감면 조세특례제한법 적용시 계약일과 양도일 중 언제 법률을 적용해야 하는지

계약일과 양도일의 년도가 다른 경우 양도소득세 감면등을 적용할 때 법 적용 기준년도 판단은 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 규정은 납세자의 신뢰보호를 위하여 계약일 당시 시행되었던 조세특례제한법을 적용하여야 한다고 해석하여야 함

조세특례제한법 제80조, 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항

상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다..

구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ´구법´이라한다) 제 80조 제1항은 ´내국인이 국민주택건설용지로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2003.12.31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다´고 규정하였는데, 2001.12.29. 개정된 조세특례제한법(이하 ´개정법´이라 한다)은 제80조를 삭제하면서, 그 경과조치로 부칙 제2조 제2항에서 ´개정법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 개정법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다´고 규정하는 한편, 부칙 제25조 제2항에서는 ´개정법 시행 당시 종전의 ... 제80조... 의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세... 에 관한 감면· 이월과세· 과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다´고 규정하고 있는 바, 위 각 규정에 나타난 바와 같이 구법 제80조가 ´2003.12.31. 이전에 토지를 양도함으로써 발생하는 소득´으로 특정하여 그 감면대상을 규정함으로써 일반 국민에게 위 기간까지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 신뢰를 명시적으로 부여한 것으로 볼 수 있는 점, 개정법은 부칙 제2조 제2항으로 양도소득세에 관한 개정규정은 개정법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 일반적 경과규정을 두고 있는 것과 별도로 부칙 제25조 제2항으로 개정법 시행 당시 종전의 제80조의 규정에 의하여 토지를 양도한 경우 양도소득세 감면에 관하여는 종전의 규정을 적용하도록 명시적으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 개정법 부칙 제25조 제2항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 후 203.12.31. 이전에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한 부칙 제2조 제2항으로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정으로 봄이 상당하므로, 개정법 부칙 제25조 제2항의 ´종전의...제80조...의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우´라 함은 ´토지소유자가 구법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 이후부터 2003.12.31. 이전에 대금을 청산한 경우´를 의미한다고 해석해야 할 것이다.

원심이 같은 취지에서 구법 시행 당시 토지 양도계약이 체결되고 개정법 시행 후이면서 2003.12.31. 이전에 잔금이 청산된 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득세에 관하여 구법 제80조가 적용되어야 한다고 판단한 것은 옳고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 법령의 경과규정에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

상고이유가 들고 있는 대법원판결들은 사안을 달리 하여 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

※참고자료

서울고등법원2004누14061 (2005.06.24)

1.피고의 항소를 기각한다.

2.항소비용은 피고가 부담한다.

1.청구취지

피고가 2002.9.5. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,443,669,670원의 부과처분 중 1,347,197,230원을 초과하는 부분을 취소한다(원고는 소장 청구취지란에 ″1,367,197,230원을 초과하는 부분″으로 표시하였으나, 위 금액은 농어촌특별세로 납부한 세액 20,000,000원을 포함하는 것으로서, 그 주장의 취지가 ″양도소득세액 중 1,367,197,230원을 초과하는 부분″을 다투는 것이 아님이 분명하므로, 착오에 기인한 것으로 본다).

2.항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 ○○시 ○○동 ○○번지 외 32필지 면적합계 53,708㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 소유하고 있었는데, 그 일대가 토지구획정리사업지구에 편입되어 이 사건 토지에 대한 환지예정지가 지정되자, 주택건설등록업자인 주식회사 ○○개발이 그 환지예정지에 국민주택 규모의 아파트를 건설할 계획하에 이 사건 토지의 매도를 요청하여 2001.12.24. ○○개발과 사이에 매매대금을 13,796,000,000원으로 한 매매계약을 체결하고 당일 계약금 2,785,000,000원을 지급받은 후, 2002.1.31. 중도금 4,137,000,000원, 같은 해 4.2. 잔금 6,901,000,000원을 지급받았다.

나. 원고는 2002.6.28. 양도소득과세표준 예정신고를 함에 있어 이 사건 토지가 국민주택건설용지임을 근거로 조세특례제한법(2001.12.29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항, 제133조 제1항에 따라 산출세액 1,684,937,927원의 25% 상당액 한도내인 1억원을 감면세액으로 하여 양도소득세 1,347,197,230원과 농어촌특별세 20,000,000원(감면세액의 20%)을 신고납부하였다.

