조세특례제한법시행령의 개정으로 농어업경영체등록확인서 미제출시 법인세감면배제는 정당함

조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 구 조세특례제한법 제66조 제8항의 위임에 따른 것으로 적법하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없음

구 조세특례제한법 시행령 제63조

2018구합73097 법인세부과처분취소

**조합법인

○○세무서장

2019. 5. 16.

2019. 6. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 3. 20.원고에 대하여 한 별지 법인세 부과내역 목록 기재 각 법인세부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 3. 20. "농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 '농어업경영체육성법'이라 한다)" 제16조에 따라 설립되어 사료 제조업을 영위하는 영농조합법인으로 2015년, 2016년 사업연도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법 제66조의 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 신청하였다.

나. 피고는 2017년 11월경 원고가 농어업경영체육성법에 따라 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 신청하면서 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 것을 확인하고 수정신고를 하도록 안내하였으나, 원고는 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니하였다. 피고는 2018. 3. 20. 원고에게 법인세 면제의 적용을 배제하여 2015년 사업연도 법인세를 168,895,750원(가산세 포함), 2016년 사업연도 법인세를 191,083,490원(가산세포함)으로 결정하여 고지하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2018. 6. 25. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 9. 27. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 경우 이를 포함, 이하 같음),을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항이 2014. 2. 21. 개정되고 2015. 1. 1.부터 시행되면서, 영농조합법인의 법인세 감면신청 시 기존에는 요구하지 않던 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 하였는데, 이는 모법인 조세특례제한법 제66조 제1항에서 법인세 감면대상은 농어업경영체육성법에 따른 영농조합법인으로 변동이 없음에도 하위규범인 조세특례제한법 시행령으로 원고에게 위 농업경영정보 등록의무를 부과한다는 점에서 법체계에 부합하지도 않고 위임의 한계도 벗어난 것이다. 따라서 위 법령에 따른 이 사건 각 처분은 조세법률주의에 반하는 것으로 위법하다.

2) 설령 원고에게 법인세 본세에 대한 납부의무가 인정된다고 하더라도, 원고는 2015년 및 2016년 법인세 감면신청 당시에 그 이전에 신고한 대로 과세표준신고와 세액면제신청서 및 면제세액계산서만을 제출하였고, 피고도 농업경영체 등록확인서 등 보완서류를 요구하지 않았으며, 더욱이 국세청에서 발간하는 개정세법 해설서 어디에서도 관련 규정을 찾을 수 없었다. 따라서 원고가 법인세 신고 및 감면신청 당시에 농업경영체 등록확인서를 제출하지 아니한 것에는 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세법률주의 위반 주장에 관한 판단

가) 관련 법리 및 법규

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항은 '농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률'에 따른 영농조합법인에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다라고 규정하고 같은 조 제8항에서는 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다라고 규정하고 있다. 위 위임에 따라 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제63조 제7항은 조세특례제한법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 '농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률' 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 '농어업경영체 등록확인서'라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.라고 규정하였다.

나) 구체적 판단

위 관련 법규를 살펴보면, 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 구 조세특례제한법 제66조 제8항의 위임에 따른 것이므로 농어업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

원고가 2017. 11.경에야 농어업경영체로 등록하였음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 2015년 및 2016년 각 사업연도 법인세에 관하여 조세특례제한법상 영농조합법인에 관한 감면요건을 갖추지 못한 것이다. 따라서 이 사건 각 처분이 조세법률주의에 위반된다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 가산세 주장에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

살피건대, 원고는 2015년 및 2016년 각 사업연도 법인세를 신고할 때 법인세 면제의 적용을 배제하여 신고하는 것이 충분히 가능하였다 할 것이고, 피고가 보완서류를 요구하지 않았다거나 원고가 국세청에서 발간하는 개정세법 해설서 어디에서도 관련 규정을 찾을 수 없었다고 주장하는 것은 법률의 부지나 착오로 보아야 할 것이고, 이는 그 자체로 정당한 사유에 해당하지 않는다 할 것이어서, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.