1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

서울 중구 B 외 12필지 3,775㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자들이었던 원고 등 23명(이후 17명으로 감소하였는데, 이하 ‘조합원들’이라 한다)은 이 사건 토지 위에 상가를 신축하여 분양 및 임대사업을 영위하기 위한 목적으로 1996. 9. 20. C조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)을 설립하였다.

이 사건 조합은 2000. 12. 30. 이 사건 토지 위에 1,878개 점포로 구성된 D빌딩(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)을 신축한 후 2001. 1. 11. 이 사건 조합 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

이 사건 조합은 2000년경 이 사건 상가의 1,600여개 점포를 분양하면서 이 사건 토지가 원고 등 23명의 명의로 등기되어 있었던 관계로, 수분양자들과 사이에 이 사건 조합이 수분양자들에게 이 사건 토지를 30년간 사용할 수 있는 권리를 부여하고 그 대가로 수분양자들로부터 토지사용료를 선납 받는 내용의 토지사용계약(이하 ‘이 사건 토지사용계약’이라 한다)을 체결한 다음, 수분양자들로부터 토지사용료 1,141억 원(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 선납 받았다.

피고는 이 사건 조합이 국세기본법상 법인으로 보는 단체 외의 단체이고 그 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 경우이므로 조합원인 원고가 이 사건 사용료 중 원고의 지분비율(3.5%)에 해당하는 부분(이하 ‘쟁점 사용료’라 한다)에 대한 소득세 납부의무가 있음에도, 원고가 2012년과 2013년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점 사용료 수입을 신고하지 않았다는 이유로, 2017. 4. 25. 원고에 대하여 2012년 귀속 종합소득세 65,943,020원(가산세 포함)을, 2013년 귀속 종합소득세 61,171,050원(가산세 포함)을 각 경정ㆍ고지 이하 ‘이 사건 처분’이라...