원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제14조 제1항 제4호, 제13조 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제12조 제1항은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’이라고만 한다)에 출자함으로써 취득한 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하는 특례를 규정하면서, 그 비과세 요건으로 ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것(구 조특법 시행령 제12조 제1항 제1호), ② 개인이 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것(구 조특법 시행령 제12조 제1항 제2호), ③ 양도대상 주식은 ‘당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법(제1호)’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법(제2호)’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법(제3호)’, ‘당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법(제4호)’ 중 어느 하나의 방법으로 취득하였을 것(구 조특법 제14조 제1항 본문, 제13조 제2항), ④ 주식을 그 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것(구 조특법 시행령 제12조 제1항 본문) 등을 들고 있다.

그리고 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항 제2호, 제50조 제2항은 '주주 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식을 소유한 소액주주를...