소급하여 적용한 것은 부당하다고 주장하는 반면, 처분청은 1990.8.30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 같은 령 제164조 제4항에 규정된 산식에 의하여야 하고, 토지구획정리사업의 시행으로 환지예정지가 지정된 경우 토지구획정리사업지구 내의 토지에 대한 과세시가표준액은 환지예정지가 지정되기 전에 설정된 토지등급의 유무에 불구하고 환지예정지가 지정된 다음에 새로이 설정된 잠정등급(1990.9.1. 설정 209등급)을 적용하는 것이므로 1990.8.30. 현재의 시가표준액 계산시 209등급을 적용한 것은 타당하다고 주장하고 있다.

(나) 「구 지방세법 시행령」 제80조 제1항 제1호 및 제80조의2 제2항의 규정에 의하면 토지의 과세시가표준액은 매년 1회 조례로서 정하는 날 현재 시장ㆍ군수가 토지의 지목ㆍ품위 또는 정황에 따라 등급을 설정하여 이를 토지대장ㆍ임야대장 및 과세대장에 등재함으로써 결정되는 토지등급가격으로 하고, 시장ㆍ군수는 등급이 설정된 토지가 그 지목ㆍ품위 또는 정황이 현저하게 달라진 경우에는 그 토지의 지목ㆍ품위 및 정황과 유사한 토지의 등급에 준하는 토지등급을 수정결정할 수 있는 것으로 규정되어 있고, 같은법 시행규칙 제46조에 의하면 시장ㆍ군수는 토지구획정리사업법의 규정에 의한 토지구획정리사업의 시행으로 환지예정지가 지정된 경우에는 그 사업지구내의 토지에 대하여 잠정적으로 적용할 토지등급(잠정등급)을 설정하여야 한다고 규정되어 있다.

(다) 토지등급의 조정업무를 관장하는 내무부의 해석(내무부 세정13407-1388, 1995.12.30.)에 의하면, “토지등급의 조정요인이 없어 토지등급을 조정하지 아니함으로 인하여 당해 연도의 토지등급을 조정한 사실이 없는 경우에는 직전에 조정된 등급을 당해 연도의 토지등급으로 본다”고 되어 있는 바, 이의 의미는 토지등급의 정기 조정시(1984.7.1. 이후 : 매년 7월 1일 연 1회, 1986년 및 1987년 : 매년 8월 1일 연 1회, 1988년 이후 매년 1월 1일 연 1회)에는 특단의 사정(예 : 도로 편입 등)이 없는 한 전국의 모든 토지에 대하여 예외 없이 그 등급을 조정하여야 하나 종전의 가격과 변동이 없는 토지의 경우 그 등급을 조정하더라도 종전과 같은 등급이 유지될 것이 확실하여 단지 행정편의상 그 등급조정의 절차만을 생략한 데 있다 할 것이고 비록 그 등급의 조정사실이 토지대장상에 기재되어 있지 않았다 하더라도 당해 토지에 대한 토지등급의 조정은 있었다고 봄이 타당하다 할 것이므로 토지등급의 변동이 없어 별도로 토지등급을 수정결정하지 않는 경우에는 그 날 종전의 토지등급과 동일하게 결정되었다고 보아야 할 것이다(대법원 2000두6138, 2000.12.22. ; 국심 2003전3759, 2004.5.17. 같은 뜻).

(라) 살피건대, 「소득세법 시행령」제164조 제4항은 ‘「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 1990.8.30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득 당시의 기준시가는 다음의 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 「지방세법」상 시가표준액을 말한다’라고 규정하고, 그 산식으로 ‘1990.1.1.을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득 당시의 시가표준액 ÷ (1990.8.30. 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 금액)’을 규정하고 있다. 여기서 ‘1990.8.30. 현재의 시가표준액’ 이라 함은 문언 그대로 1990.8.30. 현재의 시가표준액을 가리키는 것으로 해석되므로 1990.8.30. 이외의 시가표준액은 적용할 수 없다 할 것이다.

쟁점토지의 경우 관련 법령에 의한 토지등급의 정기조정결정 시기인 1987.8.1. 121등급으로 수정결정된 이후 정기조정결정은 물론 잠정등급의 설정도 없다가 1990.9.1. 209등급이 설정된 것으로 나타나는 바, 토지대장상에는 토지등급 조정사항이 기재되어 있지는 아니하지만 토지등급 조정은 위에서 본 바와 같이 토지등급 정기조정결정 시기인 1988.1.1., 1989.1.1., 1990.1.1.에 등급조정이 있었다고 보아야 하며 그 토지등급은 121등급이라 할 것이다.

