1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분 경위

가. 원고는 2000. 5. 22. 설립된 B 주식회사(이하 ‘소외 회사’)의 2001. 9. 14.자 유상증자에 참여해 소외 회사 주식 12,000주(이하 ‘쟁점1주식’)를 취득하고, 2002. 3. 22. 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자로 25,542주(이하 ‘쟁점2주식’)를 취득한 후, 다시 2002. 5. 9. 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 합한 37,542주이 액면분할돼 375,420주를 보유하게 되었으며, 2006. 8. 8. 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상증자로 184,167주(이하 ‘쟁점3주식’)를 취득하여 총 559,587주을 보유하다가 2007. 5.경부터 2007. 11.경까지 488,674주(이하 ‘전체양도주식’)를 양도했다.

나. 원고는 2010. 4. 30. 전체양도주식의 양도에 관해 양도소득세 기한 후 신고를 하고(양도가액 3,051,755,285원, 취득가액 76,437,000원) 양도소득세 415,703,050원을 납부했다.

다. 피고는 2010. 8. 18. 원고의 위 양도소득세 기한 후 신고에 대하여 신고시인결정을 하고 원고에게 양도소득세 고지세액이 없다는 결정내용을 통지했다. 라.

그런데 원고는 전체양도주식이 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’) 제14조에 의하여 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하면서 원고가 양도소득세 기한 후 신고를 하고 납부한 양도소득세 415,703,050원을 환급해야 한다는 취지의 이의신청을 했다.

마. 서울지방국세청장은 원고에게 ‘피고가 2010. 8. 18. 원고에 대하여 한 2007년 과세연도 양도소득세 신고시인 결정통지는, 전체양도주식 중 쟁점1주식은 양도소득세 과세대상이 아니므로 인용하고 나머지 주식들은 양도소득세 과세대상이므로 기각한다’는 취지로 통보를 했다.

바. 그러자 피고는 원고에게 쟁점1주식 양도 부분의 양도소득세 121,134,540원을...