[사건번호]조심2013전3257 (2014.01.16)

[세목]양도[결정유형]경정

[결정요지]쟁점토지 실지취득가액이 불분명한 것으로 보이므로, 그 취득가액을 환산가액으로 함이 타당함

[관련법령] 국세기본법 제14조

[참조결정]조심2010중3762 / 조심2008부0765 / 조심2011서0244

OOO세무서장이 2013.3.7. 청구인에게 한 2002년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 「소득세법 시행령」 제176조의2 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.6.19. 취득한 경상남도 OOO 소재 OOO여관(대지 170.4㎡, 건물 493.0㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2002.3.15. 양도하고 같은 날 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 실지거래가액에 의하여 양도가액과 취득가액을 각각 OOO원과 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. OOO세무서장은 OOO지방국세청장의 정기종합감사 결과 청구인이 신고한 양도가액OOO원)과 쟁점부동산의 후 소유자인 임OOO가 신고한 취득가액OOO원)이 상이한 것을 확인하고 이에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 위 자료를 근거로 쟁점부동산의 양도가액을 통보받은 실지거래가액 OOO원으로 재계산한 후 2013.3.7. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.29. 이의신청을 거쳐 2013.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2001년 5월 생계를 유지하기 위하여 영업장소를 물색하던 중 부동산 중개업자로부터 매물로 나온 쟁점부동산의 매매대금이 OOO원이지만, 은행담보대출 OOO원·여관을 운영하는 세입자의 보증금 OOO원·전 소유자로부터 1층 호프집 보증금 OOO원 과 지하층 노래방 보증금 OOO원을 승계받으면 되고, 현금은 조금만 있어도 된다고 하여 매매계약을 체결한 다음 계약금과 중도금(합계 OOO원)은 당시 청구인의 OOO은행 예금액 OOO원, OOO 저축예금액 OOO원, 지인인 원OOO으로부터의 차입금 OOO원 등으로 지급하였고, 잔금은 OOO은행 정기예금 해약금 OOO원, OOO은행 신탁 해지금 OOO원, 당시 여관을 운영하고 있던 세입자 강OOO의 보증금 OOO원, OOO은행 월평지점 대출금 OOO원 등으로 충당하였다(상세내역 아래 <표1> 참조).

그러나 취득 이후 운영상 어려움으로 8개월만인 2002년 3월경 부동산 중개료는 물론 취득세와 등록세(OOO원)도 건지지 못한 채 손해를 보고 OOO원에 매도하게 되었는데, 취득 당시 개인간 거래의 경우에는 부동산 취득세와 등록세가 실가기준이 아니라 신고가액과 시가표준액 중 높은 금액을 과세표준으로 하였기 때문에 청구인도 실지취득가액 OOO원이 아닌 OOO원을 취득가액으로 하여 검인계약서를 작성하였고, 양도시에도 실지양도가액 OOO원이 아닌 OOO원을 양도가액으로 하여 검인계약서를 작성하였다.

<표1> 매수대금 내역서

(2) 쟁점부동산의 실지취득가액은 OOO원임에도 처분청은 단지 매매계약서와 여관, 호프집, 및 지하 노래방 운영 세입자와의 임대차계약서를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 인출한 금액이 매매금액으로 지급되었는지가 확인되지 않는다는 이유로 실지취득가액을 인정하지 않는 것은 부당하다(주위적 청구).

(가) 청구인은 이의신청 기각결정 이후인 2013.5.16. OOO은행 창녕지점에서 2001.6.21.부터 2002.3.27.까지의 청구인 예금거래내역과 쟁점부동산 전 소유자의 대출부동산 평가표를 확인하였는데, 전전 소유자인 서OOO이 구 OOO은행 진해남지점으로터 자금을 대출받을 당시 감정평가법인인 OOO이 작성한 토지·건물 평가표상 ‘임대관계 및 기타’란에 1층(식당) 전세보증금 OOO원, 지하(주점) 전세보증금 OOO원으로 기재되어 있음을 볼 때, 해당 금액OOO원)은 청구인이 승계하였다고 보아야 하므로 단지 임대차계약서를 제시하지 아니하였다고 하여 이를 부인하는 것은 부당하다.

