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기각
학교법인이 취득한 부동산을 임대한 경우 기 비과세한 취득세 등 추징의 적법 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2013지0413 | 지방 | 2013-06-17
[사건번호]

[사건번호]조심2013지0413 (2013.06.17)

[세목]

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]쟁점부동산은 청구법인이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 이를 임대하고 있는 사실이 제출된 자료에 의하여 확인되고 있는 이상 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없음.

[관련법령]

[관련법령] 지방세법 제107조

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은 2007.2.27. OOO를 건축하여 임시사용승인을 받고, 2007.3.22. 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조제127조에 의해 학교법인이 교육목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 비과세 받았다.

나. 처분청은 2012.5.14. 현장확인 결과, 청구법인이 ㈜OOO과 위탁계약을 체결하여 임차인인 ㈜OOO이 2008.3.3.부터 이 사건 건축물 중 16층 전체 778.99㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 레스토랑으로 사용하고 있어, 기 면제한 취득세 등이 추징대상이라고 보아 2012.7.10. 쟁점건축물의 가액OOO에 지방세법 제112조제131조의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2008.4.29. 쟁점건축물을 교육연구시설에서 제2종근린생활시설(일반음식점)로 용도변경하고 ㈜OOO에 위탁하여 레스토랑으로 사용하고 있으나, 쟁점건축물은 교직원과 학생들의 후생과 복지에 필수적인 시설이므로 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 하며, 청구법인이 2008.5.15.부터 쟁점건축물을 ㈜OOO에 위탁하여 레스토랑을 운영하고 있음에도 처분청에서는 아무런 조치도 취하지 않다가 2012.7.10. 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 신뢰보호원칙에 위반되므로 부당하며,

청구법인이 ㈜OOO과 쟁점건축물에 대하여 위탁계약을 체결하기 위하여 제2종근린생활시설로 용도변경한 쟁점건축물인 16층 전체 연면적 779.99㎡ 중 전용면적(656.52㎡)만이 아니라 공용면적(123.47㎡)까지 포함하고 쟁점건축물이 과세대상에 해당되는지 여부가 법령 또는 판례에서 명백하게 규정하고 있지 아니함에도 처분청에서 가산세까지 포함하여 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점건축물을 ㈜OOO에 위탁하면서 「계약기간 5년, 보증금 OOO, 기본위탁수수료 OOO, 추가위탁운영료OOO를 지급받고 있고, ㈜OOO은 쟁점건축물에서 OOO의 레스토랑브랜드인 OOO로 운영하고 있으며 OOO 뷔페 레스토랑은 번화가인 OOO의 정문에 위치하여 일반인의 접근이 용이하고, 뷔페가격이 평일 점심 OOO, 저녁 OOO, 공휴일 OOO으로 교내에 위치한 다른 학생 식당이 OOO인 점에 비춰 가격대가 현저하게 높고, 수익금 분배방식이 수탁운영사인 ㈜OOO의 주도하에 매출액의 일부를 위탁운영자인 청구법인에게 배분하는 형태를 띠고 있고, 청구법인의 학교부지 내에 별도의 학생식당, 교직원식당 등이 있으며, 주말에는 일반인을 상대로 돌잔치 등 각종 연회를 개최하면서 OOO에 단체손님을 대상으로 영업을 하는 사실을 감안한다면, 쟁점건축물은 학생 및 교직원의 후생복지시설이 아니라 수익사업(부동산임대업)에 사용하는 것으로 보아야 하고

조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어져야 할 것(대법원 2004.7.22. 선고 2002두1133 판결)인 바, 청구법인이 2008.5.15. 쟁점건축물을 ㈜OOO에게 위탁운영한 후 처분청이 2012.7.9. 취득세 등을 부과고지하기 전까지 아무런 조치를 취하지 않았다는 사유만으로 처분청에서 청구법인에게 쟁점건축물이 비과세대상이라는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없기 때문에 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되지 아니한다.

