1. 피고가 2013. 4. 1. 원고에 대하여 한 2007년 귀속 양도소득세 60,393,540원 부과처분을 취소한다....

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 10. 18. 서울 성북구 B 대지 102㎡ 및 주택 100.76㎡(이하 ‘이 사건 구주택’이라고 한다)를 취득하고, 2003. 6. 5. 재개발조합을 통하여 C아파트 113동 1401호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 12. 28. 이 사건 신축주택을 양도하고, 2008. 2.경 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 산출세액 82,131,050원의 100% 감면으로 계산하여 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

다. 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 위 법률 규정에 따른 감면대상에 해당하지 않는다고 보고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방식으로 감면세액을 32,764,103원으로 산정하고 농어촌특별세 과다납부액 9,873,390원을 양도소득세액에서 차감하여, 2013. 4. 1. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 60,393,547원(납부불성실 가산세 20,899,990원 포함)을 부과ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). <계산식> 감면대상 소득금액 양도소득금액 263,141,806원 × (신축주택 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가) / (신축주택 양도당시 기준시가 - 구주택 취득당시 기준시가) = 159,165,357원 감면세액 산출세액 82,131,050원 × 감면대상 소득금액 159,165,357원 / 양도소득세 과세표준 260,641,806원(= 양도소득금액 - 양도소득기본공제 2,500,000원) = 32,764,103원

라. 원고가 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 3. 24. 기각되었다. ...