(나) 세입자로부터 받은 보증금의 경우, 처분청은 청구인이 2001.6.30.부터 2001.7.3.까지 3일 동안 쟁점부동산을 사업장으로 하여 사업자등록을 하였다는 이유로 청구인이 이를 직접 운영한 것으로 보고 취득 당시 세입자로부터 받은 임대보증금으로 잔금을 지급하였다는 청구주장을 인정할 수 없다고 하지만, 청구인 명의로 사업자등록이 된 것은 부동산을 임대하는 경우 그 소유자도 사업자등록을 하여야만 하는 줄 알고 착오로 신청하였을 뿐이고, 이는 이후 즉시 세입자 강OOO 명의로 변경하여 사업자등록을 한 사실과 당해 전세보증금이 OOO원인 사실에서 확인되고 있다 할 것이다.

또한, 2013.5.16. OOO은행 창녕지점에서 발급받은 2001.6.25.부터 2002.3.15.까지의 예금거래내역에서도 2001.9.21. 세입자인 정OOO로부터 받은 전세보증금 OOO에서 2001.9.22. 전전 세입자인 강OOO에게 월 임대료와 관리비를 차감한 금액 OOO원을 지급하였음이 확인되고 있음에 비추어 볼 때, 전세보증금 OOO원은 실지취득가액에 포함함이 타당하다.

(다) 처분청은 예금 등을 인출하였거나 지인으로부터 자금을 차용하였다는 청구인의 진술만 있을 뿐 이를 매매대금으로 지급하였는지 여부가 확인되지 않는다고 하여 청구인이 주장하는 실지취득가액을 부인하고 있지만, 청구인은 매매대금은 매도자에게 직접 지불하여야만 안전한 것으로 판단하여 계좌이체하지 않았을 뿐이고, 2001.5.17. OOO에서 보통예금 OOO원을 출금하였고, 청구인의 딸인 김OOO가 2001.6.4. 경상남도 창원시 소재 OOO으로 입금한 OOO원을 2001.6.15.(OOO원)과 2001.6.16.(OOO원) 및 2001.6.19./(OOO원) 3차례에 걸쳐 출금하였으며, 2001.6.25.과 2001.6.27. 및 2001.6.29. 각각 OOO은행 정기예금 OOO원과 OOO은행 신탁금 OOO원 및 OOO은행 신탁금 OOO원을 중도에 각각 해지 또는 해약한 후 지출된 사실이 취득 당시인 2001.5.17.부터 2001.6.30.까지 청구인 명의의 OOO은행과 OOO 금융거래내역에 의하여 확인되고 있으므로, 해당 금액은 쟁점부동산을 취득하기 위한 실지 취득자금임이 명백하다.

또한, 2001.9.21. 세입자인 정OOO로부터 OOO원을 받은 후 2001.9.25.원OOO에게 이자를 포함한 OOO원을 지불한 사실이 2013.5.16. OOO은행 창녕지점에서 확인한 2001년도 자유저축예금 입출금내역에서 확인되고 있으므로, 원OOO으로부터 중도금 명목으로 차용한 OOO원은 쟁점부동산 취득가액에 포함함이 타당하다.

(라) 이와 같이 청구인은 쟁점부동산을 취득하는 과정에서 계약금과 중도금은 OOO은행 OOO지점 대출금 OOO원, 여관을 운영하고 있던 세입자 강OOO의 보증금 OOO원, 전 소유자로부터 승계받은 1층 호프집 보증금 OOO원과 지하층 노래방 보증금 OOO원으로, 나머지 대금은 본인의 정기예금 해지금액(2건) OOO원, 신탁원금 해지금액 OOO원, OOO은행 예금 인출금 OOO원, 청구인의 딸이 경상남도 창원시 소재 OOO우체국으로 이체한 OOO원 등으로 각각 지급하였음이 입증되고 있는 이상, 쟁점부동산의 실지취득가액은 OOO원이라 하겠고, 그렇다면 처분청이 검인계약서상 가액을 실지취득가액으로 하여 부과한 이 건 양도소득세는 잘못이 있다 할 것이다.