또한,공용면적이 과세대상에 포함되는지를 보면, 청구법인은쟁점건축물(779.99㎡) 중 656.52㎡를 ㈜OOO에 위탁하여 제2종근린생활시설(일반음식점)으로 용도변경하였고, 나머지 123.47㎡는 공용부분으로 건축물대장에 ‘교육연구시설’로 기재되어 있지만 청구법인의 주장과 평면도에서 알 수 있듯이 쟁점건축물의 효용증진을 위해서 사용되는 복도와 계단, 화장실이기 때문에 과세대상에 포함되고

가산세가 면제되는 정당한 사유에 해당되는지를 보면,청구법인은 쟁점건축물이 비과세대상인지 여부에 대하여 법령에서 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 판례에서도 명확하지 않으며, 명백한 관행이 정착된 바도 없다고 주장하지만,취득세 및 등록세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 취득물건의 종류 및 원인을 기재하고 과세표준 등을 직접 계산하여 신고하여야 하므로 이에 대한 책임은 납세의무자인 청구법인에게 있으며, 쟁점건축물을 교육목적이 아닌 수익사업(부동산임대업)으로 사용하고 있는 이상, 가산세 부과처분은 적법하므로 쟁점건축물을 학교용도에 직접 사용하지 않고 수익사업(부동산임대업)으로 사용하는 것으로 보아 공용면적을 포함하고 가산세를 가산한 금액으로 기 비과세한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 신축취득한건축물을 위탁하여임차인이 레스토랑(수익사업)을 운영하는 경우 기 비과세한 취득세 등이 추징대상이라고 보아 부과고지한 처분이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2007.2.27. 이 사건 건축물OOO에 대하여 임시사용승인받아 신축취득하고, 2007.3.22. 학교법인이 학교용도에 직접 사용하는 것으로 보아 이 사건 건축물의 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO 및 등록세 등 OOO을 비과세받았다.

(나)2008.1.30. 청구법인은 ㈜OOO과 쟁점건축물에 대한 위탁계약을 체결하여 ㈜OOO으로부터 아래의 대가를 수령하기로 하였다.

- 수탁운영자 : ㈜ OOO

- 위탁운영계약기간 : 2008.5.15. ~ 2012.5.14.

- 계약면적 : 연면적 656.52㎡(16층 전체 연면적 779.99㎡ 중 통로 등 부속시설면적 123.47㎡를 제외)

- 대가 : 보증금 OOO, 기본위탁운영료 OOO, 추가위탁운영료OOO

(다) 2008.4.29. 청구법인은 쟁점건축물의 용도를 교육연구시설에서 제2종근린생활시설(일반음식점)로 변경하였고, 처분청은 2012.5.14. 쟁점건축물에 대한 현지확인결과, 2012.5.24 쟁점건축물을 ㈜OOO에 임대하여 수익사업을 영위하고 있으므로 기 비과세한 취득세 등이 추징대상이라고 보아 세무조사결과통지를 하였다.

(2) 청구법인은 2008.4.29. 쟁점건축물을 교육연구시설에서 제2종근린생활시설로 용도변경하고 ㈜OOO에 위탁하여 레스토랑으로 사용하고 있으나, 교직원과 학생들의 후생과 복지에 필수적 시설이므로 교육사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 하고, 처분청은 청구법인이 2008.5.15.부터 쟁점건축물을 ㈜OOO에 위탁하여 레스토랑을 운영함에도 아무런 조치를 취하지 않다가 취득세 등을 부과고지하는 것은 신뢰보호원칙에 위반되며, 취득세 등을 부과고지하더라도 16층 전체 779.99㎡ 중 공용면적(123.47㎡)은 제외하여야 하고, 쟁점건축물이 과세대상인지 여부가 법령 또는 판례에서 명백하지 아니함에도 가산세까지 포함하여 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 지방세법 제107조 제1호제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호에서「고등교육법」에 따른학교법인이 학교교육사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하지만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있고,

같은 법 제107조 본문 단서, 같은 법 시행령 제78조의2 제1항 및 제93조의2, 「법인세법」 제3조 제2항같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호에서 법인세 과세소득인 “대통령령이 정하는 수익사업”에는비영리내국법인이 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 수익사업도 포함하는 것이지만교육서비스업중 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 사업은 수익사업에서 제외하도록 규정하고 있다.

