1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 종로구 B 대 1,310㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 2015. 7. 20. 임의경매를 통해 취득하였고, 학술연구단체 또는 장학단체에 대한 감면 규정인 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1항에 따라 이 사건 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 취득세를 면제받았다.

이후 이 사건 토지는 2015. 12. 8. C 대 1,475㎡와 합병되었다.

나. 원고는 자산의 총액을 2015. 4. 22. 507억 원만큼, 2015. 12. 23. 12,244,644,994원만큼 각 증액(이하 ‘이 사건 증자’라 한다)한 후, 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제2항에 따른 ‘대도시 중과 제외 업종’인 장학사업을 영위하는 업종으로서 중과세 예외 세율을 적용하여 등록면허세를 각 신고납부하였다.

다. 피고는 원고에게 2017. 11.경 ‘원고의 법인결산서를 살펴보면 법인의 사업비용이 연구지원비로 대부분 배정집행되어 장학 사업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 볼 수 없고, 연구비 지원 사업이 원고의 주된 사업으로 판단된다’는 이유로 이 사건 부동산의 취득이 취득세 면제 대상이 아니라는 취지의 과세예고 통지를 하였다.

피고는 또한 2017. 12. 14. 원고에게 '원고는 학술연구비 지원사업에 대한 지출이 장학사업비의 10~20배 수준에 이르러, 장학사업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 볼 수 없으므로, 이 사건 증자는 중과세 예외 대상에 해당하지 아니하고, 아울러 원고가 학술연구단체나 장학단체로서 이 사건 부동산을 그 고유업무에 직접 사용한다고 볼 수 없으므로 이 사건 건물이 2017. 12.분 재산세 등의 부과 대상에...