중복조사 해당여부

원고는 가공의 세금계산서를 수취함으로써 조세를 탈루하였고, 원고에 대한 1차 세무조사와 관련하여 파생된 과세자료가 존재하는 이상, '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는 것으로 중복 세무조사에 해당한다고 볼 수 없음.

국세기본법 제81조의4 세무조사권 남용 금지

2013구합55239법인세등부과처분취소

AAAA

AA세무서장

2014. 3. 4

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2011. 9. 5. 원고에 대하여 한 2006 사업연도 법인세 136,206,200원, 2009 사업연도 법인세 96,083,110원 및 2006년 제2기 부가가치세 24,387,700원, 2007년 제1기 부가가치세 13,918,770원, 2008년 제2기 부가가치세 4,015,800원, 2009년 제1기 부가가치세 69,373,360원, 2009년 제2기 부가가치세 16,099,210원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 유무선 정보통신기기 제조・유통업, 게임기기 및 소프트웨어 제조・판매업 등을 영위하는 회사로서 2002. 10. 1. 설립하였다가 2010. 12. 17. 폐업하였다.

나. 피고는 2011. 4. 4.부터 2011. 6. 9.까지 조사대상기간을 2006년 제1기부터 2009년 제1기(2006. 1. 1. ~ 2009. 6. 30.)까지로 하여 원고에 대한 '거래질서 관련 조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 하였고, 그 결과 아래 표1, 2와 같이 실물거래 없는 가공매입 및 가공매출을 확인하여, 2011. 9. 5. 원고에 대하여 2006 사업연도 법인세 136,206,200원, 2009 사업연도 법인세 96,083,110원 및 2006년 제2기 부가가치세24,387,700원, 2007년 제1기 부가가치세 13,918,770원, 2008년 제2기 부가가치세4,015,800원, 2009년 제1기 부가가치세 69,373,360원, 2009년 제2기 부가가치세16,099,210원을 경정・고지하였다(이하 위 법인세 부과처분과 부가가치세 부과처분을 합하여 '이 사건 부과처분'이라 한다. 한편, 피고는 2007 사업연도 법인세 18,546,430원, 2008 사업연도 법인세 7,605,110원 및 2007년 제2기 부가가치세 11,040,000원, 2008년 제1기 부가가치세 14,436,000원에 대하여는 환급결정을 하였다).

[표 1] 가공 매입 (단위: 천원)

순번 거래처 과세기간 공급가액

1 주식회사 유**플***

2007년 1기 20,000

2008년 2기 45,000

2 AAA 주식회사

2006년 1기 204,727

2006년 2기 284,436

3 주식회사 ****코리아 2009년 1기 370,477

4 주식회사 ***테크 2008년 1기 247,700

5 주식회사 ****기술

2007년 1기 77,000

2009년 1기 54,500

6 ***소프트웨어 주식회사 2006년 1기 310,940

7 주식회사 **엔터프라이즈 2009년 2기 151,314

합 계 1,766,094

[표 2] 가공 매출 (단위: 천원)

순번 거래처 과세기간 공급가액

1 주식회사 **테크 2008년 1기 250,000

2 주식회사 ****기술

2006년 1기 317,351

2006년 2기 99,560

2007년 2기 88,000

2008년 1기 252,000

2009년 1기 3,800

3 주식회사 엔**택

2006년 2기 60,000

2007년 1기 30,000

2007년 2기 50,000

2008년 1기 50,000

2008년 2기 30,000

2009년 1기 22,500

합 계1,253,211

다. 원고는 이 사건 . 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐, 2011. 12. 30. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 14. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 피고가 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하'구 국세기본법'이라 한다) 제81조의7에 따라 조사개시 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 원고에게 통지하여야 할 의무가 있음에도, 피고는 원고에게 이 사건 세무조사 전에 이와 같은 사전통지를 하지 않았으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 과세요건에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세권자인 원고에게 있다고 할 것인데, 이 사건의 경우 피고는 과세요건에 대한 충분한 입증을 하지 못하였으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.

