소외인 부담의 출연금을 원고가 대신 지급하였고, 인건비를 허위 계상한 것임

이 사건 쟁점금액은 원고의 자발적인 의사에 의한 기부금이 아니라 소외인이 부담해야 할 출연금을 원고가 대신 지급한 것으로 봄이 타당하며, 이 사건 급여는 근로를 제공하지 않았음에도 인건비를 계상하여 법인세 과세표준을 과소 신고하였다는 내용의 확인서를 보면, 원고에게 근로를 제공하지 않았음에도 원고의 인건비로 계상된 것으로 봄이 타당함

법인세법 제66조 결정 및 경정

2015구합22425 법인세등부과처분취소

의료법인 AAAAAA

○○지방국세청장외1

2015. 9. 18.

2015. 11. 20.

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

2014. 1. 2. 원고에 대하여, 피고 ○○지방국세청장이 한 별지 목록 순번 1 내지 6 기재 각 소득금액변동통지처분 및 피고 ○○세무서장이 한 같은 목록 순번 7 내지 11 기재 각 법인세부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○대로○○번길 ○○에서 AAA병원을 운영하는 의료법인이고, BBB은 원고의 이사장이며, CCC는 BBB의 처이다.

나. BBB은 2008. 1. 15. ○○시 소재 ○○대학교를 운영하는 학교법인 EE학원(이하 'EE학원'이라 한다)의 이사장인 DDD로부터 EE학원의 운영권을 인수하면서, 출연각서를 작성하여 교육과학기술부 감사결과로 EE학원이 보충해야 할 수익용 기본재산 부족액 ○○억 원 등의 출연을 약속하고, 개인자금으로 약속한 출연금 일부를 납입하면서 2008. 2. 19. EE학원의 이사장으로 취임하였다.

다. BBB은 EE학원의 경영권을 인수한 후 학교 재정상태를 확인한 결과 교직원 미지급 급여 등 우발채무 ○○억 원을 발견하여, 2008. 4. 8. DDD에게 계약해제 의사를 통보하면서 출연금 반환을 요구하였고, 2008. 4. 29. 출연금 반환을 합의하였다.

라. 그런데 위 출연금 반환이 지연되던 중 BBB은 2008. 5. 22. 교육과학기술부로부터 EE학원의 수익용 기본재산부족액 ○○억 원의 이행결과 보고를 독촉받고, 2008. 6. 25. 미이행시 교육부의 제재조치를 우려하여 원고의 자금 ○○○○원(이하 '이사건 쟁점금액'이라 한다)을 EE학원에 납입하여 교육과학기술부 감사처분의 이행을 완료하였다.

마. 한편, 원고는 2007. 12. 1. 내부 기안문서로 안식년 휴가제 도입과 안식년 휴가기간에도 정상적인 급여 지급을 기안하고, 2007. 12. 18. 직원운영위원회 임시회의에서CCC의 안식년 휴가를 승인한 뒤, 2008 ~ 2010사업연도에 CCC에게 급여 ○○원을 지급하면서 이를 손금으로 계상하였으며, 안식년 휴가기간 이후(2011년 ~ 2012년)에는 CCC가 행정원장의 직책을 담당한 것으로 하여 급여 ○○원을 지급하고 이를 손금으로 계상하였다.

바. 피고 ○○지방국세청장은 2013. 9. 27.부터 2013. 11. 15.까지 원고에 대한 조사를 실시하여, ① 이 사건 쟁점금액은 BBB 개인이 출연각서에 납입을 약속한 수익용 기본재산 부족액 ○○억 원의 일부로서 BBB이 부담해야 할 출연금을 원고가 대신 부담한 것으로 보아 2014. 1. 2. 이 사건 쟁점금액을 BBB의 2008년 귀속 상여로 처분하여 소득금액변동통지(이하 '이 사건 제1처분'이라 한다)를 함과 동시에, ② CCC가 병원 업무를 수행한 사실이 없는 것으로 보아 별지 목록 순번 2 내지 6 기재와 같이 2008년부터 2012년까지 CCC의 급여 ○○원(이하 '이 사건 급여'라 한다)을 CCC의 기타소득으로 처분하여 소득금액변동통지를 한 후, ③ 피고 ○○세무서장에게 위 급여 관련 퇴직급여충당금한도초과액 ○○원을 손금불산입하도록 과세자료를 통보하였다.