(3) 앞서 언급한 주장을 <표1>에 맞게 살펴보면, OOO은행 및 우체국 출금액 OOO원(①～④, ⑥～⑧)의 경우, 처분청 주장과 같이 통상 부동산 계약금은 거래대금의 10%로 하는 것이 관행이지만, 쟁점부동산 취득 당시 급하게 계약을 체결하여 거래금액의 10%를 지급하지 못하였을 뿐만 아니라 매도자도 빨리 매도하기 위하여 이에 상당하는 금액을 계약금으로 요구하지 않았고, 2001.6.19.에 출금한 OOO원은 취득세와 등록세 등을 납부하는데 사용한 것이 아니라 중도금을 지급하기 위하여 OOO에서 인출한 것이며, 등기접수일 이후에 인출된 OOO원의 경우 이를 일시에 해지하지 않은 것은 하루라도 이자를 더 받기 위하여 순차적으로 해지한 것일 뿐이고, 잔금을 지급하기 전에 소유권이전등기를 경료한 것은 경남은행으로부터 OOO원을 대출받기 위하여 전 소유주와 합의하에 한 것이므로, 위 금액은 쟁점부동산의 취득대금임이 확실하다.

원기준으로부터의 차입금 OOO원(⑤)의 경우, 처분청은 이에 대하여 서면진술 외에 입증자료가 없고, 원OOO에게 상환한 사실에 대하여도 통장거래내역 등 객관적인 증빙이 없어 이를 인정할 수 없다고 주장하나, 쟁점부동산 취득시 부족한 중도금 OOO원을 원OOO에게 차용한 사실은 원OOO의 확인서 및 인감증명서에 의하여 입증되고, 또한 2001.9.20. 세입자인 정현수로부터 보증금 OOO원을 수령한 후 2001.9.25. OOO은행 예금계좌에서 OOO천이 지급된 것을 보더라도 원OOO에게 자금을 차용한 사실이 명백히 확인된다 하겠다.

여관 운영 세입자의 임대보증금 OOO원(⑩)의 경우, 처분청은 전 소유자 이OOO이 직접 여관을 운영하였고, 세입자 강OOO는 2001.7.9. 사업자등록 이후 사업을 개시하였으므로 이를 취득대금으로 사용하였다는 주장은 신빙성이 없다고 주장하나, 청구인은 전 소유자인 이OOO에게서 강OOO의 임대보증금을 승계하고 쟁점부동산을 취득하였다는 주장을 한 사실은 없고, 취득할 당시부터 청구인은 여관을 운영한 적이 없어 부동산 중개업자가 여관을 운영할 사업자를 구하여 준다고 하여 월세 수입을 얻기 위하여 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였으나 잔금지급일인 2001.6.30.까지 여관을 운영할 세입자를 구하지 못해 전 소유주인 이OOO에게 잔금 OOO원을 지급하지 못함에 따라 이OOO이 2001.7.8.까지 영업을 계속하였으며, 이후 강OOO가 2001.7.9. 임대보증금 OOO원을 청구인에게 지급(강OOO는 2001.7.9. 사업자등록을 하고 여관업을 영위하였다)함에 따라 청구인이 이를 잔금으로 지급하였으므로, 위 금액은 쟁점부동산 취득대금임이 명백하다.

호프집 및 노래방 임대보증금 OOO원(⑪, ⑫)의 경우, 처분청은 쟁점부동산 가격이 하락하고 있었고 실제 저당권 채권최고액 또한 1999년은 OOO원이었지만 취득시점에서는 OOO원으로 확인되는 등 임대차관계가 그대로 지속되었다고 단정할 수 없으므로 사업자등록상의 임대보증금 OOO원만을 인정하는 것이 타당하다고 주장하나, 전전 소유자인 서OOO이 구 OOO은행 OOO지점에서 자금을 대출받을 당시 한국감정원에서 작성한 토지·건물평가표상 임대관계에 1층 식당과 지하 주점의 전세보증금이 각각 OOO원과 OOO원인 것으로 기재되어 있고, 일반적으로 사업자등록시에는 임대보증금을 사실과 다르게 기재하는 경우가 대부분임에도 사업자등록증상에 달리 기재(1층 식당 OOO원, 지하 주점 OOO원)되어 있다고 하여 청구인이 어렵게 구한 입증자료를 인정하지 않으려고 하는 것은 잘못이다.

(2) 설령 청구인이 주장하는 가액을 쟁점부동산의 실지취득가액을 인정할 수 없다면 그 취득가액이 불분명한 경우로 보아 「소득세법 시행령」 제176조의2 제2항에서 규정하고 있는 환산가액을 적용하여야 한다(예비적 청구).

