1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 인정사실

가. 원고는 1995. 11. 13. 서울 동대문구 B아파트 제7동 제2층 제3호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다가 이 사건 종전주택이 재건축되어 2002. 12. 20. 서울 중랑구 C아파트 103동 608호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 4. 23. 이 사건 신축주택을 양도하였는데, 이 사건 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세제한특례법’이라 한다) 제99조의3 제1항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

다. 서대문세무서장은 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전날까지 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 금액이 아니라고 보아 2012. 8. 6. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 40,968,540원(가산세 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. 라.

원고는 이 사건 처분에 따른 양도소득세를 납부한 후 이 사건 처분에 불복하여 2012. 11. 2. 이의신청을 하였으나 2012. 12. 4. 서울지방국세청으로부터 기각결정을 받았고, 이에 불복하여 2013. 3. 4. 조세심판을 청구하였으나 2013. 5. 15. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

원고가 위 심판청구 기각결정에 대해 행정소송을 제기하지 않음에 따라 위 결정은 확정되었다.

마. 이 사건 특례조항의 해석이 문제된 관련 소송(대법원 2013두12690)에서, 대법원은 2014. 12. 11. "이 사건 특례조항 전단의 감면대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 '기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의...