1. 피고가 2012. 5. 15. 원고에게 한 2006년 귀속 양도소득세 190,285,260원의 부과처분을 취소한다.

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1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 11. 12. B 재건축주택조합의 조합원 C로부터 재건축 중인 서울 강남구 D아파트 마동 1003호(이하 ‘이 사건 구주택’이라 한다)를 취득하였다.

원고는 2002. 10. 26. 재건축조합으로부터 서울 강남구 E아파트 102동 502호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)를 분양받았다.

나. 원고는 2006. 3. 31. 이 사건 신축주택을 양도하고, 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득금액을 165,883,354원으로 계산하여 피고에게 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

다. 피고는 2012. 5. 15. 원고에게 ‘이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않는다.’는 이유로, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제40조 제1항, 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제2항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로, 이 사건 구주택 취득일부터 이 사건 신축주택 양도일까지 발생한 소득에 대한 양도소득세 산출세액 155,976,487원에서 면제되는 양도소득세액을 20,840,832원으로 계산하여 결정세액 135,135,655원에 가산세 55,149,614원을 가산하여 양도소득세 190,285,269원(가산세 포함)을 부과고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [계산식] (1) 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득금액(A) = 전체 양도소득금액 × (양도당시 기준시가 - 사용검사 승인일 당시 기준시가) / 양도당시 기준시가 - 이 사건...