부득이한 사유로 일시적으로 1세대 3주택이 되었으므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 (일부인용)

OOO세무서장이 2011.6.9. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 306-17 및 같은 동 306-22의 대지 및 건물의 양도에 대하여 「소득세법」제104조 제1항에서 규정하는 1세대 2주택에 해당하는 경우의 양도소득세율 등을 적용하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1980.12.12. OOO 306-17(대지 7㎡), 306-22(대지 248㎡) 소재 단독주택(대지 255㎡, 건물 1층 82.62㎡․2층 61.74㎡․72.99㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을, 2008.6.2. OOO아파트 105동 305호(이하 “OOO아파트”라 한다) 입주권을 각각 취득하였다가 2008.7.15. 쟁점주택을 OOO천원에 양도한 것에 대하여, OOO아파트 입주권을 취득한 날(2008.6.2.)로부터 1년 이내인 2008.7.15.에 쟁점주택을 양도하였다 하여 일시적 1세대 2주택으로 보아 비과세하되 「소득세법 시행령」제160조의 규정에 따라 고가주택에 대한 양도차익을 계산하고 장기보유특별공제를 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 쟁점주택 양도 당시 청구인의 배우자인 박OOO가 2008.6.2. 취득한 OOO 141-64 다세대주택 302호(대지 261분의 30.75㎡, 건물 59.23㎡, 이하 “OOO 다세대주택”이라 한다)를 보유하고 있어 1세대 3주택에 해당한다는 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 60%의 중과세율을 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과할 예정임을 통보하고, 2011.5. 17. 청구인의 과세전적부심사청구를 불채택 결정한 후, 2011.6.9. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 407,810,180원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1938년생으로 쟁점주택을 1980.12.12. 취득하여 28년간 거주하다가 노후에 주거하기 편한 아파트로 이주하기 위하여 윤OOO․배OOO에게 2008.4.7. 쟁점주택을 OOO원에 양도하는 계약(잔금일 및 명도일 : 2008.5.30.)을 체결(이하 “당초 계약”이라 한다)한 후, 실제 노후에 거주할 목적으로 2008.4.23. 입주권 상태인 OOO아파트를 OOO원(분양가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원)에 취득하는 매매계약을 체결하고, OOO아파트 입주예정일인 2010년 9월까지 2년 3개월 동안 임시적으로 거주할 목적으로 소형주택인 OOO 다세대주택을 2008.4.10. OOO원에 양수하는 계약을 체결하였다.

쟁점주택은 군사보호구역내에 위치하여 신축이나 증․개축이 엄격하게 제한되어 있어 중개업소에 매물로 낸지 2년이 넘도록 원매자가 없었으나, 아들이 오랜 아파트 생활로 아토피가 극심하여 전원주택을 찾고 있던 원매자가 나타나 2008.4.7. 최초로 계약을 체결하였으며, 양수인은 거주하고 있는 OOO아파트를 시세이하로 매도하였으나, 중도금과 잔금 수령일이 늦어져 청구인과의 계약을 두 차례(2008.4.22. 및 2008.4. 29.)에 걸쳐 수정하여 잔금지급일이 당초 계약시는 2008.5.30.이었다가 2008.7.15.로 변경됨에 따라 OOO아파트 입주권의 취득일(잔금지급일)과 OOO 다세대주택 취득일(잔금지급일)인 2008.6.2.(계약서상으로는 2008.5.30.로 되어 있으나 실지로는 2008.6.2. 지급) 현재 쟁점주택을 포함한 1세대 3주택자가 되었으나, 이는 청구인이 그린벨트 및 군사보호구역 내에 소재하고 있는 쟁점주택을 어떻게든 양도하여야 하는 상황이었기 때문에 양수인들의 자금사정을 고려해 줄 수 밖에 없어, 청구인이 쟁점주택을 양도할 때는 부득이한 사유로 일시적으로 1세대 3주택을 소유한 경우인 바, 쟁점주택의 양도에 대하여는 「소득세법 시행령」제155조 제1항의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

부동산의 취득․양도시기는 원칙적으로 대금청산일이며, 대금청산일이 불분명한 경우에는 등기접수일로 보며, 쟁점주택의 양도일은 2008. 7.15.이고, OOO아파트 입주권 및 OOO 다세대주택 취득일은 모두 2008.6.2.인 바, 청구인은 2008.6.2.부터 2008.7.15.까지 43일간 1세대 3주택자에 해당하므로 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 60%의 중과세율을 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부득이한 사유에 의하여 일시적으로 1세대 3주택이 되었으므로 「소득세법 시행령」제155조 제1항의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

