양도소득세 감면규정 적용시 양도일 이전의 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

전문 개정된 조세특례제한법령이 시행된 이후에 양도된 농지에 관하여는 면세 경과규정이 위 전문 개정으로 실효되었을 뿐만 아니라 종전 규정이 과세요견을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 조세를 면제한다는 취지로 규정되어 있지 아니하므로 종전 규정은 적용되지 않음

조세감면규제법 제54조자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2006. 11. 13. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 4,557,660원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2,을 제1 내지 3호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다

가. 원고는 1987. 9. 25. ☆☆시 ◎◎구 ◇◇◇동 349-2 답 450㎡ 중 2578.5/5157 지분(이하 '이 사건 토지'라고 한다.)을 취득하였다가 2006. 5. 19. ♤♤♤♤♤공사에게 양도하였다.

나. 원고는 2006. 7. 20. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당한다는 이유로 조세특례제한법 제69조에 따라 양도소득세 감면신고를 하였다.

"다. 피고는 원고가 조세특례제한법 제169조의 규정에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보고 2006. 11. 13. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 4,557,660원을 결정 고지하였다(이하이 사건 부과처분'이라고 한다.).", "라. 원고는 2007. 2. 9. 이 사건 부과처분이 소급입법에 의한 재산권 침해이므로 부당하다는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. 4. 5. 이 사건 토지와 원고의 거주지가 연접하지 알아 재촌요건을 충족하지 못하였다는 이유로 위 경정청구를 기각하는 결정을 하였다(이하이 사건 거부처분'이라고 한다.).",마. 원고가 이에 불복하여 2007. 5. 15. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 7. 24. 기각되었다.

2. 본안전 항변에 대한 판단

원고가 이 사건 소로써 피고에게 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 데 대하여 피고는, 이 사건 부과처분에 대하여 적법한 행정심판을 거치지 아니하였으므로 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.

살피건대, 행정심판의 대상인 처분과 행정소송의 대상인 처분은 원칙적으로 동일하여야 하고, 대상인 처분이 다르면 설령 불복의 이유가 공통된다 하더라도 따로따로 행정심판 재결을 거쳐야 되며 어느 하나의 처분에 대하여 행정심판 재결을 거쳤다고 하여 다른 처분에 대하여 전치의 요건을 충족하였다고 할 수는 없으나, 행정심판과 행정소송의 청구원인은 그 기본적인 점에서 동일성이유지되면 충분하므로 서로 내용상 관련되는 처분 또는 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 처분 중 어느 하나가 이미 행정심판을 거친 때는 행정심판을 거칠 필요가 없다(행정소송법 제18조 제3항 제2호, 대법원 1987. 7. 7. 선고 85누393 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 부과처분과 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 처분인 이 사건 거부처분에 대하여 국세심판원에 심판첨구를 제기하여 기각결정을 받은 사실은 앞서 본 바와 같고. 그로부터 90일 이내에 이 사건 소를 제기한 사실은 역수상 명백하므로 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법성 판단

가. 원고의 주장

원고는 1987. 9. 15. 이 사건 토지를 취득한 후 1996. 1. 1.까지 이 사건 토지로부터 20km 이내의 거리에 거주하면서 8년 이상 계속하여 자경하였으므로 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다. ) 제55조 제1항 제1호, 구 조세감면규제법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호에서 정한 양도소득세 감면요건을 모두 갖추었고, 구 조세감면규제법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정된 것) 부칙 제10조 제3항, 구 조세제한특례법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 것) 부칙 제9조 제2항에 의하면 이미 양도소득세 면제요건을 갖춘 토지의 양도에 대해서는 양도소득세를 면제할 수 있다고 할 것인데. 개정된 조세특례제한법을 적용하여 양도소득세 감면요건에 해당하지 않는다고 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부과처분에 대한 적용 법령

