서울행정법원-2016-구합-58000 (2016.12.08)

법인세 부과처분이 과세전적부심사의 예외사유에 해당하면 관련 소득금액변동통지는 과세전적부심사의 대상이 되지 않음

법인세 부과처분이 과세전적부심사의 예외사유에 해당하면 관련 소득금액변동통지는 과세전적부심사의 대상이 되지 않음

소득세법 시행령 제192조

2017누31554 법인세등부과처분취소

원고,항소인

○○○ 주식회사

피고,피항소인

○○○세무서장 외 1명

서울행정법원 2016. 12. 8. 선고 2016구합58000 판결

2017. 5. 30.

2017. 6. 20.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. (생략)

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 적을 판결 이유는, 아래 제2항에서 고치거나 추가하는 부분 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 제1심 판결서 3쪽 6행 및 9쪽 3행의 '○○지방국세청장'을 '피고 ○○지방국세청장'으로 각각 고친다.

○ 제1심 판결서 3쪽 7행, 14행, 16행 및 9쪽 1행, 11행의 '피고'를 '피고 ○○○세무서장'으로 각각 고친다.

○ 제1심 판결서 4쪽 1행 '하고,' 다음에 '피고 ○○지방국세청장은'을 추가한다.

○ 제1심 판결서 5쪽 13행 아래에 다음 내용을 추가한다.

3) 피고 ○○지방국세청장은 세무조사 당시 원고의 누락매출액에 대응하는 비용을 산정하는 과정에서 임의로 매출누락액의 78%라는 원가추인율을 적용하여 매입누락액을 확정하였고, BB프로그램에서 발견된 누락 매입액은 모두 무자료 거래이어서 부가가치세가 포함되지 않은 금액이 기재된 것임에도 불구하고 부가가치세 과세대상 재고매입액의 10%를 부가가치세 선급금으로 보아 손금불산입하였는바, 그로 인하여 이 사건 각 처분의 세액이 잘못 계산되었다.

4) 이 사건 각 처분은 다음과 같은 절차적 하자가 있다.

① 이 사건 각 소득금액변동통지는 과세전적부심사 청구기간이 도과하기 전 고지되었고, 근로소득세 납세고지서의 기재에 하자(세율누락 및 과세연도 오기재)가 있다.

② 원고에 대한 법인세 납세고지서는 피고 ○○지방국세청장이 조사・결정하고 피고○○○세무서장이 통지한 것이므로 법인세법 시행령 제109조 제1항에 따라 납세지 관할지방국세청장이 조사・결정하였다는 뜻을 부기하여야 하는데 이를 위반한 하자가 있다.(법인세법 시행령 제109조 제1항은 법인세 결정 또는 경정처분에만 적용되는 것이므로 법인세 부과처분의 하자를 다투는 주장으로 선해하여 본다.)

③ 피고 ○○지방국세청장은 2009 내지 2013 사업연도에 대한 세무조사 중 적법한세무조사 대상기간 확장통지절차를 거치지 아니한 채 2007, 2008 사업연도에 대한 세무조사를 하였다. 따라서 이 사건 처분 중 2007, 2008 사업연도 법인세 부과처분, 2007, 2008년 귀속 부가가치세 부과처분은 국세기본법에 따른 세무조사 착수 통지 없이 시행된 조사 결과를 기초로 이루어진 것이어서 위법하다.

○ 제1심 판결서 11쪽 10행 아래에 다음 내용을 추가한다.

3) 세액계산과정에 오류가 존재하는지 여부

갑 제9호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 피고 ○○지방국세청장이 BB프로그램에 기록된 출고현황 자료에 기초하여 매입누락액을 산정한 사실을 인정할 수 있고, 원고의 주장과 같이 원가추인율을 적용하여 매입누락액을 산출하였다고 볼 증거가 없다.

한편 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 아니한 경우 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아야 하는 것이므로(부가가치세법 제29조 제7항), 세금계산서를 수수하지 않은 무자료 거래라 하더라도 원고가 원재료 매입처에게 지급한 대금에는 부가가치세가 포함되어 있다고 봄이 타당하다.

따라서 피고 ○○지방국세청장의 매입누락액 산정 방법 및 부가가치세 과세대상 재고 매입액의 10%를 부가가치세 선급금으로 보아 손금불산입한 것은 모두 정당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 각 처분에 절차상 하자가 있는지 여부

가) 이 사건 각 소득금액변동통지의 하자에 관하여

국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조). 한편 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호에 의하면 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 같은 조 제2항 제2호에서는 조세범처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 과세전적부심사의 예외사유의 하나로 정하고 있다.

