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[사건번호]
조심2013중0616 (2013.11.11)
[세목]
양도
[결정유형]
취소
[결정요지]
「국세기본법」 제45조의2 제2항, 같은 법 시행령 제25조의2 제4호는 후발적 경정청구의 사유로 “그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우”를 들고 있고, 한편 같은 조 제1호?제2호?제3호는 “최초의 신고?결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는” 관청의 허가나 그 밖의 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후적으로 변경된 것을 그 사유로 들고 있는데, 청구인의 경우 당초 쟁점토지 양도 당시 2주택인 상태에 있었지만, 이후 1세대 1주택인 쟁점주택이 수용됨으로써 후발적 사유로 1세대 1주택의 부수토지인 쟁점토지에 대한 양도소득과세표준 등이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 등을 초과하는 경우에 해당하므로 후발적 경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당함
[관련법령]
[따른결정]
조심2013중2919
[주 문]
OOO세무서장이 2012.10.9. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 2008.5.30. OOO 일원(면적 14,482,181㎡)이 국토해양부 고시 제2008-187호에 의하여 OOO계획지구 및 택지개발예정지구로 편입된 후 2010.1.22. 한국토지주택공사에 협의매도(수용)된 경기도 OOO 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 부수토지 692㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 양도소득 과세표준을 신고하지 아니하였다.
나. 처분청은 청구인이 쟁점토지 양도(수용) 당시 청구인은 쟁점주택을, 그 배우자인 정OOO은 OOO(이하 “배우자명의 주택”이라 하고, 쟁점주택과 배우자명의 주택을 합하여 이하 “이 건 주택”이라 한다)를 소유하고 있었음을 확인한 후 쟁점토지의 양도에 대해 1세대 1주택 비과세특례 적용을 배제하고 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 2011.1.4. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다(이하 “당초 처분”이라 한다).
다. 이후 청구인은 2012.5.30.과 2012.6.12. 배우자명의 주택과 쟁점주택을 순차적으로 한국토지주택공사에게 협의매도하고, 쟁점주택 협의매도일인 2012.6.12.부터 2개월 이내인 2012.7.25. 처분청에 당초 처분에 대한 경정청구를 하였으며, 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 당초 처분은 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 의거 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 않아 양도소득세를 무신고결정한 것으로서 경정청구대상이 아니라는 이유를 들어 2012.10.9. 청구인에게 경정청구 각하결정 통보를 하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.30. 이의신청을 거쳐 2013.1.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 2008.5.30. OOO 국제화계획지구 및 택지개발사업지구에 쟁점토지 및 이 건 주택 모두 편입되었지만 이 건 주택 중 토지등기가 없는 배우자명의 주택을 먼저 협의매수할 수 없다는 사업시행자인 한국토지주택공사의 수용방침에 의하여 쟁점토지와 이 건 주택이 순차적으로수용되었고(OOO 국제화계획지구 공통사항), 이에 청구인은 1984.6.21. 취득한 쟁점토지를 한국토지주택공사에 협의매도한 후 배우자명의 주택은 과세대상으로, 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세대상으로 보아 무신고하였는데, 처분청은 쟁점토지 협의매도 당시 그 지상주택 이외에 배우자명의 주택(OOO 국제화계획지구 내)이 존재하였다는 이유로 가산세를 포함하여 양도소득세를 결정·고지(당초 처분)하였고, 청구인은 당시 이 건 주택에 대한 보상이 지연됨으로 인해 배우자명의 주택이 그대로 남아 있어 불복요건을 상실함에 따라 처분청 담당공무원과의 상담을 통해 주택에 대한 보상 이후 경정청구를 하기로 하였으며, 이후 2012.5.20. 건물보상이 개시(경기도시공사 공고 제2011-0151호, 2011.12.29.)됨에 따라 2012.5.30.에는 배우자명의 주택을, 2012.6.12.에는 쟁점주택을 협의매도한 다음 2012.7.25. 처분청에 당초 처분에 대한 경정청구를 하였음에도 처분청은 2012.10.9. 청구인에게 당초 처분은 무신고 결정이므로 경정청구대상이 아니라는 이유로 각하결정을 하였고, 이에 대한 이의신청 또한 당초 처분일부터 90일이 경과한 시점에서 제기한 것이라고 하여 각하결정을 하였다.
