1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고의 남편인 B은 2001. 11. 27. C아파트재건축조합으로부터 서울 관악구 D아파트 114동 2004호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 267,080,000원에 분양받기로 하는 분양계약을 체결하였다.

나. B은 2004. 6. 5. 원고에게 이 사건 아파트의 분양권 중 1/2 지분을 증여하고, 위 조합의 승인을 얻어 수분양자 명의를 원고와 B 공동(각 1/2 지분)으로 변경하였다.

다. 원고와 B은 2005. 9. 9. 이 사건 아파트에 관하여 공동으로 소유권이전등기를 마친 후 이를 보유하고 있다가, 2012. 3. 19. 이 사건 아파트를 E에게 630,000,000원에 양도한 후 양도소득세 예정신고를 하면서, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 감면신청을 하였다. 라.

이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 아파트 양도 당시 위 아파트 외 서울 은평구 F 다동 104호(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)도 보유하고 있었고, 한편, 원고가 세무서에 사업자등록을 하지 않았기에 이 사건 주택은 '장기임대주택'에 해당하지 아니하여 원고는 1세대 1주택 비과세 규정의 적용 대상이 아니라고 보아, 원고의 이 사건 아파트 지분에 대하여 양도소득세 감면 특례 적용을 부인하고, 2014. 1. 20. 원고에 대하여 2012년 양도소득세 44,263,887원(가산세 포함)을 결정통지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 한편, 피고는 B에 대해서는 조세특례제한법 제99조의 제3의 특례조항을 적용하여, 아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서 비과세를 적용한 후 2014. 1. 20. 2012년 귀속 양도소득세 7,564,444원을 결정통지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2014. 5. 22. 기각되었다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증 가지번호 있는...