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의료법인의 토지취득이 고유목적사업 지출 해당 여부
조세심판원 질의회신 | 2009-04-23 | 법인세과-498 | 법인
문서번호

법인세과-498 (2009.04.24)

세목

법인

요 지

병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것임

회 신

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것이며, 병원 건물의 건축공사에 착공하기 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시점에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임

본문

[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

-의료법인이 토지 2필지를 취득하였으며, 취득한 토지 중 기존 병원부지와 인접된 토지는 병원 건물을 증축할 예정이고,

-병원 앞 도로 건너편의 토지는 주차장으로 활용할 계획이나, 은행 대출을 받지 못하여 현재까지 건설 착공을 못한 상태임

나. 질의요지

(질의1)

-의료법인이 주차장으로 사용 할 토지를 취득한 경우 고유목적사업에지출한 금액으로 볼 수 있는 지

- 고유목적사업에 지출한 금액으로 볼 경우 의료발전준비금을 환입하는 시기

(질의2)

-병원 건물을 증축할 목적으로 취득한 토지 일부가 비사업용토지에해당될 경우에도 고유목적사업에 지출한 금액으로 볼 수 있는 지

(질의3)

-업무무관자산의 유예규정에 따라토지 취득일부터5년이내 건물을증축하여 준공 할 경우 고유목적사업에 지출한 금액으로 볼 수 있는 지

- 부득이한 사정으로 5년이 경과한 후에 증축건물을 준공 할 경우에도 고유목적사업에 지출한 금액으로 볼 수 있는 지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○법인세법시행령제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정)

2. 생 략

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액(2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○법인세법시행규칙제29조의 2 【의료기기 등의 범위】

①영 제56조 제6항 제3호에서 “의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다. (2008. 3. 31. 직제개정)

1. 병원 건물 및 부속토지 (2001. 3. 28. 신설)

2.「의료기기법」에 따른 의료기기 (2007. 3. 30. 개정)

3.「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 (2007. 3. 30. 신설)

○법인세법제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

○법인세법시행령제92조의 3 【비사업용 토지의 기간기준】

법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1.토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는기간 (2005. 12. 31. 신설)

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

가.토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

3.토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는기간 (2005. 12. 31. 신설)

가.토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

법인세법시행령 제92조의 11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의 2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. (2005. 12. 31. 신설)

1.~ 2. 생략

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 기간 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

○법인세법시행규칙제46조의 2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

①영 제92조의 11 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의 2 제2항각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. (2005. 12. 31. 신설)

1.~ 4. 생략

5.지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서제출일을 기준으로 한다)한 토지 :당해 토지의 취득일부터 2년및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)(2005. 12. 31. 신설)

주차장법 제19조 【부설주차장의 설치】

① 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역ㆍ제2종지구단위계획구역 및 지방자치단체의 조례가 정하는 관리지역안에서건축물ㆍ골프연습장 기타 주차수요를 유발하는 시설(이하 “시설물”이라 한다)을 건축 또는 설치하고자 하는 자는 당해 시설물의 내부 또는 그 부지안에 부설주차장(화물의 하역 기타 사업수행을 위한 주차장을 포함한다. 이하 같다)을 설치하여야 한다.(2002. 2. 4. 개정 ; 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 부칙)

② ~ ③ 생략

④ 제1항의 경우에부설주차장이 대통령령이 정하는 규모 이하인 때에는 동항의 규정에 불구하고 시설물의 부지인근에 단독 또는 공동으로 부설주차장을 설치할 수 있다. 이 경우 시설물의 부지인근의 범위는 대통령령이 정하는 범위안에서 지방자치단체의 조례로 정한다. (1990. 4. 7. 개정)

⑤ 이하 생략

주차장법 시행령 제6조 【부설주차장의 설치기준】

① 법 제19조 제3항의 규정에 의하여 부설주차장을 설치하여야 할 시설물의 종류와부설주차장의 설치기준은 별표 1과 같다. 다만, 이하 생략

【별표 1】 (2007. 12. 20. 개정)

부설주차장의 설치대상시설물 종류 및 설치기준(제6조 제1항 관련)

1. 생략

2. 문화 …의료시설(정신병원ㆍ요양소 및 격리병원은 제외한다), …

○시설면적 150㎡당 1대(시설면적/150㎡)

3. ~9 생략

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○서면2팀-957(2007. 5.17)

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 병원 건물의 부속토지로 사용 중인 타인 명의 토지를 토지 소유자로부터 단계적으로 분할 취득하는 경우에는 동 토지를 취득하는 시점마다 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며

의료업을 영위중인 비영리내국법인이 기타의 수익사업(주차장)에 사용하던 토지를 병원 건물의 착공을 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시점에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임.

○서면2팀-251(2006.02.01)

종교시설의 부속토지를 양도하는 경우 종교시설의 사용내용에 따라 부속토지 양도차익의 과세여부를 결정하는 것이며 부속토지가 아닌 나대지 상태로 양도하는 것은 고유목적의 사용에 해당하지 아니함

○서면2팀-1236(2005.07.28)

내국법인(의료재단법인)이 유예기간이 경과한 후에도 부동산을 법인의업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 업무와 관련 없는 자산으로 보는 것임

○서면2팀-2215(2004.11. 2)

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 환자 치료용 건물과 그 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하여 이를 고유목적사업준비금에서 지출한 금액으로 보는 것이나, 귀 질의의 토지가 환자 치료용 건물의 토지인지 여부는 사실판단할 사항임

○국심99전2233(2000.08.14)

의료법인이 임야 취득후 유예기간내에 도시계획의 변경등 외부의불가항력적인 사유로 사용못한 것이 아니므로 비업무용부동산에 해당함

○세정-5656(2007.12.31)

건축물의 부속토지는 필지 개념으로 보는 것이 아니라 점유상의 독립성을기준으로 보아야 할 것이므로, 당해 토지가 신축한 건축물의 도로및 담장 등으로 구획되어 있는 인근 토지에 해당된다면 당해 건축물의주차장으로 사용하고 있다고 하더라도 건축물의 부속토지로 보기는 어려움

○ 법인46012-3392(1999.08.31)

의료법에 의한 의료법인이 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액을 같은조 제3항의 규정에 따라 익금에 산입함에 있어 같은법시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업용 의료기기 등의 취득에 지출한 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보지 아니하는 것임.

○ 재법인46012-168(1999.10.28)

귀 질의의 경우 당초 국세청장이 1999. 8. 31자로 회신한 내용(법인 46012-3392, 1999. 8. 31)이 타당함

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