방위산업물자 연구개발용역 수행시 지출한 연구원인건비의 연구인력개발비 세액공제 대상여부(취소)

OOO세무서장이 2006.12..1. 청구법인에게 한 법인세 2004사업연도 1,257,271,940원 및 2005사업연도 29,460,210원의 부과처분은 청구법인의 기업부설연구소에서 발생된 OOO 관련 연구원인건비 2004년 4,988,021,944원 및 2005년 11,150,536,246원을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 2004사업연도 207,984,195원 및 2005사업연도 2,571,963,620원을 세액공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 및 사실관계

가.청구법인은 2004.7.1. OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 방위산업사업부분을 포괄영업양수도 방식으로 인수하여 사업을 영위하여 오던 방위산업체로서 OOO의 방위산업물자 연구개발용역과 관련하여 청구법인의 기업부설연구소에서 발생된 연구원 인건비 16,138,558,190원(2004년 4,988,021,944원, 2005년 11,150,536,246원, 이하 “쟁점연구원인건비”라 한다)에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하여 세액공제를 받았다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받아 지출한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 통보자료에 의거 쟁점연구원 인건비에 대한 세액공제액(2004사업연도 207,984,195원, 2005사업연도 2,571,963,620원)을 불공제하여 2006.12.1. 청구법인에게 법인세 2004사업연도 1,257,271,940원 및 2005사업연도 29,460,210원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

기술개발이란 새로운 창작물을 만드는 과정에 불과함에도 위촉을 받았다는 이유로 명백히 새로운 창작물을 만든 과정을 기술개발이 아닌 것으로 보아 세액을 불공제하는 것은 불합리하고, 쟁점연구원인건비는 국가가 의뢰한 작전성능요구 조건을 충족하기 위하여 청구법인의 책임과 위험으로 선행개발된 기술로서, 자체기술에 의한 개발과정에서 발생한 비용이므로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이다.

나. 처분청 주장

OOO의 납품의뢰에 따라 청구법인이 개발한 시제품 제작기술의 소유권은 OOO로 넘어가므로 청구법인이 수행한 연구개발용역은 자체기술개발과는 관련이 없는 것으로서 위탁받은 연구개발용역을 수행한 것으로 보이고, 그 후 개발된 기술을 이용하여 완성제품을 납품하더라도 이는 기술개발 완료 후의 소유권이 OOO에 있어 자체기술개발이 아니므로 쟁점연구원인건비는 조세특례제한법 제10조에 규정된 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국가로부터 위촉받은 방위산업물자의 연구개발용역을 수행하고 지출한 연구원인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기 업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제 하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하 여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득 세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조제1항 본문에서"대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

【별표6】

구 분

비 용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

①전담부서에서 근무하는 직원으로서재정경제부령이 정하는 자의 인건비

나. 위탁 및 공동기술개발

①다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관관의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용

㉯ 국ㆍ공립연구기관

㉰ 정부출연연구기관

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제6조 (연구 및 인력개발준비금의 사용기준) ①영 제8조제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

②영 제8조제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서"전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

제7조 (연구 및 인력개발비의 범위) ①영 제9조제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은제6조제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

(4) 방위사업법 제18조(연구개발) ④방위사업청장은 무기체계 및 핵심기술의 연구개발을 수행하는 경우에는 연구 또는 시제품의 항목·방법·규모 그 밖에 필요한 사항을 정하여 방산업체·일반업체·전문연구기관 또는 일반연구기관으로 하여금 연구 또는 시제품의 생산을 위촉할 수 있다.

제35조 (방산업체의 지정 등) ①방산물자를 생산하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 시설기준과 보안요건 등을 갖추어 산업자원부장관으로부터 방산업체의 지정을 받아야 한다. 이 경우 산업자원부장관은 방산업체를 지정함에 있어서 미리 방위사업청장과 협의하여야 한다.

(5) 기술개발촉진법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재 료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지 를 포함한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOO의 방위산업물자 연구개발용역과 관련하여 청구법인의 기업부설연구소에서 발생된 쟁점연구원인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하여 세액공제를 받았고, 처분청은 타인으로부터 연구개발용역을 수탁받아 지출한 쟁점연구원인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 이 건 경정고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인과 OOO가 체결한 계약일반조건 및 물품구매(제조)계약일반조건의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 계약일반조건

제6조(대금의 지급)

① 특별히 정하는 사항이 없는 경우에는 계약대금은 납품 및 검사가 완료된 후 또는 계약이 완전히 이행된 후 방산업체의 청구에 의하여 지급한다.

② OOO는 방산업체의 청구에 의하여 계약금액의 % 범위내에서 선급금을 지급할 수 있다

제13조(권리 및 재산의 귀속)

① 당사자간 별도로 정한 것이 없을 때에는 시제품 제작과정에서 발생되는 금형 및 부산물의 소유권과 산업재산권의 모든 권리는 OOO에 귀속된다.

