조심 2017서4459 (2018.04.23)

양도

취소

청구종중이 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 전?후에 그 실체나 성격이 다르지 아니한 점, 쟁점토지 양도대금이 모두 청구종중에게 귀속된 것으로 나타나는 점, 청구종중이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 및 법인세를 신고?납부하는 등 조세포탈의 목적이나 의도가 없어 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도소득을 청구법인의 최초 사업연도 손익에 산입할 수 있다고 할 것임

법인세법 시행령제3조

조심2017광3926 / 조심2019서3065

OOO장이 2017.7.27. 청구종중에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구종중은 2016.2.4. OOO 임야 32,956㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 후 2016.4.26. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였고, 2016.5.10. 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았다.

나. 청구종중은 2017.6.23. 쟁점토지의 양도차익에 대하여 「법인세법」상 납세의무를 이행하여야 하나 착오로 양도소득세를 신고․납부하였으므로 기 납부한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점토지 양도일 현재 청구종중이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 사실이 없다는 이유로 2017.7.27. 이를 거부하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2017.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

가. 청구종중 주장

(1) 청구종중은 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 비영리법인에 해당한다.

(가) 청구종중은 쟁점토지 등 선산에 분묘를 설치하고 음력 10월 시제를 지내오는 등 자연발생적인 종중으로 오랜기간 고유한 업무를 수행하였고, 1979.3.11. 종중총회를 개최하여 종중규약을 제정하고 쟁점토지 등에 대한 명의신탁해지를 원인으로 한 소유권이전청구소송을 제기한 끝에 판결의 효력을 가진 재판상 화해를 통하여 쟁점토지 등에 대하여 소유권이전등기를 하게 되었다.

(나) 청구종중은 2012년에 ‘법인으로 보는 단체’로 취급받고자 고유번호증(215-80-*****)을 발급받았으므로 세법상 법인으로 취급받을 수 있다고 생각하였으나, 2016년 2월 청구종중이 교부받은 고유번호증의 코드번호 80은 개인으로 취급된다는 말을 듣고 나서 2016.4.1. 국세청에 청구종중이 양도소득세 대신 법인세를 납부할 수 있는지 여부를 서면질의하였고, 향후 세법상 다툼의 소지를 없애기 위하여 2016.4.20. 처분청에 코드번호 82를 부여해 달라고 새로이 고유번호증 발급신청을 하는 한편, 2016.4.26. 일단 청구종중을 1거주자로 하여 양도소득세 신고를 하였다.

(다) 청구종중의 실질적인 성격이나 조직, 재산관리, 수익의 미배분, 기타운영 등에 있어 고유번호증 갱신(2016.5.10.) 전․후로 동일하고 처분청도 이를 인정하여 갱신하여 준 것이므로 청구종중은 코드번호에 불구하고 최초로 고유번호증을 부여받은 2012.11.30.부터 법인으로 취급받아야 한다.

(2) 민법상 일반적으로 종중은 법인격 없는 사단이고 종중재산은 종중원의 총유로 보는 것이나 세법상 세무서장에게 신청하여 일정한 요건을 갖추었다고 인정받으면 종중은 법인으로 취급될 수 있는바, 청구종중은 2012.11.30. 「국세기본법」제13조 제2항의 요건을 충족하는 것으로 보아 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 경우에 해당하므로 그 시점 이후 거주자가 아닌 비영리법인으로 보아야 한다. 처분청이 청구종중에게 한 ‘법인으로 보는 단체’의 승인행위가 고유번호증의 코드번호가 80이라는 이유로 청구종중을 「소득세법」상 1거주자로 본 것은 타당하지 않고, 코드번호 80이나 82 등으로 단체의 성격이 규정되는 창설적인 효력을 인정할 수는 없으며, 청구종중이 2012.11.30. 고유번호증을 교부받은 때나 2016.5.10. 갱신 고유번호증을 교부받은 때나 단체의 실질에 변화가 없는 봉제사, 선영관리, 종원간의 친목도모 등 목적을 위한 단체로서 종중규약과 대표 재산관리 등으로 볼 때 「국세기본법」제13조에 따라 2012.11.30.부터 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다.

