사회간접자본시설의 영세율 적용 여부

민간투자법에 의한 시행자가 동법에 의한 방식으로 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설에 대하여서만 영세율이 적용되므로 지방재정법에 근거한 건물 등의 공급은 영세율 적용대상에 해당하지 않음

조세특례제한법 제105조부가가치세 영세율의 적용 제3호의 2

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○광역시 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 133 외 34필지 44,900㎡지상에 연면적 12,082.01㎡, 건축면적 5,388.55㎡인 ○○종합버스터미널 건물(자동차정류장, 화물취급소, 정비소, 주유소 사무실, 경비실, 승하차장, 박차장 등 일체의 터미널 시설을 포함한다. 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2001. 9. 14. 사용승인을 받고, 2001. 10. 18. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 건물을 완공과 동시에 ○○광역시에 기부채납하기로 하는 내용의 당초 건축허가 조건에 따라, 2001. 12. 18. 이 사건 건물 및 원고가 이 사건 건물 인근에 기존 공용주차장 대체시설로 설치한 철골 조립식 구조의 2층 주차장 시설을 구 지방재정법(2005. 8. 4. 법률 제7663호로 개정되기 전의 것)제75조, 구 지방재정법 시행령(2005. 12. 30. 대통령령 제19226호로 전문 개정되기 전의 것)제82조에 기하여 ○○광역시에 기부채납하였고, ○○광역시는 2001. 12. 21. 이 사건 건물에 관하여 ○○광역시 명의로 소유권이전등기를 마쳤으며. ○○광역시장은 같은 날 원고에게 위 시행령 제82조에 기하여 공유재산인 이 사건 건물을 2001. 9. 20.부터 2011. 9. 19.까지 10년간 무상 사용할 것을 허가하였다.

다. 원고는 2001. 12. 21. 위와 같이 ○○광역시에 기부채납한 이 사건 건물 및 위 주차장시설(이하 '이 사건 건물 등'이라 한다)의 공급가액 16,548,850,100원인 세금계산서 2매를 발행하였고, 2001년 제2기 부가가치세를 신고함에 있어 위 각 세금계산서의 매출세액 합계 1,654,885,010원을 가산하여 부가가치세를 신고, 납부하였다.

라. 그 후 원고는 이 사건 건물 등의 기부채납이 구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다)제105조 제3호의 1가 정한 영세율 적용대상이라고 보아, 2003. 6. 19. 피고에게 이 사건 건물 등의 기부채납에 대한 부가가치세로 신고, 납부한 1,654,885,010원의 감액경정을 구하는 내용의 경정청구서를 제출하였고, 이에 피고는 이 사건 건물등의 기부채납이 위 법 조항이 정한 영세율 적용대상에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 10. 24. 원고의 경정청구서를 반려하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

〔인정 근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제 4, 5호증의 각 1 내지 3, 갑 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고는, 원고가 구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(2005. 1. 27. 법률 제7386호 사회기반시설에 대한 민간투자법으로 개정되기 전의 것, 이하 '민간투자법'이라한다)제13조에 의하여 주무관청의 지정을 받은 사업시행자가 아니고, 이 사건 건물 등은 민간제안사업 또는 민간투자사업기본계획에 따라 설치된 사회간접자본시설이 아니며, 민간투자법에 의한 방식으로 이 사건 건물 등을 공급한 것도 아니므로 이 사건 건물 등의 기부채납은 구법 제105조 제3호의 2가 정한 영세율 적용대상이 아니고, 따라서 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는, 이 사건 건물 등이 사회간접자본시설에 해당하고, 원고가 민간투자법 제4조 제1호의 방식으로 이 사건 건물 등을 부산광역시에 공급하였으므로 구법에 정한 영세율 적용대상에 해당하며, 그 공급주체인 원고가 민간투자법 제13조에 의한 사업시행자가 아니라거나, 그 공급방식에 있어 민간투자법이 정한 민간제안사업 또는 민간투자사업기본계획에 따라 설치되지 않았다고 하여 이를 영세율 적용대상에 해당하지 않는다고 볼 수 없으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

구법

제105조(부가가치세 영세울의 적용)다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

3의2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

민간투자법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회간접자본시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

머. 여객자동차 운수사업법 제2조 제5호의 규정에 의한 여객자동차터미널

5. "민간투자사업"이라 함은 제9조의 규정에 의한 민간제안사업 또는 제10조의규정에 의한 민간투자시설사업기본계획에 따라 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설사업을 말한다.

