상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제2점에 대하여

구 관세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제1항은 ‘원활한 물자수급 또는 산업의 경쟁력 강화를 위하여 특정물품의 수입을 촉진시킬 필요가 있는경우 등에 해당하는 때에는 100분의 40의 범위 안의 율을 기본세율에서 감하여 관세를 부과할 수 있으며, 필요하다고 인정되는 때에는 그 수량을 제한할 수 있다’고 규정하고, 그 위임에의한 구 관세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조 제3항에서 ‘법 제71조의 규정에 의한 일정 수량의 할당은 당해 수량의 범위 안에서 주무부장관 또는 그 위임을 받은 자의 추천으로 행한다’고 규정하면서, 제4항에서 “제3항의 규정에 의하여 주무부장관 또는 그 위임을 받은 자의 추천을 받은 자는 당해 추천서를 수입신고수리 전까지 세관장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 관세법 제327조 제1항은 ‘세관장은 관세청장이 정하는 바에 의하여 전산처리설비를 이용하여 이 법에 의한 신고등을 하게 할 수 있다’고 규정하면서, 제3항은 ‘제1항의 규정에 의하여 이행된 신고 등은 관세청장이 정하는 전산처리설비에 저장된 때에 세관에 접수된 것으로 본다’고 규정하고 있다.

원심은 그 채용증거에 의하여, ① 대한석유협회는 구 관세법 제71조와 구 관세법 시행령 제92조에 따라 나프타제조용 원유에 관하여 나프타의 생산공급실적이 있는 석유정제업자에게전전월의 나프타 생산판매량의 한도 내에서 당해 월에 할당관세추천을 해 온 사실, ② 원고는2005. 12. 2. 대한석유협회로부터 당해 월에 할당관세추천을 받을 수 있는 수량의 범위 내인650,361.79배럴의 나프타제조용 원유에 대하여 할당관세 추천 신청을 하고, 대한석유협회는2005. 12. 5. 원고가 신청한 대로 할당관세추천서(추천번호 3-252-01-0000333-4호, 수량650,361.79배럴, 유효기간 2005. 12. 26.까지)를 발급하여 이를 피고의 전산통관시스템에 전송․저장하는 방식으로 피고에게 통보한 사실, ③ 그 후 원고는 2005. 12. 9. 싱가포르 소재원유수출회사로부터 위 할당관세추천서상의 수량인 650,361.79배럴의 원유(이하 ‘이 사건 원유’라 한다)를 수입하여 피고에게 EDI(Electronic Data Interchange, 전자서류 전송)방식으로 수입신고(이하 ‘이 사건 수입신고’라 한다)를 한 사실 등을 인정한 다음, 원고는 대한석유협회로부터 이 사건 원유에 대하여 할당관세추천을 받았고, 이 사건 수입신고를 할 때 이미피고의 전산통관시스템에 위 할당관세추천서가 전송․저장되어 있었으므로, 원고가 직접 위 할당관세추천서를 세관장에 제출하지 않았다고 하더라도 이 사건 원유에 관한 구 관세법 시행령제92조 제4항 소정의 할당관세추천서 제출요건은 충족되었다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 할당관세추천서의 제출요건에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제1, 3점에 대하여

구 관세법 제83조 제1항은 ‘제71조 등의 규정에 의한 대통령령 또는 재정경제부령에서 용도에 따라 세율을 다르게 정하는 물품을 세율이 낮은 용도에 사용하고자 하는 자는 대통령령이정하는 바에 의하여 세관장의 승인을 얻어야 한다. 다만 물품의 성질과 형태가 그 용도 외의다른 용도에 사용할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고, 그 위임에 의한 구 관세법 시행령 제97조는 “법 제83조의 규정에 의하여 용도세율의 적용을 받고자 하는 자는 당해 물품의 수입신고를 하는 때부터 당해 수입신고가 수리되기 전까지 그 품명․규격․수량․가격․용도․사용방법 및 사용장소를 기재한 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다. 한편, 구 관세법 제277조 제1항 제2호는 ‘제83조 제1항의 규정에 위반한 자는 200만 원이하의 과태료에 처한다’고 규정하고 있다.

구 관세법 제83조 제1항의 입법취지는 구 관세법 제71조 등의 규정에 의하여 용도에 따라 적용세율이 달라지는 물품에 관하여 세관장으로 하여금 수입신고수리 전에 그 성질, 수량, 용도등을 확인하도록 함으로써 사후에 그 물품이 신고한 용도대로 상용되고 있는지를 효율적으로관리하는 데 있는 점, 구 관세법은 제83조 제1항의 규정을 위반한 경우에 대하여 제71조 등의 적용을 배제하는 규정을 두지 않고 제277조 제1항 제2호에서 과태료에 처하는 가벼운 제재규정만을 두고 있으며, 이로써 구 관세법 제83조 제1항의 입법취지를 달성할 수 있을 것으로 보이는 점, 구 관세법 제83조 제1항의 규정에 위반한 경우가 구 관세법 제71조 등의 적용을 배제하지 않으면 아니 될 정도로 현저히 공익을 침해한 것이라고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 구 관세법 제83조 제1항은 용도세율의 적용을 받고자 하는 자로 하여금 그에 대한 세관장의 사후관리를 위하여 필요한 서류를 제출하도록 하는 협력의무를 부과한 규정에 불과하다고 할 것이므로, 구 관세법제83조 제1항 및 구 관세법 시행령 제97조의 규정에 의한 용도세율적용신청서의 제출이없다고 하더라도 할당관세추천서가 제출되는 등 구 관세법 시행령 제92조제3항, 제4항에서 정한 요건을 갖춘 경우에는 그에 관한 용도세율의 적용을 받을 수 있다고해석함이 타당하다.

원심은 그 채용증거에 의하여, 원고는 이 사건 수입신고를 하면서 대한석유협회로부터 나프타제조용 원유에 대한 할당관세추천을 받고서도 그 할당관세율인 0%를 적용하지 아니하고 나프타제조용 외의 원유에 대한 할당관세율인 1%를 적용하여 관세와 부가가치세를 신고․납부한사실, 원고는 2006. 8. 22. 이 사건 원유에 대하여 나프타제조용 원유의 할당관세율인 0%를적용하여야 한다는 이유로 당초 신고한 관세 363,484,840원과 부가가치세 36,348,480원에 대한 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 9. 4. 이 사건 수입신고수리 전까지 용도세율 적용신청서가 제출되지 아니하였다는 이유로 원고의경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실등을 인정한 다음, 구 관세법 제83조 제1항의 입법취지 등에 비추어 원고가 이 사건 원유에 대하여 용도세율 적용신청서를 제출하여야만 나프타제조용 원유의 할당관세율 0%를 적용받을수 있는 것은 아니므로, 원고가 이 사건 수입신고시 나프타제조용 원유의 할당관세율 0%를적용받을 수 있는 요건을 구비한 이상 그 할당관세율을 잘못 적용함에 따른 관세와 부가가치세의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 부적법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당한 것으로 수긍할수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 용도세율의 적용요건에 관한 법리오해 등의 위법이없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.