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[청구번호]
조심 2019서4295 (2020.09.03)
[세 목]
양도
[결정유형]
경정
[결정요지]
양도당시 기준시가를 산정함에 있어 쟁점부동산의 지하 0층∼지상 0층이 양도당시 주택으로 사용되었다는 점에 양측이 다툼이 없는 점, 쟁점부동산은 공동주택가격이 없는 공동주택에 해당하므로 양도 당시 기준시가는 「소득세법」제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 양도당시 기준시가를 산정한 후 이에 따라 양도가액을 안분하는 것이 법령상 타당해 보이는 점, 처분청이 쟁점부동산 지하 0층∼지상 0층의 양도당시 기준시가를 일반건물과 개별공시지가를 이용하여 산정함에 따라 동일하게 주택으로 사용되고 있음에도 지상 0∼0층의 기준시가(000원, 00원/㎡)에 비해 지하 0층∼지상 0층의 기준시가(000원, 00원)가 과다하게 산정된 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도 당시 기준시가를 「소득세법」제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 산정한 후, 이에 따라 각 자산별 실지양도가액을 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[관련법령]
[참조결정]
조심2012서5186 / 조심2018서1798 / 조심2012서3074 / 조심2013중0380
[주 문]
OOO세무서장이 2019.4.17. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은, OOO소재 부동산의 양도 당시 기준시가를 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 산정한 후, 이에 따라 각 자산별 실지양도가액을 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 1989.11.29. OOO과 공동으로 OOO대지에 근린생활시설 및 주택[지하 1층～지상 2층 근린생활시설(435.42㎡), 지상 3～4층 주택(269.76㎡)으로 이하 “쟁점부동산”이라 한다]을 신축하였고, 2013.11.13. 쟁점부동산의 청구인 지분(1/2)을 OOO소유의 OOO소재 부동산과 교환하였으며, 2013.12.24. 쟁점부동산 전체를 실제 주거용으로 사용한 단독주택으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 양도가액 OOO초과하는 분에 대해 2013년 귀속 양도소득세 OOO신고․납부하였다.
나. 처분청은 쟁점부동산이 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 따른 다가구주택 요건을 미충족하여 1세대1주택 비과세가 적용되는 다가구주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점부동산의 4층 주택 및 그 부수토지만 1세대1주택으로 비과세를 적용하여 2019.4.17. 청구인에게 ＜표1＞과 같이 2013년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하였다.
＜표1＞ 양도소득세 신고 및 경정내역
(단위 : 원)
다. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.5. 이의신청을 거쳐 2019.10.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점부동산은 단독주택으로 「소득세법」 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조 제1항 규정의 고가주택 양도차익 산정방법에 따라 신고절차를 이행하는 것이 일반적인 국세행정의 관행이었으므로 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 보아 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 처분이다.
(가) 쟁점부동산은 1989년 11월 신축된 1동의 주택으로 4층은 청구인이 거주하고, 지하 1층부터 지상 3층까지의 주택은 신축일로부터 양도일까지 24년간 장기임대주택으로 사용한 구분등기되지 아니한 단독주택이다.
(나) ‘다가구주택’인 단독주택은 1999.4.30. 개정된「건축법 시행령」(1999.4.30. 대통령령 제16284호로 개정된 것) 별표1 건축물의 종류 중 다가구주택 규정의 신설로 1999.5.9. 이후 신축된 주택에 대하여 적용되는 것인바, 쟁점부동산은 1999.5.9. 위 다가구주택 구분의 규정이 신설되기 이전인 1989년 신축된 건물로서 다가구용 단독주택에 해당하지 않는다.
(다) OOO구청은 쟁점부동산에 대해 신축일로부터 양도일까지 1채의 단독주택에 대한 재산세를 부과하였고, 청구인은 다가구주택 또는 다세대 공동주택에 대한 재산세를 부담한 사실이 없으며, 2005년부터 양도일까지 쟁점부동산에 대해 개별주택가격이 공시되고 있다.
(라) 청구인이 양도소득세를 신고(2013년 12월)하기 이전에는 쟁점부동산과 동일한 부동산에 대해 다세대 공동주택으로 보아 과세한 사실이 없는 점을 보면 단독주택으로 보는 관행이 납세자들에게 이의없이 받아들여지고, 납세자가 그 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 볼 수 있다. 따라서 고가 단독주택에 의한 양도차익 신고방법은 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행이 인정된다 할 것이므로 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙에 반하는 처분이다.