＜양도소득과세표준＞＜세율＞

1천만원 이하 과세표준의 100분의 9

1천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의

100분의 18

4천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의

100분의 27

8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만을 초과하는 금액의

100분의 36

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

양도소득과세표준의 100분의 40

2의2. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기 간이 1년 미만인 것

양도소득과세표준의 100분의 50

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수 되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

양도소득과세표준의 100분의 50

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

(2) 소득세법 시행령

제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날로부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못한 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.(후단 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1980.12.12. 쟁점주택을, 2008.6.2. OOO아파트 입주권을 각각 취득․보유하다가 2008.7.15. 쟁점주택을 OOO원에 양도하고, OOO아파트 입주권을 취득한 날로부터 1년 이내인 2008. 7.15.에 쟁점주택을 양도하였다 하여 일시적 1세대 2주택으로 보아 비과세하되 「소득세법 시행령」제160조 규정에 따라 고가주택에 대한 양도차익을 계산하고 장기보유특별공제를 적용하여 2008년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 쟁점주택 양도 당시 청구인의 배우자가 2008.6.2. 취득한 OOO 다세대주택을 보유하고 있어 1세대 3주택에 해당한다는 이유로 쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 60%의 중과세율을 적용하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다.

(2) 청구인은 일시적으로 1세대 3주택이 되었다고 주장하면서, 쟁점주택 건물등기부등본, 쟁점주택 (양도)매매계약서 원본 3매(당초 계약분, 1차 수정분 및 2차 수정분), OOO 다세대주택 부동산매매계약서, OOO아파트 부동산매매계약서, 쟁점주택 양수인들의 사실확인서, 착공신고필증, 청구인의 주민등록초본, 쟁점주택부지의 토지이용계획확인원 및 매매물건 관리대장 및 중개인 확인서를 관련증빙으로 제시한 바, 이에 대하여 살펴 본다.

(가) 쟁점주택 건물등기부등본을 보면, 1980.12.12. 청구인이 취득하여 2008.7.15.(접수일) 양수인 윤OOO․배OOO에게 소유권이 이전되었고, 등기원인일은 2008.4.29.로 기재되어 있다.

(나) 쟁점주택 (양도)매매계약서(원본 3매 : 당초 계약분, 1차 수정분 및 2차 수정분)의 주요내용을 보면 다음 ＜표＞와 같다.

OOO

(다) OOO 다세대주택 부동산매매계약서 주요내용을 보면, 계약일 2008.4.10., 매매가액 OOO원, 계약금 OOO원은 계약시, 중도금 OOO원은 2008.5.20., 잔금 OOO원은 2008.5.30.에 각각 지급하는 것으로 기재되어 있다.

(라) OOO아파트 부동산매매계약서 주요내용을 보면, 계약일 2008.4.23., 매매가액 OOO원(분양가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원), 계약금 OOO원은 계약시, 중도금 OOO원은 2008. 4.30., 잔금 OOO원은 2008.6.2.에 지급하고, 시행사는 OOO구역주택재개발조합으로 기재되어 있다.

(마) 쟁점주택의 양수인들이 2011.6.7.자로 작성한 사실확인서(인감증명서 첨부)를 보면, 양수인들은 쟁점주택을 매입하면서 2008.4.7.에 OOO원을 양도인에게 주고 보관증을 받고 계약서를 작성하였으나, OOO에 거주하고 있는 아파트 매도일자에 차질이 생겨 부득이 당초 계약서를 변경하여 2008.4. 22. 작성하였으며, 다만, 잔금 OOO원은 계약내용과 상관없이 가능한 2008.5.30. 중도금과 함께 전액 지불하는 것으로 구두로 합의하였으나, 또다시 자금사정에 문제가 발생하여 매도인(청구인)의 양해를 얻어 최종계약서(2차 수정분)를 2008.4.29. 작성하였고, 2008.5.30.에 지불하기로 한 중도금 OOO원은 2008.5.23.에 OOO원을, 2008.6.2.에 OOO원을 나누어 지불하였으며, 잔금도 가능한 한 같은 해 5.30.에 지불하기로 2차 수정분 계약서 작성시 구두로 합의를 하였으나, 자금사정으로 2차 수정분 계약서 작성내용과 같이 같은 해 7.15. 잔금을 지불하였다고 확인하고 있다.

