1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 주식회사 브릿지북스코리아(2012. 6. 4. 원고로 변경되었다. 이하 변경 전후를 구분하지 않고 ‘원고’라 한다)는 1999. 3. 9. 브릿지 교육공학연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라 한다)를 구 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 기업부설연구소로 신고하여 1999. 4. 13. 한국산업기술진흥협회장으로부터 인정을 받았다.

나. 서울지방국세청장은 2011. 10. 27.부터 2012. 1. 4.까지 원고의 2006 사업연도부터 2010 사업연도에 대한 법인사업자 통합조사를 한 후, 피고에게 원고가 2004 사업연도부터 2010 사업연도까지 이 사건 연구소에 근무하는 연구요

원 인건비 등이라며 세액공제대상으로 신고한 연구인력개발비 388,326,865원(이하 ‘이 사건 연구인력개발비’라 한다)이 세액공제 요건을 충족하지 못하였고, 2007년부터 2009년까지 A이 실제 근무하지 않았다고 보아 급여 76,126,570원을 손금불산입하라는 취지의 통지를 했다.

다. 이에 피고는 전항과 같은 이유로 아래와 같이 법인세를 경정고지하였다.

일시 사업연도 금액 2012. 2. 6. 2006 사업연도 118,382,408원 2012. 4. 13. 2007 사업연도 242,946,678원 2008 사업연도 86,952,707원 2009 사업연도 58,390,663원 2010 사업연도 86,757,162원 사업연도 최초 경정 중소기업특별세액 A 감액 남은 처분액 2006 사업연도 118,382,408원 -39,415,153원 78,967,255원 2007 사업연도 242,946,678원 -48,380,336원 -17,154,675원 177,411,667원 2008 사업연도 86,952,707원 -17,270,569원 -7,234,465원 62,447,673원 2009 사업연도 58,390,663원 -11,282,344원 -3,056,361원 44,051,958원 2010 사업연도 86,757,162원 -17,351,432원 69,405,730원

라. 그 후 피고는 원고가 구 조세특례제한법 제7조가 정한 중소기업에 대한 특별세액감면대상에 해당하고, A이 2007년부터 2009년까지 원고의 직원으로...