(3) 청구종중은 비영리법인으로서 그 수익에 대하여는 「법인세법」에 따른 신고를 하였어야 하나 무지와 착오로 양도소득세를 신고한 것이며, 양도소득세 신고와는 별도로 쟁점토지 양도소득에 대하여 ‘법인으로 보는 단체’로 승인 받은 후에 양도일이 속하는 2016사업연도 수입금액에 합산하여 2017년 3월에 법인세를 신고․납부하였으므로 처분청이 청구종중의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구종중은 「국세기본법」상 ‘법인으로 보는 단체’가 아니다.

(가) 청구종중이 2012.11.30. 고유번호를 신청할 당시 제출한 서류만으로는 수익을 구성원에게 분배하는지 여부를 알 수 없고, 「소득세법 시행령」제3조의2에 의하면 그 단체를 거주자로 보도록 하고 있는바, 당초 고유번호 신청시부터 ‘법인으로 보는 단체’로 취급받아야 한다는 청구종중의 주장을 받아들이기 어렵다.

(나) 청구종중의 증여세 결정내역을 확인한바, 청구종중의 재산과 수익을 구성원에게 분배하지 아니한다는 청구종중의 주장과는 달리 2003년부터 2009년까지 지속적으로 재산과 수익을 구성원에게 분배하고 있었으므로 「국세기본법」제13조에 의한 ‘법인으로 보는 단체’의 요건을 갖추지 못하였다.

(2) 청구종중의 쟁점토지 양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 없다.

(가) 청구종중이 주장하는 「법인세법 시행령」제3조 제2항은 1거주자로서 양도손익을 구성원에게 분배하지 아니하고 사실상 단체에 귀속시키고 조세포탈의 우려가 없을 때에 해당 손익을 법인 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있는 것인바, 청구종중의 경우 쟁점토지 매매계약서에는 2016.1.6. 계약금 OOO원을, 2016.2.4. 잔금 OOO원을 수수하기로 기재되어 있고, 쟁점토지 등기사항전부증명서상 2016.2.15. 소유권이전등기되었으나, 동 계약서에 기재된 날짜에 매수인(주식회사 OOO)이 OOO원을 청구종중 명의계좌(1005-40*-******)에 입금하지 않았음을 처분청에 제출한 예금거래실적증명서를 통해 알 수 있으며, 그 대금 중 양도소득세 OOO원을 제외한 OOO원이 구성원에게 배분되지 않고 청구종중에게 귀속되었다고 볼 수 없다.

(나) 또한, 청구종중은 쟁점토지의 양도소득을 법인세로 납부하였으므로 조세포탈의 우려가 없다고 주장하나, 해당 양도소득을 법인의 최초 사업연도 손익에 산입할 경우 양도소득세 전액이 환급되어 양도소득세율 OOO%와 법인세 세율 OOO% 만큼 사실상 세수일실이 발생되어 조세포탈의 우려가 있으므로 청구종중의 쟁점토지 양도소득을 ‘법인으로 보는 단체’의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 없다.

(3) 이와 같이 청구종중은 쟁점토지를 양도한 이후 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 것으로 확인되고, 청구종중이 「법인세법 시행령」제3조 제2항의 요건을 충족하지 못하여 이를 적용할 수 없으므로 쟁점토지의 양도소득에 대하여 「소득세법」을 적용하여 기 신고․납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도에 대하여 청구종중을 「국세기본법」제13조에 의한 ‘법인으로 보는 단체’로 보지 아니하고 「소득세법」제2조에 의한 ‘1거주자’로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인( 「법인세법」제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령

제8조(법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인( 「법인세법」제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 소득세법

제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

③ 「국세기본법」제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(4) 소득세법 시행령

제3조의2(거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분) 법 제2조 제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.

1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세

2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세

(5) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

(6) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.

제3조(사업연도의 개시일) ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다.

라. 「국세기본법」제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초 사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구종중 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구종중의 양도소득세 신고서 및 쟁점토지 매매계약서 등에 의하면, 쟁점토지의 매수인은 주식회사 OOO, 양도일은 2016.2.4., 취득일은 1985.1.1., 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원(환산가액), 양도차익은 OOO원으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을, 법인세 신고서 및 재무제표 등을 보면 쟁점토지의 양도차익OOO을 2016사업연도 영업외수익에 포함하여 2016사업연도 법인세 OOO원을 각 신고한 것으로 나타난다.

(나) 청구종중은 2017.6.23. 쟁점토지의 양도차익에 대하여 「법인세법」상 납세의무를 이행하여야 하나 착오로 양도소득세를 신고․납부하였으므로 기 납부한 2016년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점토지 양도일 현재 청구종중이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 사실이 없다는 이유로 2017.7.27. 이를 거부하였다.