7. "사업시행자"라 함은 공공부분 외의 자로서 제13조의 규정에 의한 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.

제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식

2. 사회간접자본시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

다. 판단

(1) 구법은 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설을 영세율 적용대상으로 하고 있다.(제105조 제3호의 2).

민간투자법은 사회간접자본시설에 대한 민간의 투자를 촉진하여 창의적이고 효율적인 사회간접자본시설의 확충·운영을 도모함으로써 국민경제의 발전에 이바지하을 목적으로 하며(제1조), 국가 또는 지방자치단체는 민간투자를 촉진하기 위하여 조세특례제한법(1999.12.28.법률 제6045호로 개정되기 전의 것)은 민간투자법의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 '사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역'의 공급에 대하여 부가가치세를 면제함으로써(제106조 제1항 제5호), 기부채납단계에서는 부가가치세를 과세하고 사용수익단계에서는 면제하였으나, 사업시행자의 초기부담을 최대한 경감하되 수익이 발생하는 운용하는 단계에서 과세할 수 있도록 하기 위하여 구법 제105조 제3호의 2가 신설되었다.

이처럼 위 규정의 취지는 민간투자법에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설의 공급에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 민간투자사업을 활성화하려는 것이지 사회간접자본시설에 해당하는 시설을 공급하는 모든 경우에 영세율을 적용하려는 취지는 아닌 것으로 보인다.

(2) 구법에 의한 영세율 적용대상이 되기 위해서는 '민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로' 국가나 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설이어야 하는데, 민간투자법 제4조 제1호는 '사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식'이라고 규정하고 있다.

원고가 이 사건 건물을 기부채납한 것은 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 지압자치단체에 귀속되고 원고에게 일정 기간의 시설관리운영권이 인정하는 방식에 의한 것으로 일응 그 방식만으로 보면 위 규정에 해당하는 것으로 보이기는 하나(건물완공과 동시에 기부채납하기로 하는 건축허가 조건에 따라 준공 후 곧바로 실질적인 소유권이 부산광역시에 귀속되고 원고는 무상사용허가를 받은 점으로 볼 때 원고 명의의 소유권보전등기가 마쳐졌다가 다시 부산광역시 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다는 사정만으로 위 방식에 어긋난다고 보기는 어렵다), 위 규정은 민간투자법이 정한 '사업시행자'(제2조 제7호)의 개념을 전제로 하고 있으므로, 위와 같은 법문의 해석상 기부채납방식으로 공급하는 모든 경우가 이에 해당하는 것이 아니라 민간투자법이 정한 '사업시행자'가 공급하는 경구에 한하여 영세율이 적용되어야 할 것이다.

(3) 또한, 구법에 의한 영세율 적용대상이 되기 위해서는 민간투자법이 정하는 방식으로 국가나 지방자치단체에 공급하는 '사회간접자본시설'이어야 하는데,민간투자법이 사회간접자본시설에 대한 정의 규정을 두어 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설이 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설 중에서 특히 민간투자법에 정한 시설을 사회간접자본시설로 보고 있는 점을 비추어 볼 때, 여기서 '사회간접자본시설'이라 함은 일반적으로 사회간접자본시설에 해당한다고 여겨지는 시설들을 말하는 것이 아니라 민간투자법에 의한 사회간접자본시설을 의미한다고 할 것이다. 그러한 점에서 2001. 12. 29. 개정된 구 조세특례제한법(2004.12.31.법률 제7322호로 개정되기전의 것)제105조 제3호의2가 민간투자법에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 '동법에 의한'사회간접자본시설이라고 규정한 것은 이와 같은 취지를 보다 명확하게 하기 위한 것이라 할 것이다.

(4) 한편, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의2는 영세율의 적용대상을 '민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역'이라고 규정하고 있는데. 이와 같이 개정되기 이전에도 그와 같은 경우에만 영세율 적용대상으로 보아 과세하여 온 점 등에 비추어 볼 때, 위 규정은 그와 같은 법리를 보다 명확히 확인한 것으로 보인다.

(5) 위에서 본 여러 가지 점을 종합하여 볼 때, 구법 제105조 제3호의2가 정한 영세율은 '민간투자법에 의한 사업시행자가 동법에 의한 방식으로 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설'에 대해서만 적용된다고 할 것이므로, 민간투자법에 의한 사업시행자가 아닌 원고가 구 지방재정법에 근거하여 한 이 사건 건물 등의 공급이 위 조항이 정한 영세율의 적용대상에 해당하지 않는다고 보고 한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인 바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.