(2) 이렇듯 처분청은 사업시행자의 사정으로 배우자명의 주택을 먼저 협의매도할 수 없었음을 알면서도 쟁점토지에 대하여 먼저 당초 처분을 하였고, 더구나 그 과정에서 처분청은 청구인에게 주택이 먼저 수용되지 않은 이상 당시로서는 방법이 없으므로 주택이 수용된 후 경정청구를 하는 것이 절차에 부합할 것이라는 의견을 제시하였을 뿐만 아니라 청구인이 쟁점토지 수용과 관련하여 현금 이외 채권도 함께 받았지만 처분청은 현금수령만으로 감면규정을 적용함으로써 과다하게 과세하였음에도 어느 것 하나 인정하지 아니한 채 경정청구등에 대하여 각하결정을 한 처분청의 행위는 납세자인 청구인에게 모든책임을 돌리는 것으로, 도저히 납득할 수 없는 부당한 처분이라 할 것이다.
(3) 현재 국세청 질의회신(부동산거래관리과-1009, 2011.12.2., 부동산거래관리과-489, 2012.9.13.) 등은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택의 전부가 협의매수·수용되는 경우에는 전체를 하나의 거래로 보아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항을 적용하도록 하고 있고, 소득세법 집행기준 또한 고가주택이 순차적으로 수용되는 경우 하나의 행위로 보아 양도차익을 계산하게 되어 있어 고가주택이 아닌 일반주택의 경우에도 이러한 해석과 기준이 동일하게 적용되어야 할 것이며, 그렇지 않을 경우에는 역차별이라 하겠고, 더구나 위 질의회신(부동산거래관리과-489, 2012.9.13.)은 청구인과 같은 경우에 해당되는 OOO 국제화계획지구 및 택지개발사업지구 내 수용된 토지 등에 관한 것이므로, 청구인 소유의 쟁점토지에 대한 1세대 1주택 비과세특례 적용을 부인한다면 형평성에도 어긋나는 부당한 처분이라 할 것이어서 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 시차를 두고 수용된 경우 당해 주택 또는 부수토지의 양도시기는 「소득세법 시행령」 제162조에 따라 당해 주택 또는 부수토지의 대금청산일인 ‘보상금을 수령한 날’이 되고, 보상금을 수령하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 되는 것인바(국세청 재산세과-866, 2009.11.27. 외 다수 같은 뜻), 쟁점토지는 2010.1.22. 한국토지주택공사에 협의매도(양도)되었고, 당시 청구인과 그 배우자는 1세대로서 쟁점주택 뿐만 아니라 배우자명의 주택을 보유하고 있었으므로 쟁점토지는 1세대 1주택 비과세특례 적용대상에 해당되지 아니한다(납세자권익존중위원회 또한 청구인의 고충민원에 대하여 2012.11.14. 인용불가 결정을 하였음).
(2) 또한, 무신고에 따른 결정인 당초 처분은 경정청구대상에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 청구인은 불복청구기간을 경과한 시점에서 이의신청 및 심판청구를 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 「국세기본법」 제45조의2 제1항, 같은 법 제65조, 제66조 제6항의 규정에 의거 적법한 청구로도 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 적법한 심판청구인지 여부
(2) 쟁점토지가 1세대 1주택 비과세특례 적용대상인지 여부
나. 관련 법령
(1) 국세기본법
제45조의2【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
제55조【불복】
① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 할 수 있다.
③ 제1항과 제2항에 따른 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사청구또는 심판청구에 앞서 이 장의 규정에 따른 이의신청을 할 수 있다.
제66조【이의신청】
⑥ 이의신청에 관하여는 제61조 제1항·제3항 및 제4항, 제62조 제2항, 제63조, 제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조, 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제65조 제2항 중 “90일”은 “30일”로 본다.
제61조【청구기간】
① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
(2) 국세기본법 시행령
제25조의2【후발적 사유】
법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
제89조【비과세 양도소득】
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)
제98조【양도 또는 취득의 시기】
자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제154조【1세대 1주택의 범위】
① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·신본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.
