조심2011서2531 (2011.12.27)

양도

기각

쟁점주식은 청구인이 벤처기업 전환후 3년이 경과한 후 무상증자로 취득한 주식인 것으로 확인되고, 조특법§14에서 준용하고 있는 같은 법§13②ⅲ에서 출자의 방법으로 유상증자 이외에 잉여금의 자본전입을 별도로 규정하고 있으므로 청구주장(자본잉여금 자본전입으로 취득하는 무상주 취득시기 = 최초 출자 취득시기)을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

조세특례제한법 제14조

국심2005중2140

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 다음 <표1>과 같이 OOO(1999.6.2. 설립되어 1999.12.7. 벤처기업 확인을 받았고, 2002.10.29. 코스닥에 등록되었다가 2008.11.28 유가증권시장에 변경상장된 회사이며, 이하 “OOO이라 한다)가 그 설립 후 3년 이내인 2001.4.28. 실시한 유상증자에 참여하여OOO에 취득하였고, 발행주식의 약OOO이다)를 취득하였고, 이후 주식양도 및 무상증자 등을 거쳐 2010년 9월 보유주식OOO를 양도하였으며, 양도주식에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제14조에 의한 과세특례를 적용하지 아니하고 선입선출법에 의하여 양도주식의 취득가액을 산정하여 2010년 귀속 양도소득세OOO을 신고·납부하였다.

<표1> OOOOO OO OO O OOOO(OOOOO)

(OO : O)

O OOOO(OOOOOOOOOO) OO OO OOOOOO OO O OO OOO OOOOO OOO(OOOOO OOO OOOOOOOOO)

O OOOO OO OOOOOO OOOOO(OOOO OOO OOOOOOOOOO)

O OOOOO OOOO(OOOOOOOOOO OOOO O OOOOOOOOOO OOOO)O OO O OOO OOO OO OOO OOO OO OOOOOOOO OOOOO OO OO

O OOOOO OO OOOO OO OO OOOO

나. 청구인은 위 양도주식OOO 중 선입선출법에 의하여 유상증자시 취득한 주식으로 본OOO를 제외한 나머지OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)에 대하여 조특법 제14조의 과세특례를 적용하여야 한다면서, 2011.2.17. 쟁점주식에 상당하는 기납부한 양도소득세 O,OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOO OOOOO OOOOO, OOOO OOOOOOOOO OO OOOOOO

OO OOOO OO OOOO OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOOO OOOOO OOOOOO

OO OOO OO O OOO OO

OO OOO OO

(O) OOOO OOOOOOOOOO OO OOOOO OOOOO OOOOO 주식은 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 「상법」상 현금납입에 의한 유상증자에 의하여 취득하였고, 동 거래를 경제적 실질상 주식교환방식의 현물출자 거래로 보는 경우에도 여전히 과세특례대상인 직접출자에 해당하는 것이며(부동산거래관리과OOO 2011.8.9.), 청구인은 1997.9.1.이후OOO로 계속 재직하고 있어OOO이라 한다)에 종속적인 지위에서의 고용계약 또는 이와 유사한 계약 기타 일정한 근무관계에 의하여 직무를 수행하는 임원·종업원으로 근무하지 아니하여 최초 출자시 OOO과「법인세법」또는「소득세법」상 특수관계가 성립하지 않았는바, 2001.4.28. 최초 유상증자로 취득한 주식은 조특법 제14조의 양도소득세 과세특례 대상에 해당한다.

(2) 증권거래세 면제대상인 신기술사업금융업자 등이 신기술사업자에게 직접출자하여 취득한 주권 등의 양도에 있어 직접출자의 범위에는 무상증자의 원인이 직접출자인 경우에 한에서는 동 무상주도 직접출자에 해당한다는 기획재정부 예규(재재산 OOO 2001.4.4.)가 있고, 청구인이 주식발행초과금의 자본전입에 따라 취득한 무상주는 당초 유상출자에 의하여 이미 성립한 주주권의 행사에 의하여 취득한 주식이므로 최초 출자에 의하여 취득한 주식의 범위에 포함되어야 하며(국세청 재산OOO 국심 2005중2140, 2006.6.8.), 무상주를 당초 유상출자로 취득한 주식과 분리하여 새로운 출자로 취득한 별도의 주식으로 보는 것은 논리적 타당성이 없다.

