조심2011서0689 (2011.06.01)

기존에 이미 개발된 기법 등을 응용 또는 이용하여 용역을 제공한 것으로 새로운 이론을 적용한 것으로 볼 수 없어 부가가치세 면세대상이 아님

기존에 이미 개발된 기법 등을 응용 또는 이용하여 용역을 제공하고 그 제공에 대한 대가를 지급 받았다고 보이므로，이 사건 용역은 새로운 학술을 연구하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법 등에 관한 연구용역으로 볼 수 없음

부가가치세법 제12조

2011구합28356 부가가치세부과처분취소

사단법인 AAAAA연구원

성동세무서장

2013. 3. 5.

2013. 3. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 8. 1. 원고에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 000원， 2004년 제2기분 부가가치세 0000원 및 2012. 12. 16. 원고에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 0000원， 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 00000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 10. 24. 교육환경 및 교육시설을 전문적， 체계적， 종합적으로 연구・ 개발하고， 선진교육 환경을 도입・연구・보급함으로써 교육환경의 향상 및 발전에 기여함 을 목적으로 교육부장관의 허가를 받아 설립된 비영리 사단법인이다.

나. 원고는 2004년 제1기부터 2004년 제2기 부가가치세 과세기간 중 각급 교육청 등으로부터 학교건물신축 기본계획연구용역(이하 '이 사건 용역'이라 한다)을 의뢰받아 용역을 수행하고， 그 대가로 지급받은 0000원(2004년 제1기 0000원，2004년 제2기 000원，이상 공급가액 기준)을 부가가치세 면세대상으로 보아 계산서를 발행・교부하고 이에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않았다.

다. 이에 피고는 2010. 8. 1. 원고가 제공한 이 사건 용역에 대하여 원고에게 2004년 제171분 부가가치세 0000원 및 가산세 0000원，2004년 제2기분 부가가치세 0000원 및 가산세 0000원을 부과・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 1. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，조세심판 원은 2011. 6. 1. 원고의 심판청구를 기각하였다.

마. 한편 피고는 2012. 12. 16. 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 000원 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 0000원의 부과처분을 직권취소하고，가산세의 종류와 산출근거를 기재하여 다시 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 0000원 및 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 0000원을 부과・고지하였다(이하 피고가 2010. 8. 1. 원고에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 000원， 2004년 제2기분 부가가치세 0000원의 각 부과처분 및 2012. 12. 16. 원고에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 0000원， 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 0000원의 각 부과처분을 합쳐서 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 갑 제1 내지 4， 6， 10， 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

1) 이 사건 용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론・방법・공법 등에 관한 연구용역이므로 구 부가가치세법(2004. 12. 31. 법률 제7318호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제12조 제1항 제13호， 구 부가가치세법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18626호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제35조，구 부가가치세법 시행규칙(2005. 3. 11. 재정경제부령 제422호로 개정되기 전의 것，이하 같다) 제11조 의3 제3항 규정에서 정한 면세대상이다.

2) 이 사건 용역은 공익을 목적으로 하는 비영리 법인이 제공한 용역이고，비록 원고가 이 사건 용역을 통해 약 0000원의 이익을 얻기는 하였으나 개별 연구용역 별로 살펴보면 그 대부분이 실비로 공급되었고 극히 일부의 용역에서만 이익이 발생하였다. 따라서 이 사건 용역의 대부분은 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호，같은 법 시행령 제37조 제1호 규정에 따라 면세대상임에도 피고는 이 사건 용역 전부에 대하여 부가가치세를 부과하였다.

3) 원고는 1998년 사업을 개시한 이후 법인세 등을 신고하는 과정에서 피고로부터 이 사건 용역 공급과 관련하여 부가가치세를 신고・납부하여야 한다는 등의 아무런 지 적을 받지 않았고 이러한 비과세 관행을 신뢰하였는데， 피고는 이러한 태도를 바꿔 부 가가치세를 과세하였는바， 이는 신의칙에 반한다.

