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제목
대주주 상장주식의 양도차익 산정시 취득가액의 평가방법
요지
증권사가 후입선출법에 따라 나중에 취득된 주식부터 출고하는 방식으로 원고의 계좌를 관리하여 온 사실이 있어 취득시기가 불분명한 경우로 볼 수 없어 선입선출법에 의하여 취득가액 산정하여 부과한 것은 위법함
관련법령
소득세법 제94조(양도소득의 범위)
주문
1. 피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,219,725,000원의 부과처분 중 817,438,320원을 초과하는 부분을 취소한다
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 65%는 원고가, 나머지 35%는 피고가 각 부담한다.
청구취지
피고가 2005. 4. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 1,219,725,000원의 부과처분을 취소한다
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1999. 12. 31. 현재 상장주식인 ○○텔레콤 주식회사(이하 '○○텔레콤이라 한다) 발행주식 4,083주를 보유하고 있었고, 당시 주가는 1주당 4,070,000원으로서 원고가 보유한 주식의 시가총액은 16,617,810,000(4,083주 X 4,070,000원)이었다.
나. 원고는 2000년 중에 ○○증권 ○○지점에 개설된 위탁계좌를 통하여 위 주식중 3,800주(액면분할 전 기준 1,010주, '이 사건 주식'이라 한다)를 별지 거래내역표 양도란 기재와 같이 합계 3,902,125,000원에 양도하였으나, 양도소득세를 신고 · 납부하지 않았다.
다. 피고는 2005. 4. 1. 원고가 1999. 12. 31. 현재 소유하고 있던 ○○텔레콤 주식의 시가총액이 100억원 이상이므로 위 주식의 양도로 인하여 발생한 소득이 구 소득세법 (2000. 12. 29. 법률 6292호호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제3호, 구 소득세법 시행령(2000. 12 .29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항 제2호 소정의 과세 대상 소득에 해당한다는 이유로 원고에 대하여 2000년 귀속 양도소득으로 1,219,725,000원을 부과하는 이 사건 처분을 하였는데, 그 세액 산정 근거는 별지 세액산정표 결정고지세액란 기재와 같다.
라. 피고는 이 사건 처분 당시 이 사건 주식의 취득가액을 산정함에 있어 이 사건 주식의 취득시기가 불분명하다는 이유로 구 소득세법 제98조, 동 시행령 제162조 제5항에 의하여 원고가 수회에 걸쳐 취득한 전체 주식 중 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 방식(이하 '선입선출법'이라 한다)에 의해 취득가액을 495,175,000원으로 산정하였다.
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
(1) 시가총액 100억원 이상의 주주를 대주주로 규정하여 그러한 대주주가 보유한 주식을 처분하는 경우 양도소득세의 부과 대상이 되는 것으로 규정한 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호 (이하 '이 사건 시행령규정'이라 한다)는 소득세법 시행령이 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되면서 신설된 규정으로서, 종전에는 시가총액 100억원 이상의 주식을 보유하더라도 증권거래세만 납부할 뿐 양도소득세를 납부하도록 되어 있지 않았고, 이에 원고는 증권거래세만 납부하면 될 것으로 믿고 주식투자를 하였다. 그런데 이 사건 시행령규정이 위와 같이 사후에 개정되어 유예기간도 없이 2000. 1. 1.부터 시행됨으로써 원고는 그 기대와는 달리 납세의무를 부담하게 되었다.
따라서 위 시행령규정은 헌법 제13조 제2항에 의한 소급입법에 의한 재산권박탈 금지원칙에 위반되어 위헌이고, 위헌인 위 시행령규정에 기해 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 소득세법 제94조는 양도소득의 범위에 관하여 소유주식의 비율, 시가총액 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 대주주에 대하여 증권거래세가 아닌 양도소득세를 부과하도록 규정함으로써 '대주주'의 범위에 관하여 대통령령으로 정하도록 위임하였음에도 불구하고, 이 사건 시행령규정은 주식 발행회사의 시가총액 규모나 당해 주주의 주식 보유비율을 고려하지 아니한 채 주식 보유액이이 100억원 이상이면 무조건 과세 대상이 되도록 규정한 결과 경우에 따라서는 주식 보유비율이 근소한 경우에도 대주주로 취급하고 있으므로 이는 위임범위를 벗어났을 뿐만 아니라 조세법률주의에도 위배되어 무효이고, 무효인 이 사건 시행령규정에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.