(가) 「소득세법」 제96조 제2항 제6호에 의해 기준시가과세원칙이 적용되는 자산(2006.12.31. 이전 양도분에 한한다)에 대해 실지거래가액으로 과세하는 경우에는 양도 및 취득당시 실지거래가액이 모두 확인되는 경우에만 가능하므로 취득 당시의 실지거래가액을 알 수 없는 경우에는 환산취득가액을 적용할 수 없는 것은 맞지만, 이 건의 경우는 1년 이내 단기거래로서 실지거래가액 과세대상이므로 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당된다면 당연히 환산취득가액을 적용할 수 있다 하겠다(조심 2008부765, 2008.6.30.).

(나) 처분청은 검인계약서가 실제와 달리 작성되었다고 인정할 수 있는 증빙자료가 없다면 검인계약서상 매매대금을 취득가액으로 본 것은 적법하다는 심판결정례를 들어 청구주장을 받아들일 수 없다고 하나, 청구인이 금융자료로 제출한 OOO원을 취득가액으로 인정하지 않더라도 처분청에서도 인정한 금융기관 대출금 OOO원과 2013.5.16. OOO은행 창녕지점에서 확인한 2001년도 금융거래내역에 의하여 취득대금으로 입증된 여관을 운영하는 세입자 강OOO의 보증금 OOO원, 전 소유자에게서 승계받은 1층 호프집 보증금 OOO원, 지하 노래방 보증금 OOO원만으로도 청구인이 취득가액으로 신고한 검인계약서상 취득가액인 OOO원을 초과하고 있으므로, 이 건의 경우 검인계약서는 실제와 달리 작성되었다고 보아야 할 것이어서 심판결정례와 대법원 판결에 따라 취소되어야 한다(조심 2010중3762, 2010.12.29. 등 다수).

(다) 또한, 쟁점부동산이 소재한 구 경상남도 마산시 지역은 창원시와의 통합으로 개별공시지가가 1992년도에 1㎡당 OOO원에서 쟁점부동산 취득시점인 2001년도에 1㎡당 OOO원으로 하락하였고, 그 이후에도 계속 하락하여 2012년도에는 1㎡당 OOO원에 불과하여 취득세 등을 제외하면 양도차익 없이 손해만 있었을 것으로 누구나 짐작할 수 있음에도 처분청은 실지취득계약서가 없다고 하여 검인계약서상의 금액인 OOO원을 취득가액으로 결정한 것은 부당하며, 더구나 일반적으로 부동산은 기준시가보다 높은 가액으로 거래됨에도 검인계약서상 취득금액 OOO원은 취득시 기준시가인 OOO원의 약 60%에 불과하여 시가가 제대로 반영된 가액이라고 보기는 어려워 이를 실지취득가액으로 볼 수 없으므로, 이 건 양도소득세 부과처분은 양도가액을 기준시가로 환산한 가액을 취득가액으로 하여 경정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 먼저 청구인의 주위적 청구에 대하여 보면, 다음과 같은 각각의 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다(주위적 청구).

(가) 고액인출금(매수대금 내역서 ①～④, ⑥～⑧)의 경우, 청구인은 비록 실지계약서가 없고, 계좌이체 등으로 거래상대방이 객관적으로 입증되지 않더라도 부동산을 취득할 즈음에 청구인의 예금계좌에서 인출된 금액은 쟁점부동산 취득대금임이 명백하다고 주장하나, 통상적으로 부동산 매매거래에 있어 계약서의 작성일을 등기원인일로 하고 잔금을 청산한 후에 소유권이전 관련 등기접수를 하며, 그 계약금은 거래대금의 10%로 하는 것이 관행이지만, 청구인이 등기원인일에 즈음하여 계약금(OOO원의 10%)을 출금한 사실이 확인되지 아니하고, 더구나 2001.6.19.은 등기접수일일 뿐더러 취득세와 등록세(합계 OOO원) 납부일이므로 같은 날 우체국에서 출금한 OOO원(위 ④)은 부동산 매수대금이 아닌 취득세 등을 납부하는데 소요되었을 것이라는 추정이 가능하며, 그 외 등기접수일 이후 인출된 OOO원(위 ⑥～⑧)도 부동산의 취득대금이었다면 등기접수 이전에 정기예금 해지 등을 통하여 일시에 지급하였어야만 정상적인 거래라 할 것이지만, 같은 은행의 지점거래임에도 2001.6.25.과 2001.6.29.에 각각 순차적으로 해지하여 인출하였을 뿐만 아니라 거래상대방이 확인되지 않고, 쟁점부동산에 대한 등기접수일 이후의 거래이므로 위 금액이 쟁점부동산 취득자금으로 사용되었다고 보기 어렵다.

