1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1983. 12. 27. 서울 강남구 B 토지 지상에 건물(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 신축하였다가 이 사건 종전주택이 재개발되어 다세대주택(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)을 신축하여 2002. 4. 17. 사용승인을 취득한 후 2002. 5. 15. 이 사건 신축주택에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고는 2006. 4. 21. 이 사건 신축주택을 양도하면서 이 사건 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

다. 그런데 피고는 이 사건 신축주택의 보유기간에 대한 양도소득금액만이 감면대상이라고 보아 2012. 4. 19. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 34,894,670원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 양도소득세부과처분’이라 한다). 라.

원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012. 11. 7. 심판청구를 제기하였으나, 위 심판청구는 2013. 1. 31.경 기각되었다.

마. 구 조세특례제한법에 제99조의3 제1항 본문 전단의 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도인 경우에는 기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득과 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없어 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다는 취지의 대법원 판결(2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결, 이하 ‘이 사건 대법원판결’이라 한다)이 선고되자 원고는 피고가 이 사건 양도소득세부과처분 당시 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문 전단을 잘못 해석하여 적용한 위법이 있다는 이유로 2015. 2. 6...