상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 법인세법상 손익의 귀속시기(상고이유 제1점) 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 정하고 있고, 법인세법 제40조 제2항의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항 제3호 본문은 ‘상품 등 외의 자산의 양도로 인한 손금’의 귀속사업연도를 ‘그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도’로 정하고 있다.

이처럼 법인세법은 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다.

이는 납세자의 과세소득을 획일적으로 파악하여 법적 안정성을 도모하고 과세의 공평을 기함과 동시에 납세자의 자의를 배제하기 위한 것이다

(대법원 2004. 2. 13. 선고 2003두10329 판결 등 참조). 원심은 원고가 주식워런트증권(이하 ‘ELW’라 한다)을 투자자들에게 매도함으로써 발행사로부터 인수한 ELW의 인수가격에서 매도가격을 뺀 금액만큼의 손실이 실현되어 확정되었다고 보아 이를 ELW 매도 시점이 속한 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 판단하였다.

원심의 위 판단은 위에서 본 법리를 따른 것으로 정당하다.

원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 손익의 귀속시기에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 실질과세원칙의 위반 여부(상고이유 제2점)

가. 국세기본법 제14조는 제2항에서 "세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다...