다. 피고는 2001.12.29. 조세특례제한법이 개정되면서 국민주택건설용지에 대한 양도소득세액감면규정(제80조)이 삭제되어 2002.1.1.부터 시행되었고 이 사건 토지의 양도시기는 그 대금 청산일인 2002.4.2.로서 위 개정법 시행 후이므로 종전 규정의 적용이 없다고 하면서 위 세액감면을 배제하고 양도소득세를 1,443,669,675원으로 경정하여 2002.9.5. 원고에게 기납부양도소득세액과 농어촌특별세액을 공제한 76,472,440원(단수금 생략)을 추가 고지하였다(농어촌특별세액은 국세기본법 제51조 소정의 과오납부금임을 전제로 이를 위 경정처분한 양도소득세액에 충당한 것으로 보인다. 위 경정처분을 이하 이 사건 처분이라고 한다).

인정근거 다툼이 없는 사실

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점

원고는, 개정된 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 규정에 따르면 2003.12.31. 이전에 양도하는 토지에 대하여 개정전 조세제한특례법 제80조가 적용되어 양도소득세액의 25%를 감면하여야 한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는, 위 부칙 제25조 제2항이 적용되기 위해서는 부동산의 양도에 따른 대금의 청산이 2002.1.1.이전에 이루어져야 한다고 주장한다.

따라서 이 사건의 쟁점은 2001.12.29. 조세특례제한법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결한 후 대금 청산은 그 세액감면규정이 삭제된 개정법 시행후에 한 경우 종전 규정에 따라 세액감면 대상이 되는지 여부이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 ´구법´이라 한다) 제80조는 내국인이 국민주택건설용지로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하였는데, 2001.12.29. 개정된 조세특례제한법(이하 ´개정법´이라 한다)은 제80조 등을 삭제하여 위 규정에 의한 양도소득세의 감면특례를 배제하였고, 경과조치 부칙 제2조는 개정법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하면서, 부칙 제25조 제2항는 종전의 제80조 등 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세에 관한 감면 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하였다.

(2) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하기 위해서는 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정해야 할 것인바(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결 등 참조), 구법 제80조는 국민주택건설용지로 토지를 양도한 경우에 세액감면의 기간을 2003년 12월 31일로 명시하고 있어 원고가 2001.12.24. ○○개발과 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결할 당시에는 2003년 12월 31일까지 이 사건 토지를 ○○개발에 양도할 경우 양도소득세를 감면 받을 수 있다고 신뢰하였고, 이는 단순한 기대에 불과한 것이 아니라 기득권에 갈음하는 것으로서 보호되어야 할 가치가 있으며, 개정법 부칙 제25조 제2항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 후 2003년 12월 31일 이전에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한 부칙 제2조로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정이라고 할 것이므로, 개정법 부칙 제25조 제2항의 ´종전의 ...제80조...의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우´라 함은 ´토지소유자가 2001.12.29. 조세특례제한법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결한 후 2003.12.31. 이전에 대금을 청산한 경우´를 의미한다고 해석해야 할 것이다.

(3) 따라서 원고의 이 사건 토지 양도에 관하여 세액감면을 배제한 이 사건 처분은위법하다 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

○ 조세특례제한법 제80조국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면(2001.12.29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

①내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 양도일부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지를 2003년 12월 31일이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(동조제1항 단서의 규정에 의하여 등록이 면제된 경우를 제외하며, 이하 이 조에서 ″주택건설등록업자″라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 ″국민주택″이라 한다)의 건설용지

④제1항의 규정은 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

○조세특례제한법 제80조삭제(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것)

부칙

제1조(시행일)

이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. (단서생략)

제2조(일반적 적용례)

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제25조 이월과세 및 양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치

② 이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의2제3항, 제56조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제69조 내지 제71조, 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조 및 제97조의2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면· 이월과세· 과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

○ 소득세법 제98조 양도 또는 취득의 시기

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제162조 양도 또는 취득의 시기

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부· 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

※ 참고자료

서울행정법원2003구단3539 (2004.06.22)

1. 피고가 2002.9.5. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,443,669,670원의 부과처분 중 1,347,197,230원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구 취지

주문과 같다(원고는 소장 청구취지란에 ″1,367,197,230원을 초과하는 부분″으로 표시하였으나, 위 금액은 농어촌특별세로 납부한 세액 20,000,000원을 포함하는 것으로서, 그 주장의 취지가 ″양도소득세액 중 1,367,197,230원을 초과하는 부분 ″을 다투는 것이 아님이 분명하므로, 착오에 기인한 것으로 본다.