(3) 1차 세무조사를 받을 때 세무조사 공무원이 5년 전까지 모든 거래내역을 조사한다고 하였고 이에 따라 원고가 5년 동안의 관련 자료를 제출한 점, 이 사건 세무조사는 원고가 1차 세무조사 당시 제출한 자료에 근거한 점 등에 비추어 보면, 1차 세무조사와 이 사건 세무조사는 세목과 과세기간이 중복되므로, 이 사건 부과처분은 구 국세기본법 제81조의4 소정의 중복조사금지에 위반하여 행해진 세무조사에 터잡아 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

구 국세기본법 제81조의7 제1항은 '세무공무원은 국세에 관한 조사를 위하여 당해 장부・서류 기타 물건 등을 조사하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조의 규정에 의하여 납세관리인을 정하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말하며, 이하 이 조에서 같다)에게 조사개시 10일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 기타 대통령령이 정하는 사항을 통지하여야 한다. 다만, 범칙사건에 대한 조사 또는 사전통지의 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.'고 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제3호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 피고가 이 사건 세무조사를 하기 전에 원고는 이미 피고로부터 가공세금계산서 수취 혐의로 세무조사를 받았고 그 결과 2009년 제2기에 주식회사 ****정보통신으로부터 113,682,000원 및 주식회사 **엔터프라이즈로부터 60,286,000원의 허위세금계산서를 수취한 사실이 밝혀진 점, 원고는 2006년 제1기에 주식회사 ****기술에게 317,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 발행한 혐의와 2009년 제1기에 주식회사 ****코리아로부터370,000,000원 및 2006년 제1기에 주식회사 ***소프트웨어로부터 310,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 수취한 혐의가 있어 이 사건 세무조사의 조사대상자로 선정된 점 등에 비추어 보면, 이 사건은 원고에게 사전통지를 하는 경우 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 세무조사에 착수하면서 사전통지를 하지 아니한 것에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없고(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결참조), 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406판결 등 참조).

이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 매입과 관련하여 원고가 매입처에게 거래대금을 통장으로 지급한 후 현금으로 되돌려받거나, 매입처 대표자 개인통장으로 이체된 후 부가가치세를 제외한 나머지 금액이 원고의 법인통장이나 원고 대표이사 BBB의 개인통장으로 다시 이체된 것으로 확인되었고, 매출과 관련하여 원고가 매출처로부터 거래대금을 통장으로 지급받은 후 현금으로 되돌려주거나, 매출처의 통장이나 매출처 대표자의 개인통장으로 부가가치세를 제외한 나머지 금액이 다시 이체된 것으로 확인된 점, ② 원고가 세금계산서를 수취하거나 발행한 상대방 중 다수가 이미 국세청에 의하여 자료상 혐의자로 고발되었던 점, ③ 원고의 대표이사 BBB는 이 사건 세무조사에 근거하여 조세범처벌법위반 혐의로 기소되었는데, 그 형사재판(서울동부지방법원 2013노***)에서 대부분의 공소사실이유죄로 인정된 점(다만 원고가 CCC에 허위의 매출세금계산서를 발행하였다는 공소사실은 합리적인 의심을 배제할 정도의 증명이 되었다고 보기 어렵다는 이유로 무죄가 선고되었다. 위 판결은 대법원에서 2013. 11. 14. 상고기각됨으로써 그대로 확정되었다) 등을 종합하면, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 입증되었으므로, 이러한 세금계산서에 따른 거래가 실제로 있었다는 점에 관하여는 원고가 이를 입증하여야 할 것인데, 갑 제4 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고가 이 사건 세금계산서에 따른 거래를 가공거래로 인정하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다(한편, 원고는 2013. 12. 10.자 준비서면에서 원고와 거래한 개별적인 거래 상대방과의 거래가 가공거래가 아니었다는 주장을 모두 철회하였다).

(3) 원고의 세 번째 주장에 관하여

(가) 인정사실

1) 피고는 '원고가 2009년 제2기에 주식회사 ****정보통신으로부터 실물거래 없이 773,000,000원의 세금계산서를 수취하고, 170,000,000원의 세금계산서를 발행하였다 는 혐의로 원고를 ' 조사대상자로 선정하였고, 원고에 대하여 2010. 8. 18.부터 2010. 10. 22.까지 2009년 제2기(2009. 7. 1.부터 2009. 12. 31.까지)를 조사대상기간으로 하여 '거래질서 관련조사'(이하 '제1차 세무조사'라 한다)를 하였으며, 그 결과 주식회사 ****정보통신 및 주식회사 **엔터프라이즈로부터 수취한 세금계산서 중113,682,000원 및 60,286,000원을 가공거래로 보아 경정처분을 하였다.

