1. 원고의 피고 서울특별시장에 대한 소 중 등록세, 지방교육세 납부고지 취소 청구 부분 및...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 4. 4. 서울 양천구 국회대로 218 대지 455.2㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조슬래브지붕 지하1층/지상6층 근린생활시설 및 주택 1529.44㎡(이하 각 ‘이 사건 토지’, ‘이 사건 건물’이라 한다)를 취득하여 원고 법인의 기본재산으로 편입하였고, 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세와 등록세를 면제받았다.

나. 피고 서울특별시 양천구청장(이하 ‘피고 양천구청장’이라 한다)은 2007. 6. 1. 기준으로 원고가 이 사건 건물을 법인의 고유업무에 사용하고 있지 않다는 이유로, 2007. 7. 10. 원고에게 이 사건 건물 전체면적 1553.07㎡(건물 연면적 1529.44㎡에 옥탑 부분 23.63㎡를 포함한 면적)에서 6층 199.14㎡ 중 건축물대장상 주택으로 표기된 면적 89.67㎡를 주택으로 보아 그에 대한 재산세 25,750원, 도시계획세 34,920원, 공동시설세 6,010원, 교육세 5,150원 합계 71,830원을{이하 ‘재산세(주택분) 등’이라고 한다}, 이 사건 건물 중 위 주택면적을 제외한 나머지 면적 1463.40㎡(= 1553.07㎡ - 89.67㎡)를 건물로 보아 그에 대한 재산세 1,235,340원, 도시계획세 738,810원, 공동시설세 1,225,220원, 교육세 247,060원 합계 3,446,430원{이하 ‘재산세(건물분) 등’이라고 한다}을 각 부과ㆍ고지하였다.

이후 피고 양천구청장은 이 사건 건물의 6층 199.14㎡가 법인의 고유 업무에 사용되어 그 부분에 대해서는 재산세가 면제된다고 보아, 2008. 3. 26. 당초 주택으로 보아 재산세 부과대상으로 삼은 위 6층 199.14㎡ 중 89.67㎡에 대한 재산세(주택분) 등 부과처분을 전부 취소하고, 당초 건물로 보아 재산세 부과대상으로 삼은 위 6층 199.14㎡ 중 위 주택면적을 제외한 나머지 109.47㎡(= 199.14㎡ - 89.67㎡)를 과세면적에서 제외하여 재산세(건물분) 등 부과처분의 세액을 3...