또한, 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 매입가액과 취득세, 등록세, 기타 부대비용을 합하여 계산하는 것으로, 소유권 이전등기일인 2001.6.19.에 인출된 OOO원이 매입가액에 지출된 금액이라면 결국 같은 날 사용된 취득세 등(OOO원)의 지출금액에 대한 입증을 추가하여야 하는 것이고, 자금대출 등의 원활한 처리를 위하여 대출금 상당액을 지급하지 않은 상태에서 소유권을 이전하는 것은 일면 타당하지만 예금 및 신탁을 중도에 해지하면서까지 소유권을 모두 이전 받은 후 수차례에 걸쳐 지급하였다는 것은 그 주장에 신빙성이 없다 할 것이다.

(나) 원OOO으로부터의 차입금(매수대금 내역서 ⑤)의 경우, 청구인이 OOO원을 차입하였다는 원OOO은 현재 청구인과 함께 주소(충청남도 OOO)를 두고 있는 자로, 청구인에게 차용해 준 사실에 대한 서면진술 외 다른 입증자료가 없고, 청구인이 원OOO에게 상환한 사실에 대하여도 청구인의 예금계좌에서 현금출금된 내역 외에 원OOO의 금융거래내역 등 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 입증서 조차 이의신청 당시 작성한 내용과 상이하므로 신빙성이 없다 하겠다.

(다) 대출금 승계(매수대금 내역서 ⑨)의 경우, 부동산등기부등본에서 2001.6.26.에 채권최고액 OOO원(채권자 주식회사 OOO은행)으로 하여 설정된 근저당권 채무액 OOO원은 같은 날 전 소유자인 이OOO의 근저당권등기 말소 이후에 설정되었음이 확인되므로 이는 실제 쟁점부동산 취득대금으로 사용된 것으로 추정된다.

(라) 여관 운영 세입자의 임차보증금(매수대금 내역서 ⑩)의 경우, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 시점에 쟁점부동산의 사업자등록내역은 아래 <표2>와 같은데, 청구인은 여관업을 운영하는 세입자 강OOO의 임대보증금을 승계하여 쟁점부동산 취득대금으로 사용하였다고 주장하나, 쟁점부동산 전 소유자 이OOO은 직접 여관을 경영한 반면에 세입자 강OOO는 쟁점부동산 취득 이후인 2001.7.9. 사업자등록을 하였고, 청구인과 강OOO가 체결한 임대차계약서상에 보증금과 월 임대료가 각각 OOO원과 OOO원인 사실 및 2001.7.20.과 2001.8.20. 청구인의 예금계좌(OOO)에 각각 OOO원(=월 임대료 OOO원×12일/30일)과 OOO원이 입금된 사실에서 실제 강OOO가 사업을 시작한 날은 사업자등록증상 사업개시일인 2001.7.9.로 판단되므로, 청구인이 임대보증금을 승계 또는 수령하여 이를 취득대금으로 사용하였다는 주장은 신빙성이 없다.

더구나 임대보증금이 잔금으로 사용되었다는 주장은 전 소유자로부터의 승계가 아닌 이상 객관적으로 입증되어야 함에도 청구인 주장 외에 어떠한 입증자료도 제시하고 못하고 있고, 결국 청구인도 2001.7.9. 세입자인 강OOO로부터 임대보증금을 지급받았다는 사실을 시인하였으며, 쟁점부동산 전 소유자인 OOO은 2001.6.25. 폐업신고서를 OOO세무서에 접수(접수번호 OOO)한 것으로 확인되므로, 이OOO이 2001.7.9.까지 계속하여 여관업을 하였다는 근거는 전혀 없고, 오히려 2001.6.26.에 대출금에 의하여 잔금까지 모두 청산되었음을 반증한다 하겠다.

