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주문
1. 피고가 2018. 8. 28. 원고에 대하여 한 단미사료제조업 등록취소처분을 취소한다.
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이유
기본적인 사실 원고의 사료제조업등록 및 변경 경위 원고는 부산 사하구 B에서 ‘C(이하 ’이 사건 사업장‘이라고 한다)’이라는 상호로 어류의 부산물 등을 이용하여 단미사료 사료관리법 제2조에 따르면 ‘단미사료(單味飼料)’란 식물성ㆍ동물성 또는 광물성 물질로서 사료로 직접 사용되거나 배합사료의 원료로 사용되는 것으로서 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 것을 말한다.
제조업 등을 영위하는 자로서 2003. 7. 24. 피고에게 생산사료의 종류를 ‘단미사료(성분등록: 기타 동물성 단백질)’로 하여 단미사료 제조업 등록을 마쳤고(이하 ‘이 사건 최초등록’이라 한다), 당시 구 사료관리법 시행규칙(2004. 1. 29. 농림부령 제1454호로 개정되기 전의 것) 제6조 [별표 3], 구 사료공정서(2009. 9. 21. 농림수산식품부 고시 제2009-372호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에 따라 삶는 시설 이외의 열처리 시설을 갖추지 않은 상태였다.
피고는 사료관리법 시행규칙이 개정(2009. 3. 20. 농림수산식품부령 제64호로 전부 개정)됨에 따라 2009. 6. 11. 원고의 단미사료 제조업 등록상의 사료 성분등록을 ‘어류의 가공품 및 부산물’로 변경하였는데, 개정된 시행규칙에서도 “단미사료 제조업자는 단미사료 제조공정 또는 포장방법의 특성상 일부시설이 불필요한 경우에는 시ㆍ도지사의 승인을 받아 일부시설을 갖추지 않을 수 있다”고 규정하여 피고는 2009. 6. 11. 원고에게 "귀 업체에서 생산하는 단미사료의 제조공정이 단순 분쇄ㆍ혼합 및 포장ㆍ냉동과정으로 이루어지고 있어 사료관리법 시행규칙 제6조 [별표 3] 비고 3 호의 규정에 의거 불필요한 삶는시설, 압착시설, 고형분리시설, 유수분리시설, 건조시설, 먼지제거시설, 악취제거 및...