따라서, 관련 법령에서 과세대상 자산의 평가방법을 구체적으로 규정하고 있는 이상 이에 따라 과세대상 자산의 가액을 산출하여 과세하여야 하는 것이므로 「소득세법 시행령」제164조 제4항에 규정된 산식 중 1990.8.30. 현재의 시가표준액 계산시 적용하는 토지등급은 121등급이 타당하다 할 것임에도 처분청이 구체적인 규정에 의하지 아니하고 1990.9.1. 설정된 209등급을 소급하여 적용한 것은 잘못이라고 판단된다(조심 2008서2185, 2009.2.27. 참조).

(5) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 경상북도 조례에 의거 자동차매매업 등록기준 면적인 330㎡를 최소면적기준으로 보아 동 면적의 1.5배인 495㎡만을 사업용토지로 본 것은 법령을 잘못 해석한 것이며, 청구인은 1997년 12월부터 쟁점부동산을 자동차매매업 용도로 사용하였고 쟁점토지 전체에 대하여 재산세(별도합산)를 납부한 사실이 있으므로 쟁점토지 전체를 사업용토지로 보아야 하며, 495㎡만을 사업용토지로 분류한다면, 쟁점토지 1,572.8㎡중 495㎡를 제외한 1,077.8㎡에 대하여는 「소득세법 시행령」 제168조의11 제1항 제13호의 규정에 의하여 비사업용토지의 범위에서 660㎡를 추가로 제외하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 자동차매매사업용 토지에 건축물이 있는 경우 「지방세법 시행령」 제131조의2 제1항 제2호와 같은 조 제3항 제6호에 따라 산정된 면적 중 큰 면적을 사업에 사용하는 토지로 보는 것이므로 경상북도 조례 제4조에 의하여 자동차매매업 등록기준인 330㎡의 1.5배를 적용하여 495㎡를 사업용토지로 보아야 하고 청구인의 경우는 「소득세법 시행령」 제168조의11 제1항 제13호가 적용될 여지가 없다고 주장하고 있다

(나) 살피건대, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호 나목 및 「지방세법」제182조 제1항 제1호에 의하면 재산세가 종합합산으로 과세되는 토지는 원칙적으로 비사업용토지에 해당하고, 자동차매매사업용 토지에 건축물이 있는 경우 「지방세법 시행령」 제131조의2 제1항 제2호 및 같은 조 제3항 제6호에 따라 산정한 면적 중 큰 면적을 사업용토지로 보아 「소득세법」 제104조의3 및 같은 법 시행령 제168조의6의 규정을 적용하여야 할 것이다.

쟁점토지의 경우 1,572.8㎡ 중 종합합산과세 1,077.8㎡, 별도합산과세 495㎡로 분류되어 재산세가 과세된 것으로 나타나고, 495㎡는 경상북도 조례 제4조 제1항에 규정된 자동차매매업 등록기준 면적 330㎡의 1.5배인 것으로 나타나는 바, 건축물의 부속토지로서 바닥면적의 3배 이내의 토지는 사업용토지로 보는 것이므로 쟁점건물 125㎡의 3배는 375㎡이므로 처분청이 이 중 큰 면적인 495㎡를 사업용토지로 본 것은 타당하다고 판단된다.

또한, 청구인은 비사업용토지로 본 1,077.8㎡ 중 「소득세법 시행령」 제168조의11 제1항 제13호의 규정에 의하여 660㎡를 추가로 비사업용토지에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지는 자동차매매업 관련 사업장으로 사용되고 있었으므로 같은 법 시행령 제168조의11 제1항 제13호의 규정이 적용될 여지가 없으므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(6) 쟁점(3)에 대하여 본다

(가) 청구인은 쟁점토지는 본인의 의사와 관계없이 국가 시책의 일환으로 1990년 환지처분으로 인하여 지번과 지목이 변경되었는 바, 이는 경제적 실질측면에서 「소득세법」 제88조에 의한 교환에 해당하는 것으로 원시취득한 OOO의 답을 구획정리시행기관에 양도하고 동소 864-5의 대지를 구획정리시행기관으로부터 취득한 것이므로, 양도소득세 계산은 첫째, 1973년 취득시부터 환지처분 확정일까지 기간에 대해 양도소득세를 계산하고, 둘째 환지처분확정일부터 양도일까지의 기간에 대해 양도소득세를 계산한 다음 이를 합산한 가액을 최종 납부할 세액으로 하여야 한다고 주장하고 있다

(나) 살피건대, 쟁점토지는 소유권변동이 없이 청구인이 취득할 때부터 양도할 때까지 계속 소유하고 있었고 소유기간 중에 환지가 되어 양도된 경우이므로 취득시점부터 양도시점까지의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하여야 하는 것이므로 청구주장과 같은 과세방법은 적용할 수 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.