1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고의 상품공급약정 체결 원고는 편의점을 운영하는 법인으로서 상품공급자인 주식회사 현대에프에스(이하 ‘현대에프에스’라 한다)와 사이에 현대에프에스로부터 상품을 공급받기로 하는 상품공급약정을 수차례에 걸쳐 체결갱신하면서, 원고의 직영점이나 가맹점 등에서 상품을 공급받되, 직영점이나 가맹점 등이 아닌 원고의 물류센터(물류창고) 등에서 상품을 공급받는 경우 현대에프에스로부터 일정 비율을 ‘물류지원금’ 명목으로 지급받기로 하는 ‘물류지원금 특약’과 조건 없이 공급 상품대금의 일정액을 ‘판매장려금’ 명목으로 지급받기로 하는 ‘장려금 지급에 관한 특약’을 하였고, 위 물류지원금은 원고가 지급할 상품대금 결제금액에서 상계하고, 위 판매장려금은 원고가 상품대금 결제 시 상계할 수 있도록 정하였다.

원고와 현대에프에스 사이의 공급 상품대금 대비 물류지원금 및 판매장려금 비율의 변경 내역은 다음과 같다

(이하 위 각 특약에 따라 원고가 받은 물류지원금과 판매장려금을 각 ‘이 사건 물류지원금’, ‘이 사건 판매장려금’이라 한다). 상대방 계약체결일 물류지원금 판매장려금 현대에프에스 2006. 10. 1. 0% 깁밥류 14% 샐러드류 12% 2008. 10. 1. 14% 0% 2009. 10. 1. 14% 0% 2010. 10. 1. 14% 0% 원고의 부가가치세 신고 원고는 피고에게 2007년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세를 신고하면서 이 사건 물류지원금을 원고가 현대에프에스에게 공급한 용역의 대가로서 과세표준에 산입하지 아니하고, 오히려 이 사건 물류지원금을 현대에프에스로부터 공급받은 공급가액에 포함시켜 계산한 부가가치세액을 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제하였다.

피고의 처분 피고는 2012. 10. 15....