마. 이에 피고 ○○세무서장은 2014. 1. 2. 원고에 대하여 별지 목록 순번 7 내지 11기재와 같이 2008 ~ 2012사업연도 법인세 합계 ○○원을 부과・고지하였다(피고 ○○지방국세청장의 CCC 관련 소득금액변동통지처분과 피고 ○○세무서장의 위 법인세 부과처분을 합하여 이하 '이 사건 제2처분'이라 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2015. 3. 2. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1처분의 근거가 된 출연각서의 작성주체는 BBB 개인 명의가 아닐 뿐만 아니라 출연각서 자체가 합의해제되어 BBB은 EE학원에 대하여 출연의무를 부담하지 않게 되었는데, 원고가 위 해제 시점 후인 2008. 6. 25.경 출연한 이 사건 쟁점금액은 위 출연각서와는 관련 없이 원고가 ○○대학교의 발전을 도모하고 경쟁력을 높임으로써 지방대학을 육성하는데 기여하고자 하는 판단에 따라 이사회의 결의를 거쳐 지급한 것이며, 이 사건 쟁점금액은 최종적으로 EE학원에 귀속되었으므로, BBB이 EE학원에 대하여 출연의무를 부담함을 전제로 한 이 사건 제1처분은 위법하다.

2) 원고는 CCC의 안식년 기간 동안에 병원의 운영규정 및 운영위원회의 의결에 따라 CCC에게 급여를 지급하였고, CCC는 안식년 이후 원고의 AAA병원에서 비상근으로 근무하면서 의약품 구입, 예산안 수립 및 원고의 사회봉사활동에 참여하는 등의 업무를 실제로 수행하였으므로, CCC에게 지급된 급여는 전부 손금에 산입되어야 한다. 따라서 이 사건 제2처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 이 사건 제1처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 인정사실

가) BBB은 2007. 11.경 DDD와 사이에 EE학원의 경영권을 인수하기로 합의하였고, 이에 따라 2008. 1. 15. 아래와 같이 당시 교육과학기술부의 EE학원에 대한 감사결과에서 지적된 수익용 기본재산 부족분 ○○억 원을 EE학원에 출연한다는 내용의 출연각서(이하 '이 사건 출연각서'라 한다), DDD 소유 주택을 ○○억 원에 매입하는 약정에 대한 이행각서 및 DDD에게 학원운영권 인수대가로 ○○억 원을 지급하기로 하는 약정에 대한 차용금증서를 각 작성하였다.

나) BBB은 2008. 2. 12. 이 사건 출연각서상의 의무를 이행하기 위하여 개인 소유의 부동산 ○○억 원, 보증금반환채권 ○억 원 등을 EE학원에 이전하였고, 2008. 2. 19. EE학원 이사장에 취임하였다.

다) 이후 BBB은 학교 재정 상태를 확인한 결과 교직원 미지급 급여 등 우발채무 ○○억 원을 발견함에 따라 2008. 4. 8. DDD에게 계약해제의 의사를 통보하여 출연금의 반환을 요구하였다.

라) BBB과 DDD 사이의 계약해제 논의가 진행되던 중 2008. 5. 22. EE학원은 교육과학기술부로부터 수익용 기본재산부족액 ○○억 원의 이행결과 보고를 독촉받게 되었고, 이에 2008. 6. 25. BBB은 주식 ○○억 원 상당을, 원고는 이 사건 쟁점금액을 각 EE학원에 출연함으로써 위 감사지적 사항인 EE학원의 수익용 기본재산 부족분 ○○억 원이 충족되었다.

