법인본사를 수도권생활지역외의 지역으로 이전시 임시특별감면세액 대상 여부

법인본사를 수도권생활지역외의 지역으로 이전한데 대한 임시특별감면세액을 계산함에 있어서 외부근무 직원 및 서류 결재를 위해 이전한 본사로 왕래한 직원들은 수도권외의 지역으로 이전한 본사의 상시근무인원으로 볼 수 없음.

조세특례제한법 제63조의2 법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면등

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 8. 10. 원고에 대하여 한 2001년도 귀속분 법인세 3,559,081,050원의 부과처분을 취소한다.

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 주택건설사업 등을 목적으로 1986. 3. 24. 설립된 법인으로서 ○○시 ○○동 1015-3 ○○○빌딩 14층(이하 '○○ 본사'라 한다)에 본사를 두고 사업을 영위하여 오던 중, 본사를 2001. 1. 29. △△시 ○○동 881-5 ○○빌딩 5층(이하 '△△ 본사'라 한다)으로 이전하였다가 2003. 7. 1. ○○시 ○○동 494-6 ○○빌딩 5층으로 이전하였다.

나. 원고는 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2 규정에 의한 임시특별세액감면을 신청하여 2001년 귀속분 9,750,657,000원의 법인세를 감면받았다.

다. 그런데 피고는 원고가 △△시로 본사를 이전한 직후인 2001년 2월에는 본사업무에 종사하는 인원 22명 중 5명만이 △△ 본사에서 근무하였고, 2001년 3월에는 본사업무에 종사하는 인원 45명 중 10명만이 △△ 본사에서 근무하였으며, 각 나머지 인원은 여전히 ○○ 본사에서 근무하였다고 보아, 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의한 임시특별감면세액을 다시 계산한 다음, 원고에 대하여 2006. 8. 10. 2001년 귀속분 법인세로 4,174,385,230원을 부과하는 이 사건 과세처분을 하였다.

라. 원고가 이 사건 과세처분에 대하여 국세심판을 청구하자, 국세심판원장은 원고 임원 중 최○○는 실제 2001년 2월부터 △△ 본사에서 근무한 사실이 인정되고, 원고의 대표이사 및 나머지 임원들은 △△ 본사에서의 상시근무 여부에 불구하고 그들이 수행하는 업무의 특성상 △△ 본사에서 실제로 근무한 것으로 인정함이 타당하다는 이유로, 원고 임원 중, 최○○는 2001년 2월부터, 나머지 강○○, 한○, 손○○, 이○○은 2001년 3월부터 △△ 본사에서 각 근무한 것으로 보아 이 사건 과세처분 금액 중 615,304,180원을 취소하는 결정을 하였고, 이에 따라 현재 잔존하는 부과세액은 3,559,081,050원이다.

[인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 ○○에서 △△로 본사를 이전한 후 피고에 의해 2001년 2월 및 3월에 ○○본사에서 근무한 것으로 판단된 원고 종업원 46명(2001년 2월-16명, 2001년 3월-30명, 이하 '이 사건 종업원들'이라 한다)은 모두 당시 △△ 본사에서 상시근무하였으므로, 이 사건 과세처분은 위법하다.

또한, '상시근무'란 하루종일 사무실에 상주하는 근무 인원이 아니라 상사의 업무 지시에 따라 외부근무를 하는 경우까지도 포함하여야 하는바, 이 사건 종업원들은 △△ 본사에 출근한 후 외부근무를 하여온 사람들로서 △△ 본사 상시근무인원에 포함되어야 한다.

설사 이 사건 종업원들이 2001년 2월 및 3월에 △△ 본사에서 근무하지 않았다 하더라도 상급자의 결재를 받기 위해서 △△ 본사를 왕래하였기 때문에 ○○본사에서 상시근무한 것으로 볼 수 없으므로, 이 사건 종업원들이 2001년 2월 및 3월에 ○○ 본사에서 상시근무하였음을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법하다.

(2) 원고가 2002. 3. 30. 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 △△세무서장에게 제출하였는데, 이에 대하여 △△세무서장, ○○지방국세청장의 경정결정이 없었고, 감사원의 ○○지방국세청에 대한 감사에서도 원고에 대한 세액감면이 문제되지 아니하였는바, 이로써 과세관청은 원고에 대한 세액 감면이 적법하다는 취지의 견해 표명을 하였다고 보아야 하므로, 2006년에 뒤늦게 위 견해 표명과 달리 행한 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 종업원들의 △△ 본사 근무 여부

(가) 일단 성립한 납세의무를 법률의 규정에 의하여 사후에 해제시키는 조세 감면의 요건에 대한 입증책임은 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 보아야 하고(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조), 이 사건 종업원들이 △△ 본사 상시근무인원인지 여부는 조세특례제한법 제63조의2 소정의 조세감면요건의 존부에 관한 사정으로서 납세의무자인 원고가 그 충족사실을 입증하여야 할 것이다.

