1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

청구취지 :...

1. 처분의 경위

가. 원고는 ‘과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률’에 따라 방송ㆍ통신, 미디어분야 연구개발, SWㆍ콘텐츠, IT분야 등 과학기술분야의 연구를 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 원고는 2006년부터 2010년까지 소속 연구원이 위 각 사업에 따른 직무를 수행하는 과정에서 특허권 등의 연구개발결과물을 발명한 경우 이를 승계한 후 그 연구개발결과물을 사용ㆍ생산 등의 방법으로 실시하고자 하는 기업체 등과 실시계약을 체결하고 그 대가로 지급받은 기술료 중 일부를 그 출원서나 특허공보에 발명자로 등록된 연구자인 직원 또는 퇴직자에게 원고의 내부규정인 지적재산권관리요령 제16조 및 제17조 제1호에 따라 실시보상금(이하 ‘이 사건 보상금’이라 한다) 명목으로 지급하면서 이 사건 보상금이 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세소득인 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당하는 것으로 보고 그에 대하여는 소득세를 원천징수하지 아니하였다. 다. 그런데 감사원은 2011. 8.경 국세청장에게 원고와 같은 비영리기관이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시하는 대가로 기술료를 징수하여 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득인 근로소득에 해당한다는 사유로 이 사건 보상금에 대한 소득세 등을 징수하도록 통보하였다. 라. 이에 피고는 2011. 9. 27. 및 같은 해 10. 1. 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 재직자에 대한 근로소득세 합계 9,920,538,620원과 퇴직자에 대한 기타소득세 합계 151,408,810원 및 법인세(지급명세서 미제출에 따른 가산세 합계 476,513,530원을...