4) 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 부과할 수 없다고 할 것인바， 원고는 위와 같이 비과세 관행으로 인하여 이 사건 용역에 대한 부가가치세 신고・납부 의무를 불이행한 것이므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 7차 교육과정은 1997. 12. 30. 교육부 고시 제1997-15호로 고시된 교육과정으 로， 학생의 능력， 적성， 진로를 고려하여 교육 내용과 방법을 다양화하고，교육과정 편 성과 운영에 있어서 현장의 자율성을 확대하며， 국민 공통 기본 교육과정과 선택 중심 교육과정 체제를 도입하는 것이 주요 내용이다. 이러한 7차 교육과정은 초등학교에서는 2000년부터，중학교에서는 2001년부터，고등학교에서는 2002년부터 단계적으로 시행되었다.

2) 원고는 1998년 설립된 이후 학교 건축에 있어서 위 7차 교육과정에 대응하기 위한 방안(예를 들어 집단별・수준별 이동식 수업을 위한 최적화된 학교 건축 기법)을 연구개발하여 전국의 초・중・고등학교에 학교건물신축 기본계획연구용역을 공급해 왔다.

3) 원고는 위 용역에 투입되는 직접비와 간접비를 고려하여 매년 학교의 종류(초・ 중・고등학교) 및 학급수에 따른 요율표를 작성하여 위 요율표를 기초로 용역비를 산정 하였다.

4) 원고는 2004년에 BB초등학교(용역비 000원)， CC초등학교(용역비 000원)， DD초등학교(용역비 000원) 등 61개 학교에 학교건물신축 기본 계획연구용역(이 사건 용역)을 공급하고， 그 공급대가로 합계 000원을 받았다.

5) 원고가 2004년에 EE초등학교에 대하여 실시한 학교건물신축 기본계획연구용역은 EE초등학교 신설을 위한 신축계획연구를 함에 있어 EE초등학교 계획 대지에 대한 환경을 분석하고， 더불어 미래교육을 위한 교수・학습형태를 검토하고， 제7차 교육과정에 의한 수준별 교육과정 및 다양한 교수학습방법에 대비할 수 있는 공간을 제공하기 위한 기본계획안을 제시하는데 목적을 두고 진행되었고， 연구의 주요 내용은 제7차 교육과정 조사， 사용자 요구조사， 지역특성조사， 인구전망， 지역문화시설 실태조사， 대지조사， 제반 법규검토， 단위공간계획， 건축계획기준， 토지이용계획，배치 및 평면계획， 입면 및 모델계획， 대안별 평가 등이며， 사용자 요구조사 방법으로 인근 FFF초등학교 현직 교사와 재학생 및 학부모를 대상으로 사회조사를 실시하였다. 한편 사회조사는 설문조사를 통하여 자료를 수집하고， 수집된 자료를 범용 통계 소프트웨어 프로그램(OOO，OOOOO을 사용하여 분석하였으며， 여기에는 빈도분석， 크로스분석 등의 통계 방법이 이루어졌다.

[인정 근거] 갑 제5， 6， 8， 9호증， 을 제2호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