(3) 주식발행초과금의 자본전입에 따른 무상증자의 경우 아무런 자산의 유입 없이 주식 수만 늘어나는 것이므로 무상증자 전후 출자자의 재산 또는 양도차익에 변함이 전혀 없음에도 무상주를 과세특례대상에서 제외한다면, 벤처기업에 대한 출자일 이후 양도시점 사이에 무상증자의 발생여부에 따라 출자자인 청구인의 과세특례 적용대상금액이 무상주 수량만큼 비례적으로 축소되는 결과가 되므로, 이는 실질과세의 원칙과 납세자간 조세형평에 현저히 반한다.

(4) 출자 주주는 무상증자 전후에 형식적으로나 실질적으로나 재산의 증감이 전혀 없기에 「상속세 및 증여세법」등 여타 법률에서 무상증자를 액면분할과 동일하게 보고 있으므로( 「소득세법 시행령」 제27조 제2항, 「상속세 및 증여세법 시행규칙」제17조의3 제5항 외), 양도소득세 비과세 특례 충족여부에서도 동일하게 해석하여야 하고, 대법원도 주식발행초과금의 자본전입에 따른 무상증자에 따른 주식의 배분은 실질적인 주식의 분할 또는 기존주식의 변형물로 보고 있으므로(대법원 2007두1361, 2009.3.12.) 쟁점주식을 과세특례 적용대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 최초 유상증자로 취득한OOO가 과세특례대상이라는 점에 관하여 처분청과 다툼이 없다고 주장하나, 처분청은 어떠한 경우에도 과세특례 대상이라고 한 사실이 없다.

또한, 처분청의 금융조회결과 후입선출법에 의하여 주식이 양도되었음이 확인되었고 이 점에 대하여 청구인과 서로 다툼이 없는바, 따라서 쟁점주식에는 유상증자로 취득한OOO가 포함되어 있지 아니하고OOO중에서 아직 양도된 주식이 없으므로, 유상증자로 취득한 주식OOO주가 과세특례 대상인지 여부에 대하여 판단할 실익이 없다.

(2) 벤처기업 출자주식 과세특례에 관한 법령 어디에도 잉여금의 자본전입에 따른 무상증자 주식의 경우 무상증자 전의 보유주식이 과세특례에 해당하는지 여부에 따라 적용여부를 판단한다고 명시적으로 규정하고 있지 아니하고, 청구인의 경우 설령 무상증자 주식의 과세특례 해당 여부가 당초 유상증자 시점을 기준으로 종속적으로 결정된다고 하더라도 쟁점주식을 교부받게 된 무상증자가 창업 후 3년 이내 또는 벤처기업 지정 이후 3년 이내에 실시되지 아니하였으므로 청구주장은 이유없다.

한편, 청구인이 제시한 국세청 유권해석(재산세과OOO) 및 심판결정사례(국심 2005중2140)는 창업 후 3년 이내인 벤처기업의 무상증자로 인하여 취득한 주식에 해당하므로 이 건과 사실관계가 다르다.

(3) 벤처기업의 육성 및 지원을 입법취지로 하는 조특법 제14조를 보면 “출자의 방법”에서 외부자금이 벤처기업에 유입되어야 함을 요건으로 하였고, “출자의 기한”을 3년으로 제한한 것은 연구개발, 생산시설 확충 등 기업에서 가장 자금을 필요로 하는 시기인 설립 초기나 벤처기업 지정 초기에 자금이 조속히 유입되도록 하기 위한 것이며, “출자 주식의 최소 보유기간”을 5년으로 정한 것도 벤처기업에 유입된 자금이 상당 기간 기업경영에 안정적으로 사용될 수 있도록 하기 위한 것인바, 이미 과거 유상증자시 납입된 자금인 주식발행초과금을벤처기업 지정일부터 3년이 경과하여 자본전입하는 경우는 이러한 입법취지에 비추어 과세특례에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 한다.

