청구법인이 종전에 사업용으로 사용되던 공장을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당하는지 여부(취소)

처분청이 2008.7.15. 청구법인에게 한 취득세 124,838,740원, 농어촌특별세 45,467,560원, 등록세 124,838,740원, 지방교육세 24,967,740원 과 2008.6.16. 및 2008.6.27. 청구법인에게 한 재산세 6,848,660원, 지방교육세 1,369,720원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2005.7.21. 설립되어 반도체용 인쇄회로기판(PCB)을 제조하는 법인으로 2005.8.23. OOO 404-6번지 토지 5,932.5㎡와 지상 건축물 11,984㎡(이하 “기존 공장”이라 한다)를 대OOO로부터 취득하고, 2005.11.29. 및 2006.10.27. 건축물 3,539.43㎡(이하 기존 공장을 합하여 “이 건 공장”이라 한다)를 증축한데 대하여 구 「조세특례제한법」제119조 및 제120조의 규정에 의하여 창업중소기업이 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 취득세와 등록세 등을 감면 받았고, 같은 법 제121조의 규정에 의해 2006년과 2007년 재산세 등을 감면 받았다.

나. 처분청은 2008년 5월 경기도 세정업무 지도점검 결과 청구법인은종전 사업자인 대OOO가 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당하므로 구 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호에 의해 창업중소기업에 해당하지 않는 것으로 판단하여 기존 공장에 대하여는 취득가액 6,241,937,460원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 124,838,740원, 농어촌특별세 12,483,870원, 등록세 124,838,740원, 지방교육세 24,967,740원 합계 287,129,090원을 2008.7.15. 부과고지 하였고, 증축 부분에 대하여는 2005.8.23. 취득가액 5,856,946,540원, 2006.10.27. 취득가액 33,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제276조 제1항의 산업단지 증축 감면을 적용하여 농어촌특별세 32,798,890원 및 184,800원을 2008.7.15. 각각 부과고지 하였으며, 이 건 공장의 2006년 및 2007년 재산세 6,848,660원, 지방교육세 1,369,720원을 2008.6.16. 및 2008.6.27. 부과고지 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.8. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건의 기존공장은 가구공장이었다가 전 소유자 대OOO가 사업을 확장할 목적으로 2004.3.31. 취득한 후 처분청으로부터 2004.7.1. 증축허가를 받아 증축공사를 진행하던 중 관련업종의 시장상황 악화로 인해 미완공 상태에서 청구법인에게 2005.8.23. 양도하였는 바, 대OOO는 기존 공장 취득 후 증축공사만을 하다가 양도하였기에 이 건 공장은 종전의 사업에 사용되던 자산에 해당하지 않아, 비록 청구법인이 대OOO와 동일한 업종을 영위한다 하더라도 구 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호에서 “종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입”한 경우가 아니므로 청구법인은 조세특례제한법에 의한 창업중소기업에 해당하여 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 이 건 공장은 청구법인이 인수할 당시 기계장치 등이 설치되어 있지 않았고, 전기료, 수도료, 증기료 내역만 보아도 제조활동을 하지 않은 것이 확인될 뿐만 아니라, 인쇄회로기판 제조는 유독물 배출이 많은 업종으로 폐기물배출에 따른 허가를 득해야 하는데 대OOO는 이러한 허가를 득한 사실이 없으며, 영업활동 없이 증축공사만 하였으므로 2005년 재산할 사업소세도 비과세로 신고하였고, 사업을 하지 않아 사업자등록도 하지 않았으며 매출액도 전무한 사실이 확인되므로 이 건 공장은 사업에 사용되던 자산에 해당하지 않는데도 불구하고 처분청이 이 건 공장을 사업에 사용되던 자산으로 보고, 청구법인이 사업에 사용되던 자산을 매입하여 동종업종을 영위하는 경우에 해당한다고 봄은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 이 건 공장의 전 소유자 대OOO는 동일한 업종인 인쇄회로기판(PCB) 제조업을 영위하고 있으며, 대OOO가 기존 공장에 증축공사를 하고 2004.10.27. 공장등록을 하였다가 청구법인에게 양도하고 2005.9.2. 공장등록을 폐쇄한 사실이 확인되므로 청구법인이 취득한 이 건 공장은 사업에 사용되던 자산으로 볼 수 있고, 구 「조세특례제한법」제6조 제4항 제1호의 “종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위”한 경우로서 청구법인을 창업중소기업에 해당하지 않는 것으로 판단하여 취득세 등을 과세함은 타당하다.

