1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2011. 11. 17. 원고 주식 중 10.4%를 보유하고 있던 망 B(이하 ‘B’라 한다)로부터 서울 강서구 C, D 토지 5,665.2㎡(이하 ‘이 사건 전체토지’라 한다)를 증여받았다

(이하 ‘이 사건 증여’라 한다). 원고는 이 사건 전체토지의 시가를 2011년 개별공시지가에 의하여 평가한 294억 원으로 자산수증이익을 계상하고, 해당 금액을 익금에 산입하여 2011 사업연도 법인세를 신고하였다.

원고는 2012. 3. 6. E 주식회사(이하 ‘E’라 한다)와 사이에, 이 사건 전체토지 중 일부인 4,958.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 375억 원(이하 ‘이 사건 매매가액’이라 한다)에 매도하는 내용의 매매계약서를 작성하였다.

서울지방국세청은 2015. 9.경 B에 대한 상속세 조사를 하던 중 원고의 이 사건 전체토지의 취득가액은 2011년 개별공시지가가 아닌, 이 사건 매매가액을 기준으로 산정되어야 한다고 보아, 이 사건 전체토지의 취득가액을 428억 원으로 재산정하여 원고에게 과세예고통지를 하였고, 이에 원고는 2015. 10. 23. 국세청장에게 과세전적부심사 청구를 하였는데, 국세청장은 원고의 주장을 일부 받아들여 ‘이 사건 전체토지 중 이 사건 토지를 제외한 나머지 토지에 대하여는 개별공시지가에 따라 취득가액을 산정하여야 한다’는 결정을 내렸다.

피고는 위 과세전적부심사결과에 따라 이 사건 토지에 관하여는 이 사건 매매가액 375억 원을, 이 사건 전체토지 중 이 사건 토지를 제외한 나머지 토지에 관하여는 2011년 개별공시지가를 각 적용하여, 2016. 2. 15. 원고에게 2011 사업연도 법인세 3,442,629,960원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 원고는 이에 불복하여 2016. 5. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,...