(나) 먼저, 기 비과세한 취득세 및 등록세가 추징대상인지를 보면, 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서에서 고등교육법에 따른 학교법인이 교육사업에 직접 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세하고 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세 등을 비과세함에 있어“학교법인이 그 사업에 사용한다”라 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단(대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결, 대법원 2005.12.23. 선고 2004다58901 판결)하므로학교법인이 설치·경영하는 학교의 교지, 체육관 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하는 것인 바,

청구법인은 OOO를 지급받는 조건으로 쟁점건축물을 ㈜OOO에 위탁하였고, ㈜OOO은 일반인의 접근이 용이한 번화가인 청구법인의 정문 구내에 위치한 쟁점건축물에서 학생들의 구내식당 가격보다 현저히 높은 평일 점심 OOO, 저녁 OOO, 공휴일 OOO의 가격으로 OOO 뷔페 레스토랑을 운영하고 있고, 수익금 분배도 ㈜OOO이 매출액의 일부를 청구법인에게 배분하는 형태를 띠고 있으며, 학생식당 및 교직원식당이 별도로 있고, 주말에는 일반인이나 단체손님을 대상으로 OOO에 돌잔치 등 각종 연회를 개최하는 사실을 고려하여 볼 때, 쟁점건축물은 학생 및 교직원의 후생복지시설이 아니라 임대하여 수익사업을 영위하는 부동산으로 봄이 타당OOO하다 하겠다.

(다) 다음으로, 이 건 처분이신뢰보호원칙에 위배되는지를 보면,조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어져야 할 것(대법원 2004.7.22. 선고 2002두1133 판결)인 바,

청구법인이 2008.5.15. 쟁점건축물을 ㈜OOO에게 위탁하여 수익사업에 사용하고 있으므로 처분청에서 기 비과세한 취득세 등이 추징대상이라고 보아 처분청이 2012.7.9. 취득세 등을 부과고지한 처분에 대하여 취득세 등을 부과고지하기 전까지 처분청에서 아무런 조치를 취하지 않았다는 사유만으로 처분청이 쟁점건축물은 비과세대상이므로 추징대상에 해당되더라도 취득세 등을 추징하지 않겠다는 공적인 견해표명을 청구법인에게 한 것으로 볼 수 없기 때문에 이 건 처분은 신뢰보호의 원칙이 적용될 여지가 없다고 하겠다.

(라) 다음으로, 공용면적이 과세대상에서 제외되는지 여부를 보면, 청구법인은쟁점건축물(779.99㎡) 중 656.52㎡를 제2종근린생활시설(일반음식점)으로 용도변경하여 ㈜OOO에 위탁하였고, 나머지 123.47㎡는 공용부분으로 건축물대장에 ‘교육연구시설’로 기재되어 있지만 청구법인의 주장과 평면도에서 알 수 있듯이 쟁점건축물의 효용증진을 위해서 사용되는 공용면적(복도와 계단, 화장실)이고 타인이 독점배타적으로 사용하는 면적이 아니기 때문에 쟁점건축물 중 전용면적과 기능이나 효용측면에서 분리할 수 없는 것이어서 위탁하여 임대사용하는 전용면적에 포함하여 과세함이 타당하다 하겠다.

(마)마지막으로, 가산세가 면제되는 정당한 사유에 해당되는지를 보면,청구법인은 쟁점건축물이 비과세대상인지 여부에 대하여 법령이나 판례에서 명확하지 아니하고, 명백한 관행이 정착된 것도 없다고 주장하지만, 취득세 및 등록세는 신고납부방식의 조세로서 납세의무자가 취득물건의 종류 및 원인을 기재하고 과세표준 등을 직접 계산하여 신고하여야 하므로 착오신고납부에 대한 책임은 납세의무자(청구법인)에게 있는 것이며, 쟁점건축물을 교육목적이 아닌 수익사업(부동산임대업)으로 사용하고 있는 이상, 가산세를 가산하여 부과고지한 이 건 처분은 적법하다 하겠다.

(3) 따라서 청구법인이 쟁점건축물을 ㈜OOO에 임대하여 ㈜OOO이 레스토랑으로 사용하므로 수익사업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

관 계 법 령

제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세)① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제78조의2(수익사업의 범위)① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 「법인세법」 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

제93조의2(수익사업의 범위) 법 제127조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제94조(비영리사업자의 범위) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

제3조(과세소득의 범위) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하“수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

제2조(수익사업의 범위) ① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

3. 교육서비스업중 「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학을 경영하는 사업

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