(바) OOO구청장이 2008.2.29. 발부한 착공신고필증을 보면, 시행자는 OOO제6구역주택재개발조합, 건축물 명칭은 OOO, 주용도는 공동주택 및 부대복리시설, 착공예정일은 2008.2.29. 이후로 기재되어 있다.

(사) OOO동장이 2011.1.10. 발부한 청구인의 주민등록초본을 보면, OOO 306-22로 1980.11.28. 전입, 같은 구 OOO 141-64 3층 302호로 2008.7.17. 전입, 같은 구 OOO 638 OOO아파트 105동 305호로 2010.9.3. 전입한 것으로 나타난다.

(아) OOO구청장이 2011.7.18. 발부한 쟁점주택부지의 토지이용계획확인원을 보면, 쟁점주택부수토지는「군사기지 및 군사시설 보호법」에 의한 대공방어협조구역 및 제한보호구역으로 지정된 것으로 나타난다.

(자) 청구인이 쟁점주택을 매물로 내어 놓았던 OOO중개인사무소 대표 이OOO이 비치․기록하고 있었다는 매매물건 관리대장 및 중개인 이OOO의 확인서를 보면, 매매물건 관리대장에 “2006.5.10. 매매가격 OOO원, 2007.3.18. OOO원”이라고 기재되어 있으며, 상기와 같이 2회에 걸쳐 매물로 접수한 사실이 있다고 확인하고 있고, 인감증명을 첨부하는 등의 통상적인 확인서는 아니지만 “단독／OOO, OOO 306-22, 2006.3.19., 대지 80평, 건평 75평, 중개의뢰가격 평당 OOO원, 매도의뢰금액 OOO원”이라는 내용이 기재되어 있는 작성자 OOO공인중개사 사무소(연락전화번호 02-722-5＊＊＊, 010- 8630-7＊＊＊, 010- 682-0＊＊＊) 명의의 메모지도 함께 제시하고 있다.

(3) 살피건대, 쟁점주택의 건물등기부등본, 쟁점주택 (양도)부동산매매계약서 원본 3매, OOO 다세대주택 및 OOO아파트 (취득)부동산매매계약서 및 양수인들의 사실확인서 등을 종합적으로 살펴보면, 청구인은 1980.12.12. 취득하여 28년간 거주한 쟁점주택을 양도하는 계약을 2008.4.7. 최초로 체결하였으나, 양수인의 자금사정으로 인하여 중도금과 잔금을 당초 약정한 대로 지급할 수 없어 2008.4.22. 및 2008.4. 29. 두 차례에 걸쳐 중도금과 잔금 지급일자를 변경하는 수정계약이 체결된 결과 쟁점주택의 잔금지급일자가 당초 2008.5.30.에서 2008.7.15.로 연장되었다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이는 바,

사실이 이러하다면 청구인의 배우자가 OOO 다세대주택을 취득한 것은 OOO아파트가 건설되는 기간 동안에 임시로 거주하기 위하여 취득한 것으로써 이를 투기목적으로 취득한 것으로는 보이지 않는 점, OOO 다세대주택을 취득하지 아니하였거나 쟁점주택의 잔금지급일이 최초 계약대로 2008.5.30.이었다면 쟁점주택의 양도에 대하여 일시적 1세대 2주택자로 비과세 받을 수 있었던 점, 「소득세법」제104조 제1항 제3호 소정의 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대하여 중과세율을 적용하는 것은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인의 경우는 쟁점주택을 양도하고 실제 이주할 목적으로 대체주택(OOO아파트)을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 것일 뿐 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없어, 쟁점주택의 양도에 대하여 위 규정의 양도소득세 중과세율(양도소득과세표준의 100분의 60)을 적용하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이다(대법원 2009두13788 판결 2009.12.24. 선고, 조심 2010서2870, 2011.5.24. 등 참조)

따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택자에 대한 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있으므로 「소득세법」제104조 제1항에서 규정하는 1세대 2주택에 해당하는 경우의 양도소득세율 등을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-소득세법 시행령 제155조 제1항의1

-소득세법 시행령 제160조

참조판례

-대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13788 판결

유사 판례