피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 처분을 모두 취소한다.

소송비용은 피고가 부담한다.

처분의 경위

가. 원고는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」에 따라 화학소재, 신약, 융합화학 등 화학기술 분야의 연구개발과 그 성과 보급 등을 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 원고는 2006년부터 2010년까지 원고의 국가연구개발결과물을 사용ㆍ생산 등의 방법으로 실시하고자 하는 자로부터 지급받은 기술료 중 일부를 그 발명에 기여한 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 원고의 내부 규정인 직무발명관리요령 제4조 및 제17조 제1항에 근거하여 실시보상금(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다) 명목으로 지급하면서, 위 보상금이 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세소득인 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당한다고 보아 소득세를 원천징수하지 아니하였다. 다. 그런데 감사원은, 비영리기관이 연구개발결과물을 기업체 등에게 실시를 허용하는 대가로 기술료를 징수하여 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득에 해당한다고 판단하여, 2011. 8.경 피고에게 이 사건 보상금에 대한 소득세 등을 징수하도록 통보하였다. 라. 이에 피고는 2012. 2. 29. 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 재직자에 대한 근로소득세 합계 626,359,670원, 퇴직자에 대한 기타소득세 합계 2,851,790원, 법인세(지급명세서 미제출에 따른 가산세) 합계 51,568,460원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다

). 마. 이에 불복하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2012. 9. 14. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번포 포함 의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건...