(3) 선입선출법에 의해 이 사건 주식의 취득가액을 산정한 것은 위법하고, 선입선출법에 의해 이 사건 주식의 취득가액을 산정한다 하더라도 그 취득가액에 대한 입증책임은 피고에게 있으므로 피고로서는 먼저 취득된 주식의 취득가액을 입증하여야 할 것임에도 이를 입증할 자료가 없다는 이유로 그 가액을 추계하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
(4) 원고는 위와 같은 법령 개정으로 인해 2000. 1. 1. 부터는 종전과 달리 그 주식을 양도할 경우 양도소득세 납부의무를 부담하게 되었으므로, 과세관청인 피고로서는 원고에게 위와 같이 법령이 개정되었다는 사실을 알려 자진신고를 안내하는 등 납세서비스를 제공하였어야 함에도 그러한 조치를 전혀 취하지 않았다. 따라서 원고에게는 양도소득세 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
나. 관련법령
별지 관련법령 기재와 같다.
다. 판단
(1) 위 가. (1)의 주장에 대한 판단
양도자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것인데 이 사건 시행령규정은 그 시행 이전에 이미 양도되어 과세요건이 완성된 주식양도에 대하여 소급하여 양도소득세를 부과하는 것이 아니라 위 시행령규정의 시행 이후에 양도된 주식에 대하여 양도소득세를 부과하는 것으로서 이른바 '부진정소급효'의 입법이라 할 것이므로, 위 시행령규정은 헌법 제13조 제2항의 소급입법에 의한 재산권박탈 금지원칙에 위반되지 아니한다고 할 것이다.
다만, 부진정소급효를 가지는 입법에 있어서도 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 비교형량 과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 되므로, 법령의 개정시 구법 질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법령의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 새로운 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다고 할 것이나, 구 소득세법이 원칙적으로 상장주식을 양도소득세의 과세대상에 포함시키지 아니한 것은 입법자가 자본시장 육성이라는 정책적인 축면을 중시한 데에 기인한 것으로서 상장주식의 비과세는 사회적 · 경제적 상황이 변한다면 그 양도에 대하여도 양도소득세 과세가 이루어질 수 있다는 잠정적인 성격의 것이고, 따라서 상장주식 보유자의 기대 내지 신뢰는 그만큼 약하다고 할 수 있는 점(○○재판소 2006. 2. 23.자 2004○○32, 2005○○63 결정 참조)에 비추어 보면 이 사건 시행령규정이 신뢰보호원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 또한 소급입법에 해당하지 않는 이 사건 시행령규정을 시행하면서 경과규정을 둘 것인지 여부는 입법정책의 문제일 뿐이고, 위 시행령규정의 공익목적이나 원고의 신뢰가 단순한 기대에 불과하여 헌법상의 권리로서 보호될 신뢰라고 할 수 없는 점 등에 비추어 보면 이 사건 시행령규정이 일정한 유예기간을 두지 않았다는 사정만으로 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
(2) 위 가.(2)의 주장에 대한 판단
원고의 위 주장은 이 사건 시행령규정의 모법인 구 소득세법 제94조 제3호가 '대주주'의 법위에 관하여 대통령령으로 정하도록 위임하였음을 전제로 하고 있으나, 구소득세법 제94조 제3호는 '한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분 중 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득'이라고만 규정하였을 뿐 대주주의 범위만을 대통령령으로 정하도록 위임한 것이 아니므로 이 사건 시행령규정이 위임입법의 범위를 벗어났다거나 조세법률주의에 위배된다고 볼 수 없고, 다만 위 구 소득세법 규정이 조세법률주의 내지 포괄위임금지원칙에 반하는지 여부가 문제될 수는 있다 하겠으나 위 규정의 입법목적, 입법배경 및 관련 법률을 유기적 · 체계적으로 판단하여 보면 하위법령에 규정될 상장주식의 개념 및 그 법위에 대한 대강의 기준을 예측할 수 있어 위 규정이 조세법률주의 내지 포괄위임금지원칙에 반한다고 볼 수도 없으므로(위 2004○○32, 2005○○63 결정 참조), 위 주장 역시 이유 없다.
(3) 위 가. (3)의 주장에 대한 판단
원고가 이 사건 주식의 취득가액을 산정함에 있어 선입선출법에 따라 그 취득가액을 495,175,000원으로 산정하였음은 앞서 본 바와 같으나, 한편 원고로부터 이 사건 주식을 포함한 ○○텔레콤 발행주식을 예치받아 두고 있었던 ○○증권 ○○지점이 원고가 이 사건 주식을 양도함에 있어 후입선출법에 따라 나중에 취득된 주식부터 출고하는 방식으로 원고의 계좌를 관리하여 온 사실, 위와 같은 후입선출법에 따를 경우 이 사건 주식의 취득가액이 별지 거래내역표 취득란 기재와 같이 합계 1,612,638,000원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제5 내지 8호증, 을 제9호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있으므로, 이 사건 주식은 취득시기가 불분명하다고 볼 수 없고 그 취득가액은 위 1,612,638,000원이라 할 것인바, 이 사건 주식의 취득가액을 위 금액으로 하여 그 양도에 따른 정당한 세액을 산정하면 별지 세액산정표 판결세액란 기재와 같이 817,438,320원이므로 결국 이 사건 처분은 위 금액 범위 내에서 적법하고 위 금액을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로, 선입선출법에 의해 이 사건 주식의 취득가액을 산정한 것이 위법하다는 원고의 위 주장은 이유 있다.
