본사지방이전에 대한 임시특별세액감면을 계산함에 있어서 수도권내 본사 근무 인원이 있었는지 여부

감면요건에 대한 입증책임은 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 봄이 상당한바, 이 사건의 경우 원고의 주장을 인정하기 어려운 점, 달리 이를 입증할 증거가 없는 점 등으로 보아 원고의 주장은 이유 없음

조세특례제한법제63조의2 (법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면등)

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2006. 8. 10. 원고에 대하여 한 2001년도 귀속분 법인세 3,559,081,050원의 부과처분을 취소한다.

1. 과세처분의 경위

가. 원고는 주택건설사업 등을 목적으로 1986. 3. 24. 설립된 법인으로서 ○○시 ○○동 1015-3 ○○빌딩 14층(이하 '○○ 본사'라 한다)에 본사를 두고 사업을 영위하여 오던 중, 본사를 2001. 1. 29. △△시 ○○동 884-5 ○○빌딩 5층(이하 '△△ 본사'라 한다)으로 이전하였다가 2003. 7. 1. ○○시 ○○동 494-6 ○○빌딩 5층으로 이전하였다.

나. 원고는 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2 규정에 의한 임시특별세액감면을 신청하여 2001년 귀속분 9,750,657,000원의 법인세를 감면받았다.

다. 그런데 피고는 원고가 ○○시로 본사를 이전한 직후인 2001. 2월에는 본사업무에 종사하는 인원 22명 중 5명만이 ○○ 본사에서 근무하였고, 2001. 3월에는 본사업무에 종사하는 인원 45명 중 10명만이 △△ 본사에서 근무하였으며, 각 나머지 인원은 여전히 ○○ 본사에서 근무하였다고 보아, 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의한 임시특별감면세액을 다시 계산한 다음, 원고에 대하여 2006. 8. 10. 2001년 귀속분 법인세로 4,174,385,230원을 부과하는 이 사건 과세처분을 하였다.

라. 원고가 이 사건 과세처분에 대하여 국세심판을 청구하자, 국세심판원장은 원고임원 중 최○○는 실제 2001. 2월부터 원주 본사에서 근무한 사실이 인정되고, 원고의 대표이사 및 나머지 임원들은 △△ 본사에서의 상시근무 여부에 불구하고 그들이 수행하는 업무의 특성상 △△ 본사에서 실제로 근무한 것으로 인정함이 타당하다는 이유로, 원고 임원 중, 최○○는 2001. 2월부터, 나머지 강○○, 한○, 손○○, 이○○은 2001. 3월부터 △△ 본사에서 각 근무한 것으로 보아 이 사건 과세처분 금액 중 615,304,180원에 대하여 이를 취소하는 결정을 하였고, 이에 따라 현재 잔존하는 부과세액은 3,559,081,050원이다.

[인정근거 : 일부 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증, 을갑 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 ○○에서 △△로 본사를 이전한 후 피고에 의해 2001. 2월 및 3월에 ○○본사에서 근무한 것으로 판단된 원고 종업원 46명(2001. 2월-16명, 2001. 3월-30명, 이하 '이 사건 종업원들'이라 한다)은 모두 당시 △△ 본사에서 상시 근무하였으므로, 이 사건 과세처분은 위법이다.

(2) 설사 이 사건 종업원들이 2001. 2월 및 3월에 △△ 본사에서 근무하지 않았다 하더라도 상급자의 결재를 받기 위해서 원주 본사를 왕래하였기 때문에 ○○본사에서 상시 근무한 것으로 볼 수는 없으므로, 이 사건 종업원들이 2001. 2월 및 3월에 ○○본사에서 상시 근무하였음을 전제로 한 이 사건 과세처분은 위법이다.

나. 관계법령

별지 기재 관계 법령과 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 종업원들의 원주 본사 근무 여부

일단 성립한 납세의무를 법률의 규정에 의하여 사후에 해제시키는 조세 감면의 경우 감면요건에 대한 입증책임은 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 봄이 상당한바, 이 사건의 경우에도 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의한 법인세 감면을 주장하는 원고가 감면요건에 대하여 입증하여야 할 것이다.

그러므로 이 사건 종업원들이 2001. 2월 및 3원에 △△ 본사에서 근무하였는지 보건대, 이에 부합하는 듯한 갑 8호증의 1 내지 6의 각 기재 및 증인 이○○, 손○○의 각 증인은, 갑 2, 4 내지 6호증(각 가지번호 포함),을 3호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 원주로 본사를 이전하기 전 ○○ 본사에는 70여명이 근무하고 있었는데, 본사 이전 직전인 2000. 12.경 위 직원들 중 50여명이 원고 관계 회사인 ○○건설 주식회사(이하 '○○건설'이라 한다)로 전출되었고, ○○ 본사 사무실은 ○○건설 사무실로 사용되었으며, 2001. 3월까지는 ○○건설 종업원들과 원고 종업원들이 ○○ 본사 사무실에서 같이 근무하였던 것으로 보이는 점, ② △△ 본사 사무실은 2001. 1. 27. 임대차계약이 체결되었고, 2001. 2. 중순경 내부공사를 하고, 2001. 2. 19.에야 사무실 집기를 들이는 등 2001. 2월에는 이 사건 종업원들이 근무할 환경이 제대로 갖추어지지 아니하였던 점, ③ 원고는 2001. 2. 15.부터 ○○에서 △△ 본사까지 통근버스를 운행하였다고 주장하나, 위 통근버스 좌석수도 14개에 불과하여 원고가 2001. 3월 △△ 본사에서 근무하였다고 주장하는 인원수(45명)에 비추어 턱없이 부족한 점, ④ 원고는, 2001. 2월 및 3월에 작성된 회사 서류에 담당직원부터 대리, 과장, 차장, 부장, 임원, 부사장, 사장에 이르기까지 직급에 따른 결재가 되어 있으며, 이 중 임원, 부사장, 사장에 대해서는 △△ 본사에서 근무한 것으로 인정되어 이 사건 과세처분이 이루어졌으므로, 위 결재 직원 중 부장이하 직급의 직원들도 모두 △△ 본사에서 근무하였음을 알 수 있다고 주장하나, 원고의 임원 및 대표이사에 대해서는 △△ 본사에서의 상시근무 여부와 상관없이 실제 근무한 것으로 의제된 것에 불과하므로 위와 같은 사정만으로는 위 결재 직원들이 △△ 본사에 근무하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 갑 4 내지 7호증, 9내지 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 종업원들의 ○○ 본사 근무 여부

이 사건 종업원들이 2001. 2월 및 3월에 서류 결재를 위해서 △△ 본사로 왕래하였다는 사정만으로는 ○○ 본사에 상시근무하지 않았다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

(3) 소결론

따라서, 이 사건 과세처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

■ 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것)

제63조의2 (법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면등)

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권생활지역외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세 및 특별부가세의 감면등을 받을 수 있다.

1. 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 이 조에서 "과밀억제권역"이라 한다)안에 5년이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역(이하 이 조에서 "수도권생활지역"이라 한다)외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2002년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2002년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전 계획서를 제출하는 경우에 한한다)

②수도권생활지역외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

③제2항제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직적 과세연도에 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하던 사시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권생활지역안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권생활지역안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. 끝.