<표2> 취득 당시 쟁점부동산에 대한 사업자등록 내역

(마) 호프집 및 노래방 임차보증금(매수대금 내역서 ⑪, ⑫)의 경우, 청구인은 1층 호프집 및 지하 노래방 임차보증금 승계내역에 대하여 임대차계약서 등 객관적인 증빙을 제출하지 아니한 채 전전 소유자인 서OOO이 대출받기 위하여 감정받은 한국감정원 감정평가서(가격시점 1999.5.29.)상에 임대관계 탐문 사항으로 기재된 보증금 승계액OOO원을 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인의 주장대로 쟁점부동산의 가격은 하락국면이었고 실제 저당권 채권최고액 또한 1999년도에 OOO원이었다고는 하지만, 청구인이 취득한 시점에서는 OOO원으로 확인되는 등 임대차관계가 그대로 지속되었다고 단정할 수 없으므로 위 사업자등록증상의 임대차보증금 OOO원만을 인정하는 것이 타당하다.

(2) 한편, 청구인의 예비적 청구를 보면, 소득세법령에서 건물을 2006.12.31.까지 양도한 자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 환산가액을 적용할 수 없다고 규정하고 있고, 매매당사자들이 작성하여 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되므로 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장하는 자가 입증하여야 하는 것이며(대법원 1993.4.9. 선고 93누2353판결 등 다수), 또한 이 건은 청구인이 양도소득과세표준 신고시 제출한 취득가액을 그대로 인정한 것이고, 그 신고시 제출한 취득가액이 취득세 신고과표와 동일한 것이므로, 부당한 방법으로 양도소득과세표준을 과소신고하기 위하여 작성한 이중계약서에 의하여 실지양도가액이 확인되자 신고한 취득가액도 허위라는 주장은 그 취득가액을 청구인이 객관적이고 명백하게 입증하지 않는 한 받아들일 수 없다 할 것이며, 더구나 청구인은 실제 취득가액을 입증할 수 있는 증빙을 명확하게 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라 주장하는 내용 또한 사실과 달라 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산의 실제 취득가액이 OOO원이라는 청구주장의 당부(주위적 청구)

(2) 실제 취득가액이 불분명한 경우에 해당되므로 환산가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련법령

(1) 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것)

제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 의한다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

제99조【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

나. 건물

건물(다목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

제110조【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)

제176조의2【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각 호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.6.19. 쟁점부동산을 취득한 후 2002.3.15. 이를 양도하면서 같은 날 실지거래가액으로 하여 양도가액은 OOO원으로, 취득가액은 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였는데, 이후 2013.1.8. OOO세무서장이 처분청에 통보한 실가상이자료에 의하면 쟁점부동산의 후 소유자(취득자)인 임OOO의 실제 취득가액은 OOO원인 것으로 확인되고 있고, 이에 처분청은 청구인의 실지양도가액을 OOO원으로 재계산하여 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.

(2) 이에 청구인은 쟁점부동산 취득 당시 작성한 실지계약서는 보관하고 있지 아니하지만 실제 취득가액이 위 <표1>에 나타난 바와 같이 OOO원이라고 주장하고 있는데, 쟁점부동산의 전 소유자인 OOO은 쟁점부동산을 양도한 후 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인되고 있다.

(3) 청구인이 제시한 OOO은행 요구불 거래내역 의뢰 조회표(계좌번호 631-21-0***-8**)를 보면, 2001.5.17.에 OOO원이 출금된 것으로 나타나고 있다.

(4) 청구인의 OOO 금융거래명세조회(계좌번호 0125420******4)를 보면 2001.6.4. 김OOO가 OOO원을 입급하였고, 해당 금액은 2001.6.15.에 OOO원, 2001.6.16.에 OOO원, 2001.6.19.에 OOO원 등 3차례에 걸쳐 출금한 것으로 나타나고 있다.

(5) 청구인이 제시한 OOO은행 정기예금 및 신탁입금거래내역을 보면, 청구인은 OOO은행 정기예금(계좌번호 671-23-0***-4**-0) OOO원과 신탁예금(계좌번호 021-15-0***-6**) OOO원, 신탁예금(계좌번호 699-18-0***-8**) OOO원을 각각 2001.6.25.과 2001.6.27. 및 2001.6.29. 해지한 것으로 나타나고 있다.

(6) 청구인이 제시한 OOO은행 금융거래내역(계좌번호 591-**-0*****1)을 보면, 2001.6.26.에 OOO원이 입금되었다가 같은 날 같은 금액이 출금되었고, 강OOO가 2001.7.10.과 2001.8.21.에 각각 OOO원과 OOO원을, 정OOO가 2001.9.20.과 2001.9.21.에 각각 OOO원과 OOO원을 입금하였으며, 2001.9.22.과 2001.9.25.에 각각 OOO원과 OOO원이 출금된 것으로 나타나고 있다.