(4) 주식발행초과금의 자본전입에 따른 무상증자의 경우 주식가치가 변하지 아니하고, 주식의 단순분할 또는 기존 주식의 변형물로 볼 여지가 있기는 하나, 그렇다고 하여 기존에 법인에 납입된 자금이 달라지거나 새로운 자금이 법인으로 유입되는 것이 아니므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(5) 청구인이 2010년 9월에 양도한 주식OOO는 모두 증권회사의 주식위탁계좌를 통해 양도한 것으로서 증권회사의 회계관행에 따라 그 취득일자를 특정할 수 있으므로 후입선출법에 의해 2006.8.16. 실시된 무상증자로 취득한 것으로 보아야 할 것인바, 2006.8.16. 무상증자로 취득한 주식은 OOO 창업 후 3년이 경과하여 취득한 것이고, 또한 양도당시 출자일부터 5년이 경과하지 아니하였으므로 조특법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 요건을 충족하지 못하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이 조특법 제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인 등이 직접 또는 창투조합 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에잉여금을 자본으로 전입하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(괄호 생략)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(2) 조세특례제한법 시행령

제12조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업( 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2.개인이 그와 「소득세법 시행령」제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(3) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(4) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호 생략)을 청산한 날로 한다. (각호 생략)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 처분청에 제출한 경정청구서(2011.2.17.)에는, 2010.9.30. 양도한 쟁점주식 31,489주가 벤처기업의 무상주로서 조특법 제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 대상이므로 기납부한 세액 중OOO원을 환급하여야 한다고 되어 있다.

(2) 처분청 조사공무원이 작성한 경정청구 검토보고서(2011.4.1.)에는, 벤처기업으로 전환 후 3년이 경과한 벤처기업의 무상증자로 취득한 주식은 과세특례가 적용되지 아니하므로 청구인의 경정청구를 거부한다는 내용이 나타난다.

(3) 청구인은 벤처기업 투자확인서(2002.12.17.), 주식대금 납입영수증(2002년 12월),OOO 이사회의사록(2001.4.12.), OOO 통장 사본, 벤처기업확인서OOO, 1999.12.7.) 등을 증빙으로 제시하였다.

(4) 청구인이 양도한 주식을 후입선출법에 의하여 산정하여 보면 다음 <표2>와 같이 쟁점주식 31,489주는 모두 2006.8.16. OOO 무상증자로 취득한 주식이 됨을 알 수 있다(선입선출법에 의할 경우 위 <표1>과 같이 쟁점주식은 모두 2004.2.27. 1차 무상증자로 취득한 것이 된다).

<표2> 후입선출법에 의한 양도주식 계산

(OO : O)

(5) 살피건대, 조특법 제14조에서 준용하고 있는 같은 법 제13조 제2항에서 출자의 방법으로 유상증자(제2호) 이외에 잉여금의 자본전입(제3호)을 별도로 규정하고 있으므로 잉여금의 자본전입(무상증자)을 통해 주식을 취득할 경우에도 창업후 3년 이내의 경우만 과세특례 대상이 되는 것으로 해석함이 타당하다 할 것인바,

청구인이 양도한 쟁점주식은 선입선출법 또는 후입선출법 중 어느 방법을 적용하더라도 유상증자로 취득한 주식에 해당하지 아니하고, 모두 무상증자로 취득(선입선출법의 경우에는 2004.2.27. 1차 무상증자로, 후입선출법의 경우에는 2006.8.16. 2차 무상증자로 취득한 주식이 된다)한 것으로서, 창업 또는 벤처기업 전환후 3년이 경과한 후에 취득하여 조특법 제14조 제1항 제4호의 과세특례 요건을 충족하지 못하였다고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.