(2) 쟁점부동산은 신축일부터 양도일까지 24년간 장기임대주택으로 사용된 주택이므로 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조에 따른 양도소득세 감면을 적용해야 한다.
(가) 조특법 제97조 제1항 제1호에는 “1986.1.1.부터 2000.12.31.까지 기간 중 신축된 주택”으로서 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.
(나) 처분청은 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 판단하였는데, 쟁점부동산은 비과세대상인 4층 주택을 제외하고, 지하 1층과 지상 3층까지 각 층의 호별 규모는 85㎡의 국민주택에 해당하며, 신축일(1989년 11월)로부터 양도일(2013년 11월)까지 24년간 장기임대주택으로 사용되어 위 조특법상 감면요건을 충족하는바, 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당하다.
(다) 청구인은 정부의 주택건설경기 활성화와 임대주택 공급 촉진정책에 부응하기 위해 다세대 공동주택 형태의 쟁점부동산을 1989년 11월경 신축하였으나, 당시 주택 주변상황의 여건으로 인해 임대가 원만히 이루어지지 아니하여 1990년 3월경 임대를 개시하고, 1992년 모든 임차인이 입주함으로서 5호 이상 임대가 완료되었다. OOO고객종합정보에 의하면 1990년부터 1992년까지 쟁점부동산에 대한 임대가 개시된 사실이 확인된다.
(라) 처분청은 신축 당시 건축물의 용도가 주택인 경우만을 의미하는 것일 뿐, 사실상 주거용으로 사용되고 있는 건축물을 포함하는 것으로 해석할 수 없다는 의견이나, 쟁점부동산은 신축일 이후 용도를 주택으로 변경한 것이 아니고, 처음 신축 당시부터 다세대 공동주택으로 신축된 주택으로서 위법 건축물에 해당하지 않으며, 다세대 주택의 건축물의 현황이 근린생활시설로 변경된 사실이 없는 건축물이다.
또한 처분청은 청구인이 2001.5.15. 간이과세자로 사업자등록을 한 사실을 들어 주택임대 사실을 부인하고 있으나, 간이과세자로 사업자등록한 것은 지하 1층 창고(10.4㎡)에 대한 것으로 신축 당시부터 청구인이 사무실로 사용하던 것을 처분청이 2001년 직권등록한 것이고, 2011년 폐업처리 되었다. 해당 기간 동안 부가가치세를 신고한 것은 임대수입에 대한 것이 아니라 사무실로 사용한 과세기간에 대한 수입 신고를 추계로 신고한 것에 불과하다.
(마) 나아가 백번 양보하더라도 쟁점부동산의 3층(5세대)은 공부상으로나 실제 사용상으로나 다세대 공동주택으로서 23년간 장기임대주택으로 사용하고 있음이 입증되므로, 해당 부분이 조특법 제97조에 따른 장기임대주택의 양도소득세 감면대상임은 분명하다.
(3) 처분청은 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 보아 과세하였음에도 과세표준(양도가액 및 환산취득가액)을 안분하는 기준시가로 지하 1층∼지상 2층은 일반건물의 기준시가를, 지상 3층∼4층은 개별주택가격을 적용하여 안분하였는바, 양도차익이 과다하게 산정되어 청구인의 재산권이 부당히 침해되었으므로 쟁점부동산에 대한 2005년 및 2013년도 공동주택가격을 재조사한 후 이에 따라 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다.
(가) 처분청은 쟁점부동산의 양도차익 계산시 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 안분하였는데, 그 기준시가를 3∼4층 주택은 개별주택가격( 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목, 쟁점부동산 3∼4층은 개별주택가격이 공시됨)으로, 나머지 층수는 일반건물의 기준시가(「소득세법」 세99조 제1항 제1호 가목 및 나목)로 산정하였다.
(나) 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항 제2호에 따르면 공동주택 가격이 없는 경우 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하여야 하고, 쟁점부동산은 3∼4층만 개별주택가격이 공시되며, 쟁점부동산 전체에 대한 공동주택가격은 최초공시연도인 2005년부터 양도일자까지 공시되지 아니하였다.
