1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 국내 고철 가공 및 판매업을 주목적으로 1999. 3. 16. 설립된 회사이다.

나. 원고는 2011년 1기분 부가가치세 과세기간 중 A(상호는 B이다. 이하 ‘B’라 한다)로부터 2,739,339,100원 상당의 고철을 매입하면서 각 매입내역에 해당하는 세금계산서를 교부받고, 2011년 1기분 부가가치세에 관하여 위 세금계산서에 따른 매입세액 273,933,880원을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

다. 원고는 2011년 2기분 부가가치세 과세기간 중 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)로부터 138,270,750원 상당의 고철을 매입하면서 각 매입내역에 해당하는 세금계산서(원고가 B, C로부터 각 수취한 세금계산서를 통틀어 이하, ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받고, 2011년 2기분 부가가치세에 관하여 위 세금계산서에 따른 매입세액 13,827,070원을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다. 라.

피고는 2013. 8. 21. 원고에 대하여 B, C이 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자[이른바 ‘자료상(資料商)’]에 해당하므로 원고가 이들로부터 교부받은 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액 공제를 부인하고, 2011년 1기분 부가가치세 500,586,790원(부당초과환급신고가산세 포함)을, 2011년 2기분 부가가치세 24,496,010원(부당초과환급신고가산세 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 5. 29. '원고가 B, C로부터 수취한 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하며, 원고가 충분한 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당한다고 보기...