상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조는 제1항 제1호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하는 한편, 제2항 제3호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있다

(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호도 같은 취지이다). 그리고 제17조 제7항의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항은 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제48조에 규정하는 바에 따르도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호 가목 본문은 ‘비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 특수관계가 있는 경우 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’라고 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여 다음과 같은 사실을 인정하였다. 가.

원고와 기아자동차 주식회사는 각종 차량 및 부분품의 제조판매업을 영위하는 회사들로서 현대자동차 기업집단에 속한 계열회사이다.

나. 원고는 2004. 6.경부터 기아자동차 주식회사와 이 사건 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여...