가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학·질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다.
제162조【양도 또는 취득의 시기】
① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날
제72조【1세대 1주택의 특례】
② 영 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 포함한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 1세대 1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 2008.5.30. OOO, OOO면 일원(17,482,181㎡)에 대한 국토해양부장관의 ‘OOO 국제화계획지구 지구지정 변경 및 개발계획 승인’ 고시(국토해양부 고시 제2008-187호)에 의하여 쟁점토지를 비롯한 이 건 주택은 OOO 국제화계획지구 및 택지개발예정지구에 편입되었다.
(2) 청구인은 2010.1.22. OOO 국제화계획지구 및 택지개발예정지구 사업시행자인 한국토지주택공사에게 쟁점토지를 협의매도(수용)하였고, 한국토지주택공사는 같은 날 쟁점토지에 대한 소유권이전등기절차를 완료하였다.
(3) 경기도시공사는 2011.12.29. OOO 국제화계획지구개발사업 및 택지개발사업 지장물보상계획 공고(경기도시공사 공고 제2011-0151호)를 통해 2012년 5월 이후 위 국토해양부 고시 제2008-187호(2008.5.30.) 및 국토해양부 고시 제2010-862호(2010.11.29.)로 세목고시된 필지위에 소재하는 물건 및 권리일체에 대하여 보상하겠다는 계획을 발표하였고, 이후 이 건 주택 중 배우자명의 주택은 2012.5.30.에, 쟁점주택은 2012.6.12.에 각각 협의매도되었다.
(4) 청구인은 쟁점토지를 양도하였음에도 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였고, 처분청이 2011.1.4. 당초 처분을 하였음에도 이의신청 등을 제기하지 아니하였다가 쟁점주택 협의매도일인 2012.6.12.부터 2개월 이내인 2012.7.25. 처분청에 당초 처분에 대한 경정청구를 하였으며, 이에 처분청이 2012.10.9. 이러한 청구인의 경정청구에 대하여 “2010년 귀속 양도소득세 경정청구서(접수번호 : 102018)는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 의거 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출하지 않아 양도소득세를 무신고결정한 것으로서 경정청구대상이 아니다”라는 이유로 각하결정 통보(재산세과-6487)를 하자 2012.11.30. 이의신청을 하였으며, 이에 중부지방국세청장은 2012.12.28. 청구인의 이의신청에 대하여 “청구인은 쟁점토지를 협의매도(수용)하고 이에 대한 양도소득세를 무신고하였고, 무신고한 경우는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 의한 경정청구를 할 수 없어 청구인이 제기한 경정청구는 적법하지 아니하며, 이처럼 적법하지 아니한 경정청구에 대한 처분청의 거부통지는 불복의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없으므로, 이 건 이의신청은 경정청구 측면에서 살펴보아도 적법한 청구로 볼 수 없다”는 이유로 각하결정하였다(2012 중이 0629호).
(5) 한편, 처분청은 당초 처분은 무신고 결정이므로 이는 경정청구 대상이 될 수 없다는 의견을 제시하였다가 이후 “이 건은 쟁점주택의 부수토지인 쟁점토지가 양도되는 시점에는 다른 주택을 보유하고 있어 1세대 2주택이므로 청구인은 이에 대하여 양도소득세를 신고·납부하여야 함에도 쟁점주택과 배우자명의 주택의 수용시기에 따라 비과세가 가능할 것이라는 자의적인 판단에 따라 무신고하여 과세된 것으로, 쟁점토지가 수용될 당시 양도소득세를 신고·납부하였다면 경정청구기간(3년) 내에 경정청구가 가능하였을 것이고, 처분청의 고지일로부터 90일 이내에 불복절차를 통하여 과세의 정당성 여부를 다툴수 있음에도 불구하고 청구를 하지 않아 불복·경정청구기간을 놓친 책임은 납세자인 청구인 본인이 그 의무를 해태한 측면이 있다. 설령, 수용시차에 따라 비과세 요건이 성립된 경우라 하더라도 주택의 수용은 청구인의 행위에 기초한 것에 불과할 뿐 토지수용 당시의 과세표준 및 세액계산의 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계된 허가·처분이 취소된 경우에 해당되지 아니하고, 계약이 해제되거나 취소가 된 경우도 아니며, 쟁점토지 수용시 증거서류의 압수 등으로 세액계산이 불가한 경우에 해당되는 것도 아니어서 이는 당초 쟁점토지 수용의 사실관계에 중대한 변경을 가져온 외부적 사정이라고 볼 수 없으므로, 이 건에 있어 쟁점주택의 수용은 「국세기본법」 제45조의2 제2항의 후발적 사유에 해당되지 않는다”는 의견을 제시하였다.
