주문
1. 원고의 청구를 모두 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1954. 10. 23. 설립되어 서울 종로구 B에서 부동산임대업을 영위하는 회사이고, 원고의 주주 구성은 아래 표 기재와 같다.
<표1> (단위 : 주, 원, %) 주주명 출자금액 및 지분율 관계 주식수 1주당 액면가액 금액 지분율 C 70,500 500 35,250,000 44.063 모 D 72,500 500 36,250,000 45.312 외삼촌 E 3,400 500 1,700,000 2.125 자매 F 3,400 500 1,700,000 2.125 대표이사 G 3,400 500 1,700,000 2.125 자매 H 3,400 500 1,700,000 2.125 자매 I 3,400 500 1,700,000 2.125 자매 합계 160,000 80,000,000 100.000
나. 원고는 주주 겸 대표이사인 F 및 주주 C, D, E(이하 ‘이 사건 특수관계인’이라 한다)에게 업무와 관련 없이 자금을 대여(‘가지급금’으로 회계처리)하고, 이에 대하여 각 사업년도 말일에 미수이자를 계산하여 수입금액으로 계상한 후 그 미수이자를 이자발생일로부터 1년 후인 다음 사업년도 말일(단 2012. 4. 1.~2013. 3. 31. 사업년도는 다음 사업년도 초일)에 가지급금 원본에 가산하는 회계처리를 계속하여 왔으며, 이를 기초로 매 사업년도 법인세과세표준금액과 세액을 계산하여 신고ㆍ납부하여 왔는데, 2008. 4. 1.~2009. 3. 31. 사업년도부터 2012. 4. 1.~2013. 3. 31. 사업연도(이하 ‘이 사건 쟁점 사업년도’라 한다)의 미수이자 계산 및 가지급금 산입내역은 아래 표 기재와 같다.
<표2>[특수관계인에 대한 사업년도별 미수이자 및 가지급금 산입 내역] (단위 : 천 원) 사업년도 가지급금 가산 일자 가지급금에 산입한 미수이자 수입이자 결정일 C D E F 합계 08. 4. ~ 09. 3. 09. 3. 31. 385,926 256,401 4,224 4,224 650,775 08. 3. 31. 09. 4. ~ 10. 3. 10. 3. 31. 418,572 278,282 4,575 4,575 706,004 09. 3. 31. 10. 4. ~ 11. 3. 11. 3. 31. 428,095 284,621 4,680 4,680 722,076 10. 3. 31. 11. 4. ~ 12. 3. 12. 3. 31. 463,537 308,276 5,069 5,069 781,951 11. 3. 31. 12. 4. ~ 13. 3....