제16조 (방산업체의 책임있는 사유로 인한 계약의 해제 또는 해지)

① OOO는 방산업체가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 본 계약의 일부 또는 전부를 해제 또는 해지할 수 있다.

② 전항에 의하여 계약이 해제 또는 해지될 경우에 공급자재,선급금액,기납품대금지금액,계약보증금 등의 처리는 OOO의 지시에 따른다

(나) 물품구매(제조)계약일반조건

제26조 (계약상대자의 책임있는 사유로 인한 계약의 해제 또는 해지)

② 계약담당공무원은 계약을 해제 또는 해지 할 때에는 그 사실을 당해 계약상대자에게 통지하고 기납부분 검사를 필한 물품을 기납부분으로 인수한 경우에는 당해 부분에 상당하는 대가를 계약상대자에게 지급한다

(3) 청구법인은 일반계약조건에서 보는 바와 같이 동 사업에 대한 책임 및 위험이 청구법인에게 귀속되므로 이 건 연구개발은 자체기술개발이고 자체기술개발에서 발생한 쟁점연구원인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이라는 주장이나, 처분청은 일반계약조건 제13조에 시제품 제작과정에서 발생되는 모든 권리는 OOO에 귀속되도록 되어 있어 위탁받은 연구개발용역에 해당하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 의견이므로 이에 대하여 본다.

(가) 기술 및 인력개발비 세액공제의 기본취지는 조세특례제한법상 여타의 세액공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 점에 비추어 이는 비용에 대한 세액공제로서, 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재 등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인이 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하고 있다.

(나) ‘기술개발’이란 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동( 기술개발촉진법 제2조)을 말하는데, 조세특례제한법 시행령 제9조 별표6의 1은 기술 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되고 있는 기술개발을 (가)목 “자체기술개발”, (나)목 “위탁 및 공동기술개발”인 경우로 나누어 규정하고 있고, (가)목 ①에서 “자체기술개발”이란 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비로 규정하고 있으며, 동법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)에서 동법 시행령 제9조 별표 6의 1(기술개발) (가)목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등 즉, 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자로 규정하고 있다.

(다) 본 건의 경우 용역대가의 수령과정을 보면, 원칙적으로 대금수령은 납품 및 검사가 완료된 후 또는 계약이 완전히 이행된 후(계약일반조건 제6조①)에 가능한 것이며, 예외적으로 청구에 의하여 소정의 금액을 계약체결시 수령은 가능하지만 이 금액은 선수금일 뿐이다(계약일반조건 제6조②). 또한 연구개발 도중 OOO는 청구법인이 연구개발의 실패 등의 사유로 계약을 이행할 능력이 없다고 판단 될 때는 계약을 해제 또는 해지 할 수 있는데(계약일반조건 제16조) 계약이 해제 또는 해지 되는 경우에는 기납품 및 계약보증금등의 처리는 OOO의 지시에 따라야 하고(계약일반조건 제16조), 이 경우 계약공무원은 “물품구매계약일반조건”을 준용하여야 하므로 OOO에 인수되지 않은 연구개발 중인 시제품 또는 인수되었지만 검사를 통과하지 못한 시제품에 대해서는 방위산업체가 연구개발의 대가를 지급받지 못하므로(물품구매계약일반조건 제26조②반대해석) 청구법인의 연구개발의 실패로 계약을 해제 또는 해지 당하면 투입되는 연구개발비용은 온전히 손실로 처리된다.

(라) 이러한 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 것과 아울러 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안하였을 때 비록 계약의 형식은 위탁의 형식을 띠고 있지만, 기술개발내용은 자체기술개발로 봄이 타당하다 할 것이다.

(마) 종합하면, 기술 및 인력개발비 세액공제의 기본취지, 자체기술개발은 과학기술분야의 연구업무이면 족하고 특정한 기술개발분야를 한정하지 않은 법문언, 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 점, 방위산업물자의 연구개발사업은 모두 정부의 위탁연구용역 형태로 수행될 수밖에 없는 방위산업의 특수성 등을 감안하였을 때 이 건 연구개발은 동법시행령 제9조 별표 6의 1 (가)목의 자체기술개발에 해당하는 것으로 봄이 합당해 보이므로 동 연구개발에서 발생한 쟁점연구원인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 할 것으로 판단된다.

(4) 따라서 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 본 쟁점연구원인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 청구법인의 각 사업연도 법인세 계산시 연구 및 인력개발비 세액공제(2004사업연도 207,984,195원, 2005사업연도 2,571,963,620원)하는 것으로 하여 그 세액을 경정하여야 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례