1. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 주위적 청구를 기각한다.

3....

1. 처분의 경위

가. 원고는 동아대학교를 설치ㆍ운영하는 학교법인이다.

나. 원고는 동아대학교의 구내식당을 직접 경영하면서 위 학교의 학생들과 교직원들에게 음식용역을 공급해왔는데, 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지 부가가치세 신고를 하면서 위 음식용역의 공급을 조세특례제한법 제106조 제1항 제2호에 따른 부가가치세 면제대상으로 신고하였다.

다. 그런데 부산지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 원고가 위 기간 동안 동아대학교의 구내식당에서 학생이 아닌 교직원들에게 제공한 음식용역의 공급(이하 ‘이 사건 쟁점공급’이라 한다)은 조세특례제한법 제106조 제1항 제2호에 따른 부가가치세 면제대상이 되지 않는다고 판단한 다음, 피고에게 원고의 이 사건 쟁점공급에 대하여 부가가치세를 부과할 것을 통보하였다. 라.

그에 따라 피고는 2014. 11. 11. 이 사건 쟁점공급에 관하여 원고에게 별지1 기재와 같이 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 8. 10. ‘원고는 홈텍스에 가입하여 전자고지 이용 등을 선택하였고, 그에 따라 피고는 2014. 11. 13. 이 사건 처분에 관한 납세고지서를 국세정보통신망에 입력하였으므로, 원고는 2014. 11. 13. 위 납세고지서를 전자송달을 받은 것이 된다(국세기본법 제12조 제1항). 그런데 원고는 위 2014. 11. 13.로부터 심판청구 기간인 90일(국세기본법 제68조 제1항)을 경과한 2015. 2. 12.에서야 심판청구를 하였으므로, 원고의 심판청구는 청구기간을 경과한 후에 제기된 것이어서 부적법하다.’고...