(7) 2013년 7월 원OOO이 작성한 입증서(인감증명서 첨부)에는 “본인은 경상북도 OOO에서 거주하다가 2001년 4월에 경상남도 OOO에 이사를 하면서 (경상북도) 구미시에서 소유하고 있는 아파트를 부동산에 의뢰하여 전세를 놓아 달라고 하였는데, 2001년 6월초에 임대계약을 하자고 연락을 하며 전세 OOO원에 임대차계약을 했는데 그 당시 정OOO(청구인) 지인이 마산에 여관을 매매계약을 했는데 잔금 지불일자에 돈이 좀 모자라는데 며칠만 OOO원을 빌려 달라고 하여 전세금 받은 돈에서 빌려주고 2001년 9월에 돌려받았음을 입증합니다”라고 기재되어 있다.

(8) 2002.2.27.자 쟁점부동산 매매계약서(양도)상 특약사항에는 “1. OOO은행 대출금 OOO원과 전세금 OOO원은 매수자가 승계하여 잔금에서 차감하고 지불한다. 지하(850), 1층(1,500) 상가 보증금 OOO원은 대금에서 차감한다. 계약금 중 비영수분 OOO원은 2012.3.2. 송금키로 한다. 잔금 OOO원은 2012.3.15. 지불키로 한다”라고 기재되어 있고, 구 OOO은행(진해남지점장)이 의뢰하여 1999.5.29. 작성한 쟁점부동산에 대한 한국감정원의 평가표상 건물평가요항표에는 임대 및 기타사항으로 “1층(식당) : 전세보증금 OOO원에 월세 OOO원, 지하(주점) : 전세보증금 OOO원에 월세 OOO원으로 탐문 조사됨”이라고 기재되어 있다.

(9) 2002.3.15.자 청구인이 작성한 영수증에는 OOO원을 경상남도 OOO 여관 대출금 및 세입자 보증금 등을 차감하고 잔금으로 정히 영수함”이라고 기재되어 있다.

(10) 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 쟁점부동산에 등록된 사업자등록 내역은 위 <표2>와 같고, 쟁점부동산의 부동산등기부등본상 등재내역과 쟁점부동산 중 토지에 대한 개별공시지가는 각각 아래 <표3>, <표4>와 같다.

<표3> 부동산등기부등본 등재내역

<표4> 쟁점부동산(토지) 개별공시지가

(11) 한편, 2012.3.23.자 후 소유자인 임OOO의 취득금액(OOO원) 설명서에는 “2002.2.27. 계약시에 OOO원 지불함(계약서에 청구인 영수인 수령확인됨) 청구인의 OOO은행 대출금 OOO원 승계함(등기부등본 및 승계된 대출금 계산서 참조). 여관 세입자 정현수 전세금 OOO원 저당설정금액은 윤OOO 세입자가 인수 승계됨(등기부등본 설정금액 및 전세계약서 첨부). 1층 호프집 전세금 OOO원 승계됨(전세계약서 첨부). 지하 노래방 전세금 OOO원 승계됨(전세계약서 첨부). 중도금 OOO원은 청구인 앞으로 직접 송금함. 2002.3.15. OOO원을 수표로 인출하여 OOO㈜ 공인중개사 김OOO 입회하에 잔금 OOO원을 지불함(청구인 수령 영수증 및 2002.3.15.자 인출된 OOO은행 마산지점 거래내역서 첨부됨)”이라고 기재되어 있다.

(12) 먼저 쟁점①에 대하여 본다.

이 건의 경우, 청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액은 OOO원이라고 주장하나, 청구인과 전 소유자는 검인계약서상 가액(OOO원)으로 각각 취득세 등과 양도소득세 등을 신고한 반면에 검인계약서상의 가액이 실제 취득가액이 아니라는 청구주장을 뒷받침할 수 있는 실지계약서를 제시하지 못하고 있는 점, 청구인은 OOO은행과 우체국 등의 입출금내역을 제시하고 있지만, 해당 금액이 쟁점부동산 취득대금으로 전 소유자에게 실제 지급되었는지 여부를 확인할 수 있는 자료는 제시하지 못하고 있는 점, 처분청은 청구인이 제출한 원기준의 차입금 입증서가 이의신청 당시 제출한 것과 내용이 다르다고 진술하고 있고, 더구나 청구인은 입증서 외에 다른 자료를 제시하지 못하고 있으므로, 청구인이 원OOO으로부터 해당 금액을 실제 차입하여 취득대금으로 사용하였다고 인정하기는 어려운 점, 세입자 보증금의 경우 청구인이 주장하는 금액과 세입자가 사업자등록 당시 제출한 서류상의 금액이 서로 다르고, 더구나 청구인이 이를 승계하여 취득대금에 차감하였다고 인정할 수 있는 자료를 찾아볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 주장하는 실지취득가액을 인정하기 어렵다 할 것이다.