(6) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.
「국세기본법」 제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”라고 규정하고 있어 통상적 경정청구의 경우 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 자만이 청구적격이 있다 할 것이나, 같은 조 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”라고 규정하고 있고, 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 참조) 그 취지가 있다고 하겠다.
이 건의 경우, 청구인은 비록 2010.1.22. 쟁점토지 양도(수용)에 대하여 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였고, 2011.1.4. 처분청이 청구인에게 한 당초 처분은 이러한 청구인의 무신고행위에 따른 결정이라고는 하지만, 이는 청구인이 처분청으로부터 쟁점토지 양도에 따른 양도소득 과세표준 및 세액 등의 결정을 받은 것이라 하겠으므로, 청구인은 후발적 사유발생을 이유로 경정청구를 할 수 있는 자에 해당된다고 보아야 할 것이다.
또한, 「국세기본법」 제45조의2 제2항, 같은 법 시행령 제25조의2 제4호는 후발적 경정청구의 사유로 “그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우”를 들고 있고, 한편 같은 조 제1호·제2호·제3호는 “최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는” 관청의 허가나 그 밖의 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후적으로 변경된 것을 그 사유로 들고 있는데, 청구인의 경우 당초 쟁점토지 양도 당시 2주택인 상태에 있었지만, 이후 1세대 1주택인 쟁점주택이 수용됨으로써 후발적 사유로 1세대 1주택의 부수토지인 쟁점토지에 대한 양도소득과세표준 등이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 등을 초과하는 경우에 해당하므로 후발적 경정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다(청구주장의 후발적 경정청구가 타당한지는 쟁점②에서 판단하기로 한다).
따라서 청구인은 후발적 경정청구사유 발생일인 2012.6.12.(쟁점주택 양도일)부터 2개월 이내인 2012.7.25. 처분청의 결정인 당초 처분에 대한 경정청구를 한 후 2012.10.9. 이에 대한 각하결정 통보를 받은 다음 그로부터 90일 이내인 2012.11.30. 이의신청을 거쳐 2013.1.15. 심판청구를 제기한 사실이 처분청이 제출한 자료와 이 건 심판청구서의 접수 일부인에서 확인되고 있는 이상, 이 건 심판청구는 적법한 심판청구에 해당된다고 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.
「소득세법」 제89조 제1항, 같은 법 제98조, 같은 법 시행령 154조 제1항, 같은 법 시행령 제162조 제1항을 종합하여 살펴보면, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항은 자산의 일반적인 취득 및 양도시기를 규정하고 있는 것인 반면에 같은 법 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택 및 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득세에 대한 양도소득세 비과세특례를 규정하고 있는 것이고, 주택에 부수되는 토지라 함은 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 의미한다는 점과 1세대 1주택 양도에 따른 양도소득세 비과세제도는 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되는 제도라는 점에 비추어 볼 때, 1세대 1주택 비과세특례 규정을 적용함에 있어 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 양도행위로 보아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 규정을 적용함이 타당하다 할 것이다.
그렇다면 청구인의 경우 2010.1.22. 쟁점토지 협의매도 당시 쟁점주택과 배우자명의 주택을 소유하고 있었다고는 하나 쟁점주택 양도일인 2012.6.12.에는 쟁점주택만을 소유한 1세대 1주택인 상태에 있었으므로, 그 부속토지인 쟁점토지는 위 「소득세법」 제89조 제1항 및 같은 법 시행령 제154조 제1항의 규정에 위한 비과세특례 적용대상인 1세대 1주택의 부수토지에 해당된다고 봄이 타당하다 할 것이어서 처분청이 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.