(나) 그러므로 이 사건 종업원들이 2001년 2월 및 3월에 △△ 본사에서 근무하였는지 보건대, 이에 부합하는 듯한 갑 제8호증의 1 내지 6의 각 기재와 제1심 및 당심 증인 이○○, 제1심 증인 손○○의 각 증언은, 갑 제2호증, 갑 제4호증 내지 갑 제6호증(가지번호 포함), 을 제5호증 내지 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① △△ 본사에 관하여 2001. 1. 27. 임대차계약이 체결되었고, 2001. 2. 중순경 사무실 내부공사를 하였으며, 2001. 2. 19.에야 사무실 집기를 들이는 등 2001년 2월에는 이 사건 종업원들이 △△ 본사에서 근무할 환경이 제대로 갖추어지지 아니하였던 점, ② 2001. 3. 말경 △△ 본사에 입사한 이○○, 김○○, 장○은 3월 초순경 ○○ 본사에서 입사면접을 보고 2001. 3. 말경부터 △△ 사무실에서 근무하기 시작하였다고 진술하고 있는 점, ③ 원고는 2001. 2. 15.부터 ○○에서 △△ 본사까지 통근버스를 운행하였다고 주장하나, 위 통근버스 임대차계약서에는 2001. 3. 2.부터 운행하는 것으로 기재되어 있을 뿐 아니라 통근버스 좌석수도 14개에 불과하여 원고가 2001. 3. △△ 본사에서 근무하였다고 주장하는 인원수(45명)에 비추어 턱없이 부족한 점(원고는 통근버스를 이용하지 못하는 인원은 카풀이나 개인 승용차로 출퇴근하였다고 주장하나, 갑 제16호증의 1 내지 12의 각 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다) 등에 비추어 믿기 어렵고, 갑 제7호증, 갑 제9호증, 갑 제14호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 종업원들이 2001년 2월 및 3월에 △△ 본사에서 근무하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(다) 원고는, 2001년 2월 및 3월에 작성된 회사 서류에 담당직원부터 대리, 과장, 차장, 부장, 임원, 부사장, 사장에 이르기까지 직급에 따른 결재가 되어 있으며, 이 중 임원, 부사장, 사장에 대해서는 △△ 본사에서 근무한 것으로 인정되어 이 사건 과세처분이 이루어졌으므로, 위 결재 직원 중 부장 이하 직급의 직원들도 모두 △△ 본사에서 근무한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 갑 제2호증의 기재에 의하면 원고의 임원 및 대표이사는 주로 토지를 매입하고 민원을 해결하는 업무에 종사하므로 굳이 △△ 본사에서 상근하여야만 △△ 본사 상시근무로 인정할 수 있는 것은 아니고 지출결의서에 경비 중 77%를 △△ 지역에서 지출하였다는 이유로 △△ 본사 상시근무인원으로 인정된 것으로 △△ 본사 사무실에서 실제로 상시근무하였기 때문은 아니므로, 위 임원들을 △△ 본사 상시근무인원으로 인정하였다고 하여 위 임원들이 결재한 서류를 기안한 직원에 대해서까지 △△ 본사 상시근무자로 인정되어야 한다는 주장은 이유 없다.

(라) 또한, 원고는 상사의 업무 지시에 따라 외부근무를 한 직원들도 △△ 본사 상시근무인원에 포함되어야 한다고 주장하나, 갑 제10호증 내지 갑 제13호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 종업원들이 일단 △△ 본사에 출근한 후 업무지시에 따라 외부근무를 하여왔다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(마) 원고는 다시, 이 사건 종업원들 중 2001년 2월 및 3월에 서류 결재를 위해서 △△ 본사로 왕래한 직원들은 △△ 본사 상시근무인원에 포함되어야 한다는 취지로 주장하나, 설령 서류 결재를 위해 △△ 본사에 왕래한 일이 있다 하더라도 그러한 사정만으로는 △△ 본사에 상시근무하였다고 인정할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(2) 신의성실 또는 신뢰보호의 원칙에 위반되는지 여부

원고의 세액감면신청에 대하여 이 사건 부과처분이 있기 전까지 △△세무서장, ○○지방국세청장, 감사원이 별다른 이견표명을 하지 아니하였다 하더라도, 그러한 사정만으로는 과세관청이 원고에 대한 세액 감면이 적법하다는 취지의 공적인 견해 표명을 하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 과세처분이 신의성실 또는 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다고 볼 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 종업원들이 △△ 본사 상시근무인원에서 제외됨을 전제로 한 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

■ 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

제63조의2 (법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면등)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권생활지역 외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세 및 특별부가세의 감면등을 받을 수 있다.

1. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 이 조에서 "과밀억제권역"이라 한다)안에 5년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역(이하 이 조에서 "수도권생활지역"이라 한다)외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2002년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2002년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전 계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권생활지역 외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역 안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권생활지역 안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권생활지역 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. 끝.