구 부가가치세법 제12조 제1항 제13호， 같은 법 시행령 제35조， 같은 법 시행규칙 제11조의3 제3항 등 관계 규정들을 종합하여 보면， 부가가치세 면세대상이 되는 학 술연구용역이라 함은 새로운 학술을 개발하기 위하여 새로운 이론・방법 등을 연구하는 것이므로 학술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 공급하는 용역은 이에 해당하 지 않는다고 할 것이다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 참조). 이 사건에 관하여 보건대， 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 ① 원고가 수행한 이 사건 용역은 원고가 개발한 학교 건축 기법(이동식 수업에 최적화된 학교 건축 기법 등)을 기초로 사용자 요구조사， 지역특성조사 등 조사업무와 단위공간계획， 토지이용계획 등 건축계획업무를 그 주요 내용으로 하고 있는 점，② 원고는 용역의뢰학교의 교사， 재학생， 학부모 등을 상대로 설문조사를 실시하여 자료를 수집하고， 이를 범용 통계 소프트웨어 프로그램(SPSS， Ms-Excel)을 이용하여 분석(빈도분석，크로스분석)한 결과를 용역의뢰학교의 특성에 맞도록 건축계획에 반영한 점，③ 원고는 1998년 설립된 이후 현재까지 수많은 학교에 대하여 위와 유사한 형태의 용역을 제공하고 그 대가로 적지 않은 금원을 지급 받아 온 점， 그밖에 원고가 이 사건 용역을 자료로 한 새로운 이론이나 연구결과를 발표하지 않은 점 등에 비추어 보면， 원고는 학교 건축 기법에 관한 새로운 이론・방법 등에 관한 학술연구를 하기 위하여 용역의뢰업체와 이 사건 용역 계약을 체결하고 사용자 요구조사 등을 실시하여 그 결과를 보고하는 이 사건 용역을 공급하였다기보다는 사용자 요구조사를 토대로 기존에 이미 개발된 학교 건축 기법 등을 응용 또는 이용하여 용역의뢰학교가 필요로 하는 용역을 제공하고 그 제공에 대한 대가를 지급 받았다고 보이므로， 이 사건 용역은 새로운 학술을 연구하기 위하여 행하는 새로운 이론・방법 등 에 관한 연구용역으로 볼 수 없어 구 부가가치세법 제12조 제1항 제13호가 정한 면세 대상이라 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관한 판단

구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호에 규정된 '실비'라 함은 재화 또는 용역을 제공함에 있어 실제로 들인 비용 상당액으로 이윤을 포함하지 않는 개념이라 할 것인 데， 앞서 본 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정，즉 ① 원고는 이 사건 용역을 제공함에 있어 사전에 자신이 정한 요율표에 따라 대가를 지급 받은 것이지 실제로 들인 비용 상당액을 대가로 지급 받은 것은 아닌 점，② 원고가 작성한 요율표는 아무런 이익을 남기지 않기 위하여 국가에서 정해준 설비기준 에 따라 만들어진 것이 아니라 원고 자신이 임의로 작성한 것인 점(원고는 예산의 수립이나 집행에 관하여 국가의 승인을 받거나 하는 등의 통제를 받지 않고 있다)，③ 원고가 제출한 프로젝트별 정산내역상 원고는 이 사건 용역을 제공하고 약 0000원의 이익을 얻은 것으로 나타나는 점，④ 원고가 제출한 프로젝트별 정산내역상 이 사건 용역 중 일부 개별 용역에서 원고가 손실을 본 것으로 나타나지만，개별 용역에 대하 여 사후적으로 이익이 발생하였는지에 따라 '실비'로 공급한 용역인지 여부가 결정된다고 보기는 어려울 뿐만 아니라 비용 지출에 대한 객관적 증빙이 없어 프로젝트별 정산 내역상 비용이 실제 지출된 비용인지도 의심스러운 점(특히 간접비 중 연구인건비의 경우 합리적 근거 없이 일률적으로 직접인건비와 직접경비 합계액의 5%로 산정하였다) 등에 비추어 보면， 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 실비로 이 사건 용역을 공급하였다고 보기 어렵고， 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 관한 판단

과세관청이 원고에 대하여 이 사건 처분 전에 이 사건 용역과 같은 용역에 대하여 부가가치세를 부과하지 않았다고 하더라도， 과세관청이 원고에 대하여 그러한 용역에 대한 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적 견해를 표명하지 않은 이상， 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고， 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의， 과실은 고려되지 않는 반면， 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자 에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정 당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조). 이 사건의 경우 과세관청이 원고의 사업 개시 이후 이 사건 용역과 같은 용역에 대하여 이 사건 처분에 이르기까지 부가가치세를 과세하지 않았다는 사정이 있다고 하여 납세의무자인 원고가 이 사건 용역에 관한 부가가치세를 신고・납부하지 않는 것에 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.