따라서 처분청은 쟁점부동산 양도시점(2013년) 및 최초 고시시점(2005년)의 쟁점부동산의 공동주택가격을 조사하여 이를 근거하여 쟁점부동산에 대한 양도차익을 계산하여야 함에도 이에 대한 절차를 수행하지 아니한 채, 위와 같이 일반건물의 기준시가와 개별주택가격을 기준시가로 적용하고 양도차익을 안분함으로써 과세대상 공동주택에 대한 양도차익을 과다하게 산정하여 청구인의 재산권이 부당히 침해되었다.
1) 예를 들어 동대문 장안구 소재의 다세대 공동주택의 경우 2013년 지하 층의 주택가격이 지상 4층의 주택가격보다 73.97% 낮은데 반하여, 처분청은 4층의 공동주택의 기준시가보다 지하층의 기준시가를 높게 산정하였고, 지하 1층∼지상 2층의 기준시가 또한 지상 3∼4층의 기준시가 보다 높게 산정하였다.
한편 지하 창고(10.4㎡) 및 1층 창고(2㎡)는 4층 비과세 주택에 부속된 창고로서 비과세 대상으로 구분되어야 함에도 과세대상에 포함하여 과세대상 과세표준을 과다계상하였다.
2) 처분청은 2013년 쟁점부동산의 공동주택가격을 조사한 후, 쟁점부동산의 양도가액 OOO비과세대상(4층)과 과세대상(그 외층)의 공동주택가격 비율로 안분하여 양도가액을 재산정해야 한다.
또한 처분청은 쟁점부동산의 환산취득가액 산정시, 양도 당시 기준시가는 위 재조사한 2013년 공동주택가격으로, 취득 당시 기준시가는 2005년 공동주택가격을 재산정한 후, 1989년 취득 당시로 환산한 기준시가를 이용하여 환산취득가액을 재산정해야 한다.
(4) 이 건 양도소득세를 신고·납부할 수 없었던 정당한 사유가 있었으므로 신고 및 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.
(가) 청구인은 쟁점부동산을 양도할 당시 쟁점부동산의 3∼4층을 공시된 개별주택가격, 그 외 층은 일반건물의 기준시가를 적용하여 양도가액 OOO양도차익 OOO대해 양도차익을 기한내 예정신고하였으므로 신고불성실가산세를 적용하는 것은 부당하다.
(나) 나아가 쟁점부동산을 양도할 당시 쟁점부동산에 대한 공동주택가격이 공시되지 아니하여 과세대상 주택에 대한 양도가액 안분 및 환산 취득가액, 양도차익을 계산할 수 없는 사유가 명백히 확인되고, 공동주택가격에 대한 조사 결정에 관한 권한은 처분청에 있는 점 등을 종합하면 이 건 2013년 양도소득세 신고·납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다 할 것이다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점부동산은 단독주택으로 보는 다가구주택의 요건을 충족하지 못하여 사실상의 다세대 공동주택에 해당하므로 청구인이 주장하는 고가주택 양도소득금액 계산을 적용할 여지가 없고, 과세관청은 요건을 충족하지 못한 다가구주택에 대해 지속적으로 과세를 하고 있는 바, 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행으로 볼 수 있다는 청구주장은 타당하지 않다.
(가) 「건축법」 제2조에 따라 주택은 단독주택과 공동주택으로 구분되고, 다가구주택은 용도별 건축물의 종류상 단독주택으로 분류되나, 다가구주택 요건을 미충족하는 경우 호별로 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.
(나) 실제로 청구인은 2011.9.16. 쟁점부동산을 사업장으로 하는 주택임대업의 사업자등록을 한 사실이 있고, 제출된 전입세대 열람내역에서도 쟁점부동산 전체가 주택으로 사용되었다는 사실은 처분청과 청구인간 다툼이 없다. 이에 처분청은 주택으로 쓰는 층수가 3개층을 초과하여 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 보아 쟁점부동산 1가구의 주택부분인 4층에 대해서만 양도소득세를 비과세하고, 나머지 주택부분을 양도소득세 과세대상으로 보아 양도소득금액을 계산하였다.
(다) 처분청을 비롯한 모든 과세관청은 쟁점부동산과 동일하게 다가구주택 요건을 충족하지 못하였음에도 양도소득세 신고시 비과세를 적용하여 양도소득세를 탈루한 건에 대해 지속적으로 과세(조심 2012서5186, 2013.3.21. 외 다수)를 하고 있는 바, 쟁점부동산을 단독주택의 양도로 보아 비과세를 적용받는 것이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세 행정의 관행으로 볼 수 있다는 청구주장은 타당하지 않다.