(13) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 검인계약서상의 가액보다 높다고 하면서도 금융자료에 의하여 확인되지 아니하므로 검인계약서상 가액을 취득가액으로 적용한 것은 잘못이 없다고 주장하나, 부동산의 양도차익을 산정함에 있어 “실지거래가액”이라 함은 취득당시 거래당사자간에 실제로 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것이므로, 검인계약서의 경우에도 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다면 그 거래가액을 실지거래가액으로 확정하기는 어렵다 할 것인바(조심 2011서244, 2011.3.8. 참조), 청구인은 쟁점부동산 소유권이전 관련 등기원인일(2001.5.19.)부터 2001.6.29.까지 OOO원을 인출한 것으로 나타나는데, 잔금 지급 이전에 당사자간 합의에 의하여 매수인 명의로 소유권에 관한 이전등기를 먼저 경료할 수 있으므로 그 이후에 인출되었다고 하여 취득대금으로 지급되었음을 부인하는 것은 타당하지 아니한 점, 원OOO은 청구인에게 OOO원을 매매 당시 빌려주고 2001년 9월에 돌려받았다고 진술하고 있는데, 청구인은 2001.9.25. 현금 OOO원을 인출하였음이 금융거래내역에서 나타나고 있는 점, 전 소유자 이OOO의 근저당권설정말소등기 이후 청구인을 채무자로 한 근저당권설정등기가 경료되어 있어 해당 대출금은 실제 취득대금으로 사용되었다고 봄이 타당하고, 처분청 또한 이를 인정하고 있는 점, 금융거래내역상 청구인은 2001.9.20.과 2001.9.21. 세입자 정OOO로부터 OOO원을 받은 후 2001.9.22.에 OOO원을 인출한 것으로 나타나는데, 이는 청구인이 취득 당시 세입자 보증금을 승계하여 취득대금에서 차감하였다고 볼 수 있고, 전전 소유자의 담보목적으로 한국감정원이 1999.5.29. 작성한 감정평가표상에 1층과 지하층 전세보증금이 OOO원으로 탐문 조사된다고 기재되어 있으며, 양도 당시 작성한 매매계약서상에도 지하층과 1층 상가 보증금(OOO원)은 매매대금에서 차감하는 것으로 기재되어 있어 청구인 또한 취득 당시 이러한 조건으로 계약을 체결하였다고 볼 수 있는 점, 검인계약서상 가액(OOO원)은 당시 쟁점부동산의 취득세 시가표준액(OOO원)보다 낮아 이를 시가가 적정하게 반영된 가액이라고 인정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 검인계약서상 매매가액을 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성된 실지거래가액으로 인정하기도 어렵다 하겠다.

그렇다면, 이 건의 경우 청구인이 당초 신고한 양도가액과 취득가액 모두 실지거래가액으로 신고하였을 뿐만 아니라 취득 후 1년 이내에 양도한 경우에 해당되어 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정하여야 하는바, 실제 매매계약서 및 금융증빙 등 다른 객관적인 증빙에 의하여 실지취득가액이 확인되지 아니하고 달리 적용할 수 있는 매매사례가액이나 감정평가액도 없으므로 「소득세법 시행령」 제176조의2 제2항 및 제3항에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 적용할 수 있다 할 것이다.

따라서 위에서 본 바와 같이 청구인이 주장하는 취득가액(OOO원)을 인정하기 어렵고, 처분청이 주장하는 검인계약서상 취득가액(OOO원) 또한 시가를 반영하였다고 보기 어려우며, 나아가 매매사례가액이나 감정평가기관의 감정평가액이 존재하지 아니하므로 당해 자산의 양도당시 실지거래가액을 양도당시와 취득당시의 기준시가 비율로 환산한 취득가액으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.