(2) 대OOO가 2005.8.10. OOO감정평가법인에 의뢰하여 작성된 감정평가서에서 이 건 공장에 평가액은 증축건물분을 포함하여 12,082,884,000원이고, 청구법인이 2005.8.23. 대OOO로부터 매입할 당시 매매계약서상 기존 공장의 매매대금은 6,241,937,460원이며, 증축건물분은 동 일자에 시공자의 변경없이 청구법인을 도급인, 대OOO를 수급인으로 하고 공사대금을 5,840,946,540원으로 하여 매매계약을 한 사실로 볼 때, 이 건 공장이 사실상 증축이 완료된 상태에서 청구법인이 이 건 공장을 취득한 것으로 보여지는 점, 이 건 부동산을 매도하기 전인 2005년 7월부터 전기량이 급격히 증가한 점, 2005년 7월 OOO자와 SOOO가 열공급계약을 체결하여 이 건 공장에 증기를 공급한 것으로 나타나는 점 등을 감안하여 볼 때 이 건 공장은 2005년 7월경부터 당해 업종에 사용되었거나 사용할 수 있는 상태에 있었다고 보여지므로, 청구법인이 사업에 사용되던 이 건 공장을 인수한 것으로 봄은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 종전에 사업용으로 사용되던 공장을 인수하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 해당하는지 여부

제6조(창업중소기업등에 대한 세액감면)

① 2006년 12월 31일 이전에 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업지원법 제5조 제2항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다

제119조(등록세의 면제 등)

③ 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업(수도권과밀억제권역내에 소재하는 고용창출형창업기업을 제외한다. 이하 이 조, 제120조 및 제121조에서 같다)이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기

제120조(취득세의 면제 등)

③ 창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유없이 최초사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

제121조(재산세의 감면)

창업중소기업, 창업벤처중소기업 및 고용창출형창업기업이 당해 사업에 직접 사용하는 사업용재산(건축물 부속토지의 경우에는 대통령령이 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령이 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분에 한한다)에 대하여는 창업일부터 5년간 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 구 조세특례제한법 시행령

제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)

⑩ 법 제6조제4항제1호 단서에서 “토지․건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산 ”이라 함은 토지와 「법인세법 시행령」제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제24조(감가상각자산의 범위)

① 법 제23조제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)

나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품

다. 선박 및 항공기

라. 기계 및 장치

마. 동물 및 식물

바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 사실관계를 보면

(가) 이 건 공장의 전 소유자 대OOO는 2004.3.31. OOO부동산신탁으로부터 가구공장으로 사용되던 기존공장을 4,707,239,000원에 취득하고, 처분청으로부터 2004.7.1. 공장 증축 허가OOO를 받았다.

(나) 대OOO는 휴OOO등과 2004.8.13. 기존공장을 5,743,000,000원에 대수선 및 증축하는 계약을 체결하고 공사를 하였으며, 당초 공사기간은 약 5개월(2004년 8월～2005년 1월)이었으나, 공사지연 등으로 2005년 7월경에 완공하였다.

(다) 청구법인은 2005.8.23. 증축중인 공장전체를 대OOO로부터 12,098,884,000원에 취득하는 계약을 하였는 바, 기존 공장부분은 매매대금 6,241,937,460원(토지 3,559,500,000원, 건물 2,682,437,460원)에, 대수선 및 증축공사부분은 수급인을 대OOO, 도급인을 청구법인으로 하여 도급액 5,840,946,540원(건물 4,372,946,540원, 구축물 1,468,000,000원, 2005.10.31. 완불조건)에, 감리용역은 16,000,000원에 승계 취득하였다.

(라) 대OOO는 이 건 공장의 증축공사 중인 2004.10.27. 업종을 인쇄회로기판 제조업으로 하여 공장등록을 하였다가 이 건 공장을 청구법인에게 양도한 후인 2005.9.2. 공장폐쇄신고를 하였다.

(마) 청구법인은 2005.9.30. 건축주를 대OOO에서 청구법인으로 변경, 2005.10.11. 면적을 변경(503㎡를 증가시켜 총 3,359.43㎡로 증축)하는 건축허가사항 변경을 하였고, 2005.11.29. 건축물 사용승인을 받았으며, 2005.12.7. 이 건 공장의 등록을 하였다.

(2) 다음으로, 이 건 공장을 대OOO가 사업에 사용하였는지를 보면

(가) 대OOO는 인쇄회로기판 제조업을 영위하는 법인으로 제1공장OOO, 제2공장OOO을 보유한 상태에서 이 건 공장을 제3공장으로 사용하고자 매입, 증축하다가 시장상황의 악화로 청구법인에게 매각하였으며, 2005.8.23. 매각시점에 제조설비를 설치하지 않아 공장을 가동한 사실이 없다고 확인하고 있다.

(나) 이 건 공장의 전력사용내역은 아래와 같이 확인되며, 2005년 7월부터 사용량이 증가하였으나, 청구법인은 대OOO가 생산활동없이 고압가스 제조 신고를 위한 공조시설 가동으로 인한 것으로 해명하고 있다.

참조조문

-법인세법 시행규칙

-법인세법 시행령 제24조

-수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호

유사 판례