(2) 쟁점부동산은 1989년 근린생활시설로 신축하여 주택용도로 임대한 경우에 해당하고, 2000.12.31. 이전에 임대를 개시한 사실을 확인할 수 없으므로 조특법 제97조 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않는다.
(가) 조특법 제97조 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 받기 위해서는 ① 거주자일 것, ② 국민주택규모일 것, ③ 1986.1.1.∼2000.12.31 기간 중 신축된 주택일 것, ④ 2000.12.31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하여 5년 이상 임대할 것을 감면요건으로 하고 있으나, 쟁점부동산은 위 요건 중 ③ 및 ④를 충족한다고 볼 수 없다.
(나) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하고 있는바, 신축주택은 신축당시를 기준으로 건축물의 용도가 주택인 경우만을 의미하는 것일 뿐, 그 용도가 사실상 주거용으로 사용되고 있는 건축물을 포함하는 것으로 해석할 수 없다(부동산거래관리과-269, 2011.03.24., 대법원 2008.2.14. 선고 2007두21242, 판결). 따라서 쟁점부동산은 신축 당시 지하 1층∼2층은 근린생활시설 용도로 구분되어 있는 바, 주택용도로 임대하였다 할지라도 감면대상이 아니다.
(다) 장기임대주택의 임대기간 판단은 임대차 계약서 및 임차인의 주민등록표등본 등으로 판단하는 것이나, 임차인이 해당 소재지에 주민등록을 하지 않거나 주민등록등본등을 제출하지 않아 실제로 청구인이 2000.12.31 이전에 임대를 개시하였다는 것을 확인할 수 없고, 특히, 청구인은 2001.5.15 쟁점부동산을 비거주용 임대사업으로 하는 간이과세 임대사업자 등록(2008.1.1. 일반과세자로 유형변환)을 하여 부가가치세 신고를 한 사실이 있다.
(라) 나아가 청구인은 쟁점①에서는 ‘쟁점부동산을 공동주택이 아닌 단독주택으로 보아야 한다’라 하는 반면, 쟁점②에서는 ‘5호 이상 임대를 한 공동주택으로 보아 감면대상이다’라 주장하는 등 청구내용이 일관성이 없다.
(3) 쟁점부동산은 공부상 주택과 주택 외의 부분으로 구성된 겸영건물이므로 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 규정에 따른 개별주택가격을, 주택이외의 건물과 부수토지에 대하여는 같은 호 가목 및 나목에서 규정하는 기준시가를 적용하여 안분계산하여야 한다.
(가) 쟁점부동산은 신축시점부터 양도시점까지 근린생활시설과 주택이 복합되어 있는 하나의 건물로 지하 1층은 대중음식점으로, 1층과 2층은 사무실로 허가를 받아 신축 및 사용승인되었고, 이후 쟁점부동산을 공부상 다세대주택으로 용도변경한 사실이 없이 근린생활시설을 주택으로 이용하다 양도하였다.
(나) 「소득세법」 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가를 감안하여 안분하는 것이고, 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 규정에 따른 개별주택가격을, 주택이외의 건물과 부수토지에 대하여는 같은 호 가목 및 나목에서 규정하는 기준시가를 적용하여 안분계산하여야 한다.
따라서 처분청은 주택과 주택외의 부분으로 구성된 겸용건물에 대해 양도가액은 위와 같이 개별주택가격과 일반건물의 기준시가로 안분하였고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득 당시의 기준시가는 「소득세법 시행령」 제164조 제7항에 의하여 계산한 가액으로, 주택 외의 부분의 토지 건물의 취득 당시의 기준시가는 「소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 및 나목을 적용하여 정당하게 계산하였다.
(다) 「소득세법 시행령」 제155조 제15항의 규정은 1세대 주택 비과세에 관한 규정으로 해당 조문에서 정한 다가구주택의 요건을 충족하지 못하여 그 전체를 단독주택이 아닌 다세대 공동주택으로 보았다고 하여, 과세대상 양도차익을 계산할 때 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 취급하는 것은 아니고, 쟁점부동산은 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 하나의 건물로 보아야 한다(수원지방법원 2019.8.23. 선고 2018구단7864 판결).