2) 피고는 2010. 10.경 원고의 1차 세무조사와 관련하여 인수한 과세자료에 대하여 다음과 같이 처리하였다.

과세기간자료 종류금액(천원)처리결과

2005년 2기세금계산서불일치141,050매출누락(60,000,000원) 경정 및 폐업자와의 거래분 매입세액 불공제 및 자료파생

2006년 1기세금계산서불일치6,363사업자번호 오류기재, 폐업자와 거래분매입세액 불공제 및 자료파생

2006년 2기자료상혐의통보342,000거래대금 355,320,000원 계좌이체 등실제거래로 판단되며, 무자료 매출(139,090,000원)과 2007. 2. 반품분(141,318,000원)에 대해 경정

3) 피고는 이러한 1차 세무조사와 과세자료 처리결과를 근거로 원고에 대하여 2005년 제2기 부가가치세 12,465,360원, 2006년 제1기 부가가치세 1,067,178원, 2006년 제2기 부가가치세 22,557,762원, 2007년 제1기 부가가치세 23,564,802원, 2009년 제2기 부가가치세 29,452,782원 및 2005 사업연도 법인세 12,572,039원, 2006 사업연도 법인세 37,801,161원, 2007 사업연도 법인세 41,900,407원, 2009 사업연도 법인세38,260,6020원을 경정・결정하였다.

4) 한편, 피고는 '원고가 2006년 제1기에 주식회사 ****기술에게 317,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 발행하였고, 2009년 제1기에 주식회사 ****코리아로부터 370,000,000원 및 2006년 제1기에 주식회사 ***소프트웨어로부터 310,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 수취하였다'는 혐의로 원고를 조사대상자로 선정하였고, 2011. 4. 4.부터 2011. 6. 9.까지 이 사건 세무조사를 실시한 후, 그 결과를 토대로 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제3 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의각 기재, 변론 전체의 취지

(나) 판단

구 국세기본법 제81조의4 제2항은 '세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.'고 규정하면서, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(1호), 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우(2호), 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우(3호), 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우(4호), 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(5호)를 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있는 경우로 규정하고 있다.

이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 1차 세무조사의 조사대상기간은 2009년 제2기(2009. 7. 1. ~ 2009. 12. 31.)인 반면 이 사건 세무조사의 조사대상기간은 2006년 제1기부터 2009년 제1기(2006. 1. 1. ~ 2009. 6. 30.)까지로서 양 세무조사는 조사대상기간이 서로 다른 점, ② 1차 세무조사는 '원고가 2009년 제2기에 주식회사 ****정보통신으로부터 실물거래 없이 773,000,000원의 세금계산서를 수취하고, 170,000,000원의 세금계산서를 발행하였다는 점을 이유로 원고를 조사대상자로 선정한 반면 이 사건 세무조사는 '원고가 2006년 제1기에 주식회사 ****기술에게317,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 발행하였고, 2009년 제1기에 주식회사 ****코리아로부터 370,000,000원 및 2006년 제1기에 주식회사 ***소프트웨어로부터 310,000,000원의 실물 거래 없는 거짓의 세금계산서를 수취하였다'는 점을 이유로 원고를 조사대상자로 선정하였는바, 양 세무조사는 조사에 착수하게 된 경위가 서로 다른 점, ③ 1차 세무조사 및 과세자료 처리에 따른 처분 내용과 이 사건 세무조사에 따른 처분 내용이 전혀 다른 점, ④ 설령 원고의 주장대로 이 사건 세무조사가 1차 세무조사 당시 제출된 자료를 근거로 시작되었고, 같은 과세기간에 대한 과세가 이루어졌다고 하더라도, 1차 세무조사 결과 원고가 가공의 세금계산서를 수취함으로써 조세를 탈루하였고, 원고에 대한 1차 세무조사와 관련하여 파생된 과세자료가 존재하는 이상 이는 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 소정의 '조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 세무조사는 위법한 중복 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.