(4) 위 가. (4)의 주장에 대한 판단
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 할 것인바(○○ 2003. 2. 14. ○○2001○○8100 판결 등 참조), 원고가 주장하는 사정만으로 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
2. 결론
그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 817,438,320원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다
거래내역표
(금액단위 : 천원)
양도
취득
비고
양도일
수량
주당가액
양도가액
취득일
수량
주당가액
취득가액
2000.2.11.
200
4,050
810,000
1999.6.16.
114
1,224
139,536
액면분할전
1999.4.16.
86
5
430
2000.2.14.
100
4,300
430,000
1999.4.16.
29
5
145
1994.12.1.
71
499
35,429
2000.2.14.
100
4,380
438,000
1994.12.1.
100
499
49,900
2000.2.14.
100
4,480
448,000
1994.12.1.
100
499
49,900
2000.2.14.
100
4,800
480,000
1994.12.1.
33
499
16,467
1994.11.9.
67
593
39,731
2000.2.15.
100
4,990
499,000
1994.11.9.
100
593
59,300
2000.8.10.
1,000
250
250,000
2000.2.22.
1,000
380
380,000
액면분할후
2000.12.26.
550
262
144,100
2000.2.22.
500
380
190,000
2000.2.18.
50
410
20,500
2000.12.26.
450
262.5
118,125
2000.2.18.
450
410
184,500
2000.12.27.
500
259
129,500
2000.2.18.
500
410
205,000
2000.12.28.
600
259
155,400
2000.2.18.
600
403
241,800
계
3,800
3,902,125
3,800
1,612,638
세액산정표
(단위 : 원)
결정고지세액
판결세액
양도가액
3,902,125,000
3,902,125,000
취득가액
495,175,000
1,612,638,000
필요경비
16,325,000
16,325,000
양도차익
3,390,625,000
2,273,162,000
양도소득기본공
2,500,000
2,500,000
과세표준
3,388,125,000
2,270,662,000
세율
20%
20%
산출세액
677,625,000
454,132,400
결정세액
677,625,000
454,132,400
신고불성실가산세
67,762,500
45,413,240
납부불성실가산세
474,337,500
(결정세액X5/10,000X1,400일)
317,892,680
(결정세액X5/10,000X1,400일)
총결정세액
1,219,725,000
817,438,320
고지세액
1,219,725,000
* 비고 : 납부불성실 가산세 산정기간 - 납부기한 다음날인 2001. 6. 1.부터 납세고지일 전일까지 1,400일. 끝.
관련법령
제94조 (양도소득의 범위) 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득
2. 대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득
3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득
4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득
5. 제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 자산(이하 "기타 자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제157조 (토지등의 범위)
④ 법 제94조제3호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이장에서 "주식등"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주등"이라한다)가 양도하는 주식등을 말한다. 다만 제158조제1항제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식등을 제외한다.
1. 주권상장법인의 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 춯자자 1인(이하 이장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해법인의 주식등의 합계액의 100분의 3이상을 소유한 경우의 당해주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함하다.
2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해법인의 주식등의 시가총액이 100억원이상인 경우의 당해주주 1인 및 기타주주
제162조 (양도 또는 취득의 시기)
①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
⑤제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.
부칙<제1664호, 1999.12.31>
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 이하 생략
제7조 (양도소득에 관한 적용례) ①이 영중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②주주 또는 출자자 1인 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자가 1999년 1월 1일부터 12월31일까지 양도한 주식 또는 출자지분과 그 양도일부터 3년 내에 그들이 양도한 주식 또는 출자지분의 합계액이 종전의 제157조제4항 내지 제6항의 규정에 해당하게 되는 경우 1999년 1월 1일부터 12월 31일까지 양도한 주식 또는 출자지분에 대한 양도소득세의 과세에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
제157조 (토지 등의 범위)
④법 제94조제3호에서 "한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 합계액 중 100분의 5이상에 해당하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다) 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 1이상(유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 주식 등을 포함한다)을 양도하는 경우의 당해 주식 등을 말한다. 이 경우 제158조제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다. 끝.