(라) 청구인은 「소득세법」 제99조 제1항 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에서 “개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 경우”란 「주택법」상 개별주택 및 공동주택으로 공시대상임에도 공시가 안된 경우를 말하는 것으로 「소득세법」상 공부와 다르게 건물의 실질 사용용도를 가려 상가가 아닌 주택으로 보는 건물분(주택)까지도 해당 조문을 적용하라는 것은 아니다.
(마) 청구인은 이 건에서 적용되어야 할 법 규정을 무시한 채 쟁점부동산과는 전혀 유사성이 없는 소재의 건물OOO과의 단순 비교를 통해 과세표준 재산정을 요구하는 한편, 정당한 과세표준 금액 또한 제시하지 못하고 있다. 따라서 과세표준이 과다하게 산정되었다는 것은 청구인의 일방적인 주장일 뿐이므로 처분청은 과세표준 재조사 결정 요구를 수용하기 어렵다.
(바) 청구인은 지하 1층 및 1층의 창고가 4층 주택의 부속건축물이라고 주장하나, 해당 창고가 오로지 비과세 대상 주택을 위한 부속 건축물로 쓰였다고 볼 만한 객관적인 증빙의 제시가 없다.
(4) 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다.
(가) 쟁점부동산은 국토교통부장관이 2005.4.30. 이후로 현재까지 개별주택가격을 산정·공시하고 있고, 쟁점③과 마찬가지로 쟁점부동산의 양도소득금액 산정은 「소득세법 시행령」 제164조 제11항에 따라 납세지관할세무서장이 평가한 가액이 아닌, 「소득세법 시행령」 제164조 제7항 및 「소득세법」 제99조제1항 제1호 가목 및 나목을 적용하므로 양도신고 시점에 양도소득 과세표준 산출이 가능하다.
(나) 쟁점부동산 양도소득세 신고시, 청구인은 세무전문가인 세무대리인을 통해서 양도소득세 신고납부 의무가 이행되었고, 가산세는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니한다.
또한 청구인이 주장하는 “처분청의 공동주택가격 미결정”이 이 건 신고·납부의무를 미이행한 정당한 사유라고 보기도 어렵고, 납부불성실가산세는 세법상의 신고기한까지 납부되지 않은 금액에 대한 이자 성격도 포함되어 있는 점 등을 종합해보면 신고불성실가산세 및 납부불성실 가산세 부과는 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점부동산을 다세대 공동주택으로 보아 과세하는 것은 국세행정의 관행에 반하는 것으로 소급과세금지의 원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부
② 쟁점부동산의 지하 1층∼지상 3층은 장기임대주택에 해당하므로 「조세특례제한법」 제97조의 양도소득세 감면을 적용해야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점부동산의 기준시가 산정에 오류가 있으므로 이를 재조사하여야 한다는 청구주장의 당부
④ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등의 공부상 확인되는 내용은 다음과 같다.
(가) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 및 건축물대장에 의하면, 쟁점부동산의 지하 1층부터 지상 2층은 근린생활시설(대중음식점, 사무실)로, 지상 3층부터 4층은 주택으로 되어 있으며, 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 각 부분이 구분등기가 되지는 아니한다.
(나) 쟁점부동산의 건축물대장에 나타나는 각 층별 용도, 면적 및 변동사항은 ＜표2＞와 같고, 사용승인일은 1989.11.29.이며 이후 근린생활시설이 공부상 주택으로 변경된 사실은 없다.
＜표2＞ 각 층별 용도, 면적 및 변동사항
(다) 양도 당시 쟁점부동산 전체 층을 주거용으로 사용하고 있었다는 사실에 대해 양측의 다툼은 없는바, 쟁점부동산은 주택으로 쓰는 층수가 3개층을 초과하여 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목의 다가구주택의 요건을 충족하지 아니한다.
(2) 쟁점부동산의 임대와 관련된 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구인은 쟁점부동산을 1989년 신축하여 1992년부터 지하 1층∼3층까지 전 호실을 임대하였다며 OOO고객종합정보 내역 21매를 제출하였는데, 해당 자료에 의하면 쟁점부동산 지하 1층 4호, 1층 4호, 2층 5호, 3층 5호, 4층 1호, 5층 1호 합계 20호는 주택용전력으로 구분되어 있고(주택공용분은 일반용 전력으로 구분), 1990년 혹은 1992년 최초로 공급된 것으로 나타나나, 1990년 이후 지속적으로 계속 공급된 것인지 여부는 확인되지 아니한다.