마) DDD는 2010. 6. 10. BBB을 상대로 서울중앙지방법원 2010가합59467호로 EE학원 인수약정의 이행을 구하는 내용의 소를 제기하였는데, 위 소송은 2011. 11. 15. 아래와 같은 내용으로 조정이 성립하여 종결되었다.

바) 한편, BBB은 2013. 3. 29. DDD와 사이에 '① DDD가 EE학원의 운영권을 현재 상태로 양수하고, ② DDD가 EE학원의 운영권을 타인에게 양도할 경우에는 DDD는 BBB의 기부정신을 기리기 위하여 ○○억 원을 출연하여 BBB 명의의 장학재단을 설립하여 BBB이 운영하도록 하며, ③ 본 약정과 동시에 위 조정조서는 효력을 상실한다'는 내용의 약정을 체결하였다.

[인정근거] 갑 제3, 7, 28호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변

론 전체의 취지

2) 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 출연각서에 의하면 BBB이 EE학원에 ○○억 원을 출연하고 그 의무불이행에 대하여 민사상 책임을 지기로 기재되어 있어, 위 출연금의 부담에 관한 종국적인 법적 책임은 BBB이 부담하는 점, ② 원고가 이 사건 쟁점금액을 EE학원에 지급할 당시에 비록 BBB과 DDD 사이에 학교법인 인수계약의 합의해제가 논의 중이었지만, BBB이 위 ○○억 원을 출연하지 아니하면 EE학원은 교육과학기술부의 제재조치를 피할 수 없는 상황이었고, BBB으로서는 향후 원상회복을 위한 정산의 편의를 위해서라도 위와 같이 약정한 출연의무를 모두 이행할 필요가 있었던 점, ③ BBB과 DDD는 이 사건 쟁점금액을 포함하여 출연금에 대한 반환 합의를 해오다가, 소송을 통하여 위 출연금을 BBB이 반환받기로 조정이 성립된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 쟁점금액은 원고의 자발적인 의사에 의한 기부금이 아니라 BBB이 부담해야 할 출연금을 원고가 대신 지급한 것으로 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 제2처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 인정사실

가) CCC는, 원고가 2007. 12. 18. 운영위원회를 통하여 CCC의 안식년을 승인하기 이전인 2007. 10. 4. 이미 출국하여, 2008. 1. 26. 귀국하였다가, 다시 2008. 3. 3.부터 2009. 8. 6.까지 외국에서 장기간 체류하였다.

나) BBB은 원고에 대한 세무조사 과정에서 "2008 ~ 2012사업연도 기간 동안 CCC에게 지급한 이 사건 급여는 근로를 제공하지 않았음에도 인건비를 계상하고 세무조정시 퇴직급여충당금한도액을 과다하게 설정하여 법인세 과세표준을 과소 신고한 사실을 확인한다"는 내용의 확인서를 작성하였다.

다) CCC의 안식년 휴가기간 이후에도 원고의 병원 조직도, 그룹웨어의 사원명단, 진료예약사이트의 의료인 명단 등에 CCC의 이름은 없고, 내부결재문건의 행정원장 결재란은 모두 공란으로 되어있거나 결재란 자체가 빠져 있다.

[인정근거] 을 제5, 6, 7호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언, 변론 전체의 취지

2) 판단

위 인정사실에다가 원고와 BBB, CCC의 관계, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 조사상대방으로부터 구체적인 위반사실에 대하여 이를 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 점(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조) 등을 보태어 보면, 이 사건 급여는 CCC가 원고에게 근로를 제공하지 않았음에도 원고의 인건비로 계상된 것이라고 봄이 타당하고, 갑 제9, 26, 27호증의 각 기재, 증인 김○○의 증언만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 기각한다.