"(가) 구 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호는대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자'가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고, 구 조세감면규제법 시행령(1995 12.30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호는 위농지소재지에 거주하는 거주자'의 하나로서농지로부터 농지임대차관리법 시행령 제23조 제2항 제2호에 규정된 거리(20㎞) 이내에 있는 지역'에 8년 이상 거주하면서 경작한 거주자를 규정하고 있었다(이하통작거리 규정'이라 한다. ). 그 후 1995. 12. 30 대통령령 제14869호로 개정된 구 조세감면규제법 시행령은 개정 전의 제54조 제2항 제3호의 통작거리 규정을 삭제하고 그 부칙 제10조 제3항에서이 영 시행 당시 종전의 제54조 제2항의규정에 해당하는 거주자가 개정 규정에 의한 요건에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 개정 규정에 불구하고 종전의 해당규정에 의한다.라는 경과규정(이하면세 경과규정이라 한다)을 두었는데, 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호와 1998. 12 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항은 전문 개정 전의 구 조세감면규제법령의 면제규정을 그대로 이어받았으나 부칙에서 통작거리 규정과 관련하여서는 아무런 경과규정을 두지 아니하고. 다만 전문 개정된 조세특례제한법 부칙 제9조 제2항에서이 법 시행일 전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.라는 일반적 경과규정을 두었다. 위와 같이 전문 개정된 조세특례제한법령의 규정은 1999. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용되었다.", "(나) 이와 같이 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 하는 것이다. 한편 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 전문 개정된 조세특례제한법 부칙 제9조 제2항과 같은 경과규정을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 전문 개정된 조세특례제한법령이 시행된 1999. 1. 1. 이후에 양도된 농지에 관하여는면세 경과규정'이 위 전문 개정으로 인하여 실효되었을 뿐만 아니라 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 조세를 면제한다는 취지로 규정되어 있지도 아니하므로 종전의 통작거리 규정은 적용되지 않는다고 할 것이다.(대법원 2005. 3.11. 선고 2003두13069 판결 등 참조).",(다) 그러므로 이 사건 토지의 양도에 대하여 구 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호, 구 조세감면규제법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호가 적용되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 양도소득세의 감면 여부

(가) 원고가 이 사건 토지의 양도에 대하여 양도소득세를 감면받기 위해서는 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항에 따라 농지가 소재하는 시 · 군 · 구 안의 지역이나 그와 연접한 시 · 군 · 구 안의 지역에 8년 이상 거주하면서 이 사건 토지를 경작하였어야 한다.

"(나) 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고가 ☆☆시 ○○구 ◎◎◎동 289 ◇◇아파트 제208동 제404호에 거주하다가 1988. 6. 16.부터 1991. 1. 16.까지 ☆☆시 ○○구 □□동 639 ◇◇아파트 제20동 제503호에서, 1991. 1. 17.부터 1993. 3. 4.까지 ☆☆시 ○○구 □□동 689 ◇◇아파트 제20동 제203호에서, 1993. 3. 5.부터 1996. 6. 2.까지 ☆☆시 △△구 ◈◈동 548 ◇◇아파트 제209동 제2402호에서, 1996. 6. 3.부터 1997. 5. 29.까지 ☆☆시 ♧♧구 ▽▽동 569 ◇◇아파트 제803동 제1210호에서, 1997. 5. 30.부터 1997. 11. 30.까지 ⊙⊙시 ♠구 ●●동 100-4 △△아파트 제3동 제205호에서, 1997. 12. 1.부터 1999. 1. 27.까지 XX시 ■■구 ▷▷동 91 ＄＄아파트 제322동 1101호에서, 1999. 1. 28.부터 2003. 12 8.까지 ☆☆시 ○○구 ◎◎◎동 462 ◇◇아파트 제55동 제404호에서 각 거주하였고, 2003. 12. 9. XX시 □□구 ※※동 419에 전입한 이후 계속하여 그 곳에서 거주하여 온 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 보면 원고는 8년 이상 농지가 소재한 시 · 군 · 구나 그에 연접한 시 · 군 · 구에 거주한농지 소재지의 거주자'에 해당하지 아니한다.",(다) 따라서 이 사건 토지의 양도에 대한 양도소득세는 감면의 대상이 되지 아니하므로 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.