(나) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인은 2001.5.15. 비거주용 임대사업을 업종으로 하여 간이과세 임대사업자등록(2008.1.1. 일반과세자로 유형전환)을 하였다가 2011.9.16. 폐업하였고, 2011.9.16. 주택임대업을 업종으로 하여 면세 사업자등록을 하였다가 2013.10.23. 폐업한 것으로 나타난다.
＜표3＞ 청구인의 사업자등록 내역
＜표4＞ 부가가치세 신고 현황
(단위 : 원)
(다) 처분청이 제출한 전입세대 열람원에 의하면 ＜표5＞와 같이 2005년 이후 전입한 이력이 나타난다.
＜표5＞ 쟁점부동산 전입세대 열람원 내역
(3) 쟁점부동산에 대한 처분청의 양도차익 계산내역과 이에 대한 청구인의 주장은 다음과 같다.
(가) 처분청은 쟁점부동산을 다세대주택으로 보아 4층 주택(1호)과 부수토지를 비과세하고, 그 외는 과세대상으로 구분하면서 양도가액은 교환계약서상 쟁점부동산 1/2지분의 양도가액 OOO하였으며, 취득가액은 환산취득가액으로 적용하였다.
(나) 처분청은 양도가액을 3층∼4층은 개별주택가격OOO으로 산정한 후 면적별로 안분하였고, 그 외 층수는 일반건물의 기준시가OOO와 개별공시지가OOO를 산정하여 안분하였다.
(다) 또한 환산취득가액(양도가액×양도당시 기준시가/취득당시 기준시가)은 안분된 위 양도가액을 양도당시 기준시가와 취득당시 기준시가로 산정하였는데, 취득당시 기준시가는 3∼4층은 2005.4.30. 최초 공시된 개별주택가격OOO취득 및 최초 공시 당시 일반건물의 기준시가로 환산(환산취득가액 OOO)한 후 면적별로 안분하였고, 그 외 층수는 취득당시 일반건물의 기준시가OOO개별공시지가OOO산정하여 안분하였다.
＜표6＞ 처분청의 양도차익 계산내역
(단위 : ㎡, 원)
(라) 청구인은 쟁점부동산이 취득당시 및 양도당시 모두 주택으로 사용되었고, 공동주택가격이 없는 공동주택에 해당하므로 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 산정한 공동주택가격을 기준시가로 하여 과세소득을 안분하여야 한다고 주장하며, 서울특별시 동대문구 장안동 소재의 다세대 공동주택의 공동주택 공시가격 및 쟁점부동산의 감정평가서를 제출하였다.
1) ＜표7＞ 장안동 다세대 공동주택 공시가격
(단위 : 천원)
2) 청구인이 제출한 감정평가서는 2013.11.1.을 기준시점으로 하여 2020.3.19. 작성된 것으로 쟁점부동산을 OOO으로 평가한 것으로 나타난다.
＜표8＞ 쟁점부동산 감정평가서
(단위 : 원)
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
청구인은 쟁점부동산을 단독주택으로 보아 과세하는 것이 일반적인 관행이었으므로 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장하나, 쟁점부동산은 주택으로 사용하는 층수가 3개층을 초과하여 「건축법 시행령」 별표1 제1호에서 규정한 다가구주택의 요건을 충족하지 못하므로 쟁점부동산을 하나의 매매단위로 하여 양도하였다 하더라도 「소득세법 시행령」 제155조 제15항 단서에 따라 1세대1주택의 특례를 적용할 수 없고, 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 1세대1주택 비과세 여부를 판단함이 타당한 점, 처분청이 다가구주택의 요건을 만족하지 아니하는 다세대 공동주택을 단독주택으로 보아 과세한다는 공적인 견해표명을 하였다거나 그와 같은 내용의 세법해석이나 국세행정의 관행이 성립되었다고 보기 어려운 점(조심 2018서1798, 2019.6.28. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.