(다) 청구종중은 2012.11.30. ‘사업자등록신청서(개인사업자용, 법인이 아닌 단체의 고유번호신청서, 첨부 : 종중규약 등)’를 제출하여 같은 날 처분청으로부터 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등, 고유번호 215-80-*****)을 교부받았고, 2016.4.20. ‘법인으로 보는 단체 승인신청서’를 제출(첨부 : 종중규약 사본, 대표자 선임 종중총회 회의록 사본, 기 발급받은 고유번호증 및 부동산등기용 등록번호 등록증명서)하여 2016.5.10. 처분청으로부터 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등 : 본점, 고유번호 303-82-*****)을 교부받았다.

(라) 한편, 청구종중은 쟁점토지 양도대금의 귀속과 관련하여 대표자 OOO의 OOO 통장사본, 청구종중의 OOO 보유계좌 명세조회서(정기예금계좌 10개), 부동산 매매계약서(2017.6.26., 매수자는 청구종중, 매도자는 주식회사 OOO, 매매물건은 OOO 등 8채, 매매대금은 OOO원) 및 청구종중 임시총회 회의록(2017.6.17., 쟁점토지 양도대금 중 미수금 상계처리 등의 안건처리) 등을 제출하였는바, 쟁점토지 양도대금 OOO원은 2016.1.6. 대표자 OOO의 계좌(OOO 1002-247-******)로 수령하였다가 2016.1.11. 청구종중 명의의 계좌(2016.1.11. 신규개설 1020-121-****** 등 10개의 정기예금계좌에 각 OOO원씩 예치)로 이체하였고, 나머지 미수금 OOO원은 매수자로부터 매입한 부동산(위 OOO 아파트 8채) 매입대금과 상계처리한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제3조 제1항 제1호 라목에서 「국세기본법」제13조 제2항에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일을 법인의 최초 사업연도의 개시일로 규정하면서, 같은 조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초 사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 이를 당해 법인의 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있다’고 규정하고 있고,

위 「법인세법 시행령」제3조 제2항은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초 사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위하여 규정된 것으로, 법인을 최초로 설립하는 경우 뿐만 아니라 개인이 사업장을 운영하다가 법인으로 전환하는 경우 등 법인의 설립 전․후 권리주체의 실체가 동일하고 조세포탈의 우려가 없다면 위 규정에 따라 사실상의 사업개시일 후에 발생한 손익을 법인의 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다 할 것(대법원 2014.1.15. 선고 2013두19479 판결, 같은 뜻)인바,

이 건의 경우, 종중규약에는 대표자를 선임하여 종중재산을 관리하면서 종중원에 대한 수익배분 규정이 없는 등 청구종중이 처분청으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받기 전․후에 그 실체나 성격이 다르지 아니한 점, 쟁점토지 양도대금 OOO원은 청구종중 명의의 정기예금계좌로 입금되었고 나머지 미수금 OOO원은 청구종중이 매입한 부동산[쟁점토지 매수자인 (주)OOO이 신축한 아파트 8채] 매매대금과 상계처리하는 등 쟁점토지 양도대금이 모두 청구종중에게 귀속된 것으로 나타나는 점, 청구종중이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 및 법인세를 신고․납부하는 등 조세포탈의 목적이나 의도가 없어 보이는 점,

청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’의 승인 전에 쟁점토지를 양도하였으므로 당시에는 「소득세법」에 따른 양도소득세 납세의무가 확정되었다고 볼 수 있으나, 그 후에도 납세의무자는 올바른 법적용을 구하며 경정청구 또는 조세쟁송을 제기할 수 있고, 「법인세법 시행령」제3조 제2항은 최초 사업연도의 개시일 전에 생긴 손익에 대하여 ‘조세포탈의 우려가 없을 것’과 ‘최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않을 것’이라는 요건을 갖춘 경우 납세의무자에게 소득세와 법인세 중 어느 것을 적용받을 지에 관한 선택권을 주었다고 보이는 점(위 대법원 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점토지의 양도소득을 청구법인의 최초 사업연도 손익에 산입할 수 있다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점토지 양도소득에 대하여 청구종중을 「소득세법」상 ‘1거주자’로 보아 2016년 귀속 양도소득세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.