1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 코스닥 상장법인인 주식회사 제네시스엔알디(구 주식회사 싸이더스, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)가 2007. 6. 13. 실시한 유상증자(이하 ‘이 사건 유상증자’라 한다)에 제3자 직접배정방식으로 참여하여 522,450주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 주당 1,225원(주당 액면가 500원), 총 640,001,250원에 취득하였다.

한편 이 사건 회사의 기존 주주들은 이 사건 유상증자 과정에서 신주를 배정받지 아니하였다.

나. 서울지방국세청은 이 사건 회사에 대하여 2007년과 2008년의 주식변동을 조사한 결과, 이 사건 회사의 주식 가액을 위 유상증자 후의 종가평균액인 2,704원과 이론적 권리락 가격인 1,611원 중 보다 낮은 1,611원으로 평가하고, 그 평가액인 1,611원과 원고가 취득한 이 사건 주식의 주당 가격인 1,225원의 차액(주당 386원)에 대하여 원고가 제3자 저가 배정을 통하여 201,665,700원(= 522,450주 × 386원)의 이익을 취득했다고 판단한 다음, 원고에 대한 증여세 과세를 결정하고 피고에게 그 과세자료통보를 하였다.

다. 피고는 위 과세자료통보에 따라 2012. 9. 10. 원고에게 증여세 45,543,700원을 부과고지하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013. 4. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2013. 8. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 주식의 평가액과 원고의 이 사건 주식 인수대금의 차액이 이 사건 주식의 평가액의 30% 이상에 해당하지 않는 한 과세할 수 없는데, 이 사건 주식의 평가액(1,611원)과 원고의 이 사건 주식 인수대금(1,225원)의 차액은 386원으로 1,611원의 30%인 483원에 미달한다....