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서울행정법원 2017.10.31 2014구단51121
양도소득세경정거부처분취소
주문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

처분의 경위

2009년 당시 코스닥 상장업체였던 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)는 여수시 E에 있는 제1, 2공장(합성수지류의 가공시 첨가원료가 되는 컴파운드를 생산한다, 이하 ‘제1, 2공장’이라 한다) 및 같은 시 F에 있는 제3공장(플라스틱류에 특수한 기능을 부여하는 원료인 마스터배치를 생산한다. 이하 ‘제3공장’이라 한다)을 포함하여 합성수지 및 플라스틱 등 화학제품을 생산판매하는 사업부문(이하 ‘화학부문’이라 한다)과 완전 자회사인 주식회사 G(이하 ‘G’이라 한다)을 포함하여 신약 물질을 개발하고 그에 관한 라이센스를 등록관리하는 사업부문(이하 ‘신약부문’이라 한다)으로 구성되어 있었고, 원고들은 자신의 명의로 D의 발행주식 합계 845,800주(원고 A 255,800주, 원고 C, B 각 295,000주)를 소유하고 있었다.

원고

A는 2009. 8. 13. H과 사이에 D 주식 255,800주를 1,342,950,00원(주당 5,250원)에 양도하기로 하는 ‘주식 및 경영권 양수도계약’을, 원고 C, B은 2009. 8. 13. I(이하 H과 I를 통칭할 경우 ‘양수인들’이라 한다)와 사이에 D 주식 각 295,000주(이하 원고들이 양도한 주식을 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1,548,750,000원(주당 5,250원)에 양도하기로 하는 ‘주식 및 경영권 양수도계약’을 각 체결하였다.

그 후 원고 A는 반포세무서에 양도소득세 110,715,600원을, 원고 B, C는 강남세무서에 양도소득세 각 127,758,950원을 신고납부하였다.

원고

A는 2013. 5. 8. 피고 반포세무서장에게, H과의 특별약정과 정산합의 등에 따라 주식의 양도가액을 205,721,100원 감액하여 1,137,228,900원(주당 4,446원)으로 변경하였다며 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 과다납부한 양도소득세 18,422,320원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

그러나 피고...

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