상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 원칙적으로 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세액에 추가하여 납부하도록 규정하는 한편, 제3항에서 “제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다.

그리고 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조의11 제3항은 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우의 하나로 제2호에서 ‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지’를, 제4호에서 ‘그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지’를 각 규정하고 있다.

나. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, ① 서울 중구 장교동 22-1 대 324.6㎡, 같은 동 22-3 대 187.1㎡, 같은 동 22-4 대 284.6㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 일대가 1973. 9. 6. 도시환경정비구역으로 지정되었는데, 원고는 1978. 5. 23. 이 사건 토지를 287,883,000원에 매수한 사실, ② 원고가 2007. 10. 16. 위...