1. 처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

가. 원고는 ○○시 ○○동 ○○번지 외 32필지 면적합계 53,708㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 소유하고 있었는데, 그 일대가 토지구획정리사업지구에 편입되어 이 사건 토지에 대한 환지예정지가 지정되자, 주택건설등록업자인 주식회사 ○○개발이 그 환지예정지에 국민주택 규모의 아파트를 건설할 계획하에 이 사건 토지의 매도를 요청하여 2001.12.24.위○○개발과 사이에 매매대금을 13,796,000,000원으로 한 매매계약을 체결하고 당일 계약금 2,785,000,000원을 지급받은 후, 2002.1.31. 중도금 4,137,000,000원, 같은 해 4.2. 잔금 6,901,000,000원을 지급받았다.

나. 원고는 2002.6.28. 양도소득과세표준 예정신고를 함에 있어 이 사건 토지가 국민주택건설용지임을 근거로 조세특례제한법(2001.12.29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제80조 제1항, 제133조 제1항에 따라 산출세액 1,684,937,927원의 25% 상당댁 한도내인 1억원을 감면세액으로 하여 양도소득세 1,347,197,230원과 농어촌특별세 20,000,000원(감면세액의 20%)을 신고납부하였다.

다. 그러나 피고는 2001.12.29. 조세특례제한법이 개정되면서 국민주택건설용지에 대한 양도소득세액감면규정(제80조)이 삭제되어 2002.1.1.부터 시행되었고 이 사건 토지의 양도시기는 그 대금 청산일인 2002.4.2.로서 위 개정법 시행 후이므로 종전 규정의 적용이 없다고 하면서 위 세액감면을 배제하고 양도소득세를 1,443,669,675원으로 경정하여 2002.9.5. 원고에게 기납부양도소득세액과 농어촌특별세액을 공제한 76,472,440원(단수금 생략)을 추가 고지하였다(농어촌특별세액은 국세기본법 제51조 소정의 과오납부금임을 전제로 이를 위 경정처분한 양도소득세액에 충당한 것으로 보인다. 위 경정처분을 이하 이 사건 처분이라고 한다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁 점

이 사건의 쟁점은 2001.12.29. 조세특례제한법이 개정되기 전에 국민주택건설용지의 양도계약을 체결한 후 대금 청산은 그 세액감면규정이 삭제된 개정법 시행 후에 한 경우 종전 규정에 따라 세액감면 대상이 되는지 여부이다.

나. 관계 법령

○ 조세특례제한법 제80조국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

① 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 양도일로부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지를 2003년 12월 31일이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(동조제1항 단서의 규정에 의하여 등록이 면제된 경우를 제외하며, 이하 이 조에서 ″주택건설등록업자″라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 ″국민주택″이라 한다)의 건설용지

○ 조세특례제한법 제80조(삭제) (2001.12.29 법률 제6538호로 개정된 것)

부칙

○ 조세특례제한법 제1조 시행일

이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다(단서 생략)

○ 조세특례제한법 제2조 일반적 적용례

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제25조 이월과세 및 양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치

② 이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의2제3항, 제56조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제69조 내지 제71조, 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조의2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면· 이월과세· 과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

다. 판단

개정된 조세특례제한법 부칙 제25조 제2항의 경과조치 대상이 되는 종전의 규정들은 제80조를 포함하여 대부분 일정한 자산 양도에 대해 세액을 감면하는 내용의 규정으로서 이 사건과 마찬가지로 종전 규정에 따라 세액감면을 받을 것으로 신뢰하여 당해 자산의 양도계약을 체결하고 미처 대금청산이 이루어지지 않고 있는 사이에 법개정으로 세액감면 혜택이 소멸되는 상황이 발생하는 경우인 점, 부칙 제2조의 일반적 적용례와 따로 부칙 제25조 제2항을 두고 있음에도 부칙 제25조 제2항의 ″양도한 경우″를 개정법 시행 당시 이미 양도계약에 기한 대금청산을 한 경우로 본다면 이는 부칙 제2조에 규정한 내용을 반복하는 아무 의미없는 규정이 되어 버리는 점 등에 비추어 보면, 개정법 부칙 제25조 제2항은 개정법 시행 전에 종전 규정의 세액감면혜택을 신뢰하여 양도계약을 체결하였으나 개정법 시행 후에 대금이 청산되어 일반적 적용례에 관한 부칙 제2조로는 그 신뢰가 보호되지 아니하는 결과가 발생될 수 있는 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하는 특별규정이라 할 것이므로, 그 ″양도한 경우″는 양도의 원인행위를 한 경우를 의미하는 것으로 해석하여야 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 토지 양도에 관하여도 종전 규정이 적용되어야 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 그 부분에 있어서 위법하다.

3. 결 론

따라서 이 사건 처분 중 종전의 세액감면 규정에 따른 양도소득세 1,347,197,230원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 한다.