청구인은 쟁점부동산의 지하 1층∼지상 3층은 장기임대주택에 해당하므로 조특법 제97조의 양도소득세 감면을 적용해야 한다고 주장하나, 조특법 제97조 제1항의 규정에 의하면 양도소득세 감면의 범위를 신축주택으로 명시하고 있고, 해당조항의 감면취지가 소형임대주택을 증가시키는 목적 이외에 주택 신축을 촉진하려는 목적도 있는 것을 감안하면 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지 신축된 주택에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 엄격해석의 원칙에 부합해 보이는 바(조심 2013중380, 2013.5.27. 같은 뜻임), 쟁점부동산은 건축물대장상 1989.11.29. 지하 1층∼지상 2층은 근린생활시설로, 지상 3층∼4층은 주택으로 각각 사용승인된 건물로서 신축 당시부터 지하 1층∼지상 2층이 주택으로 신축되었다고 보기 어려운 점, 청구인은 2001.5.15. 쟁점부동산을 사업장으로 하여 비거주용 임대사업자등록을 하였다가2011.9.16.에서야 주택임대업으로 면세사업자등록을 한 점, 처분청이 제출한 전입세대 열람원에 따르면 2005년 이전 쟁점부동산에 전입한 임차인이 확인되지 아니하고, 달리 임대차계약서 등 주택임대현황을 확인할 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기도 어려운 것으로 판단된다.
(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.
청구인은 쟁점부동산의 기준시가 산정에 오류가 있으므로 이를 재조사하여야 한다고 주장하나, 앞서 살펴본바와 같이 쟁점부동산은 1989년 주택과 근린생활시설로 신축되었고, 지하 1층∼지상 2층은 취득 당시부터 주택으로 사용되었다고 인정하기 어려우므로 쟁점부동산의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 지하 1층∼지상 2층은 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목에 따라 일반건물의 기준시가와 개별공시지가를 적용하고, 지상 3층∼4층은 「소득세법 시행령」 제164조 제7항에 따라 산정한 개별주택가격을 적용하는 데에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
다만 양도당시 기준시가를 산정함에 있어 쟁점부동산의 지하 1층∼지상 2층이 양도당시 주택으로 사용되었다는 점에 양측의 다툼이 없는 점, 쟁점부동산은 공동주택가격이 없는 공동주택에 해당하므로 양도당시 기준시가는 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 양도당시 기준시가를 산정한 후 이에 따라 양도가액을 안분하는 것이 법령상 타당해 보이는 점(조심 2012서3074, 2013.2.26. 같은 뜻임), 처분청이 쟁점부동산 지하 1층∼지상 2층의 양도당시 기준시가를 일반건물과 개별공시지가를 이용하여 산정함에 따라 동일하게 주택으로 사용되고 있음에도 지상 3∼4층의 기준시가OOO에 비해 지하1층∼지상 2층의 기준시가OOO가 과다하게 산정된 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도 당시 기준시가를 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 라목 및 같은 법 시행령 제164조 제11항에 따라 산정한 후, 이에 따라 각 자산별 실지양도가액을 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살펴본다.
청구인은 양도소득세를 기한내 예정신고하였고, 공동주택가격이 공시되지 아니하여 양도차익을 계산할 수 없었으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 쟁점부동산은 다가구주택의 요건을 충족하지 못하여 그 전체를 하나의 주택으로 볼 수 없고, 공동주택으로 과세함이 타당한바, 쟁점부동산을 단독주택으로 보아 이 건 양도소득세를 과소신고·납부한 것에 대해 가산세를 부과하는 데에 달리 잘못이 없어 보이는 점, 설령 쟁점부동산의 기준시가를 산정함에 있어 공동주택가격이 적용되어야 한다고 하더라도 청구인의 당초 양도소득세 신고방법에 비추어 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령 등
제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.
1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물
가. 토지
「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
나. 건물
건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
다. 오피스텔 및 상업용 건물
건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
라. 주택
「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.
③ 다음 각 호의 기준시가 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 제1항에 따라 산정한 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가가 같은 경우 양도 당시의 기준시가
2. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 개별공시지가, 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시 또는 고시되기 전에 취득한 토지 및 주택의 취득 당시의 기준시가
3. 제1항 제1호 나목에 따른 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득 당시의 기준시가
100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
제154조【1세대1주택의 범위】①법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.
③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.
④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.
제155조【1세대1주택의 특례】⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.
제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】①법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익