갑 제1 내지 4, 10호증, 을 제7호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 ○○지방국세청장이 2015. 4. 7. 원고에게 이 사건 각 처분의 과세자료를 내용으로 하는 세무조사 결과에 대한 서면통지를 하고, 그로부터 30일이 지나지 않은 2015. 4. 10. 이 사건 각 소득금액변동통지를 한 사실, 피고 ○○지방국세청장이 2015. 5. 7. ○○지방검찰청에 2010 내지 2013 사업연도 법인세 및 2010 내지 2013년도 귀속 부가가치세 포탈 혐의로 원고에 대한 고발조치를 이행한 사실, 피고 ○○○세무서장이 조세심판 과정에서 원고가 2007년부터 차명계좌를 이용하여, 2009년부터 이중장부를 작성하여 각 매출신고를 누락한 것은 조세범처벌법 제3조 제6항 제4호(이중장부 작성은 조세범처벌법 제3조 제6항 제1호의 사유도 해당)에 의한 사기 기타 부정한 행위에 해당한다는 의견을 밝힌 사실을 인정할 수 있다.

살피건대, ① 국세기본법이 조세범처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 과세전적부심사의 예외사유로 정한 것은 범죄 혐의가 인정되는 경우 과세전적부심사를 통한 사전권리구제의 필요성을 인정할 수 없기 때문인 점, ② 소득처분은 법인세 부과대상인 소득이 사외유출된 경우 그 소득의 귀속자와 종류를 확정하는 절차이고, 소득금액변동통지는 이를 납세의무자인 원천징수의무자에게 알리는 절차인데, 법인세 포탈을 이유로 고발하는 경우라면 그 소득은 사외유출 되었다고 판단한 것이므로, 해당 법인세 부과처분이 과세전적부심사의 예외사유에 해당함에도 그 조세포탈행위를 원인으로 하여 이루어진 소득금액변동통지만을 따로 떼어 과세전적부심사를 인정할 필요성이 있다고 볼 수 없는 점, ③ 피고 ○○지방국세청장이 2007 내지 2009 사업연도 법인세 및 2007 내지 2009년도 귀속 부가가치세를 고발 대상에서 제외한 것은 위 기간에 대하여 조세범처벌법위반죄가 성립하지 않는다고 판단한 것이 아니라 공소시효가 완성되었다는 사정을 고려한 것으로 보이는 점, ④ 소득세법 시행령 제192조 제1항은 관할세무서장 또는 지방국세청장이 법인세 경정일로부터 15일내에 소득금액변동통지를 하도록 규정하고 있고, 이 사건 각 소득금액변동통지는 위 시행령 규정에 따라 피고 ○○지방국세청장이 이 사건 각 법인세 경정일인 2015. 4. 7.로부터 15일내인 2015. 4. 10.에 한 것인데, 이 사건 각 소득금액변동통지만이 과세전적부심사의 대상이 된다고 한다면 피고 ○○지방국세청장으로서는 위 시행령 규정을 위반하여야 하는 상황에 처하는 점 등을 종합하면, 이 사건 각 소득금액변동통지는 과세전적부심사의 대상이 되지 않는다고 봄이 상당하다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

한편 원고에 대한 근로소득세 납세고지서의 세율 미기재, 과세연도 오기재 주장은 후행처분의 하자를 다투는 것에 불과하여 이 사건 각 소득금액변동통지의 위법사유가되지 못한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

나) 법인세법 시행령 제109조 제1항 단서 위반 주장에 관하여

법인세법 시행령 제103조 제1항은 "법인세법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있다"고 규정하고, 제109조 제1항은 "납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사・결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다"라고 규정하고 있다.

갑 제2호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함)의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 ○○○세무서장이 원고에 대한 법인세 과세표준을 경정하고 이를 통지한 사실이 인정되므로, 원고에 대한 각 법인세 부과처분에는 납세지 관할지방국세청장이 과세표준을 결정한 경우에 적용되는 법인세법 제109조 제1항 단서가 적용되지 아니한다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다) 세무조사 착수 통지 및 조사결과 통지의 하자 주장에 관하여

갑 제12호증의 1, 2, 3의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 피고 ○○지방국세청장이 2014. 11. 27. '조세범칙조사전환 및 2009년 법인 통합조사로 범위확대'를 이유로 하여 원고에 대한 세무조사유형을 일반통합조사에서 범칙조사로, 조사대상 과세기간을 '2010. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.'에서 '2007. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.'로 변경하고, 2014. 11. 28. '(세금)계산서미발행[조세범처벌법 제10조 제1항]'을 이유로 하여 원고에 대한 세무조사유형을 일반통합조사에서 범칙조사로, 조사대상 과세기간을 '2010. 1. 1. ~ 2013. 12. 31.'에서 '2009. 7. 1. ~ 2013. 12. 31.'로 변경하였으며, 2014. 11. 28. 원고에게 위 각 조사범위확대(유형전환)를 통지한 사실이 인정된다. 이에 따르면 원고는 조사대상 과세기간이 2007. 1. 1.부터 2013. 12. 31.임을 통지받았다고 할 것이고, 위와 같이 조사대상 과세기간이 달리 기재된 두 차례의 유형전환통지가 이루어졌다는 사정만으로 세무조사과정에 위법이 있다거나 원고의 이익을 침해하였다고 볼 수 없다. 원고의 이부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.