국심1995서1544 (1995.12.22)

부가

경정

당초처분은 신의성실의 원칙에 위배하는 것이라 할 것이므로 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다고 판단됨.

국세기본법제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】

국심1995서1141

국심1995서1141

강남세무서장이 다음 기재의 각 처분일에 청구법인에게 결정통지한 부가가치세 환급세액 ’93년 제2기 확정신고분(수정신고분) 1,829,738,000원, ’94년 제1기 예정신고분 1,268,782,690원, ’94년 제1기 확정신고분 4,629,557,960원, ’94년 제2기 예정

신고분 5,276,819,590원 및 ’94년 제2기 확정신고분

1,295,985,060원은 원유비축기지건설과 관련된 다음 기재의 각

매입세액을 매출세액에서 공제하여 과세표준과 세액을 경정

한다.

○ 원유비축기지건설 관련 매입세액

(단위 : 원)

1. 처분개요

가. 청구법인의 신고

청구법인은 석유자원의 개발, 비축, 유통구조의 개선에 관한 사업을 효율적으로 수행함으로써 석유수급의 안정을 도모함과 아울러 국민경제발전에 이바지하게함을 목적으로 78.12.5. 법률 제3132호로 설립된 법인으로서 ’93년 제2기 확정신고분 부가가치세(수정신고), ’94년 제1기 예정신고분 부가가치세, ’94년 제1기 확정신고분 부가가치세, ’94년 제2기 예정신고분 부가가치세 및 ’94년 제2기 확정신고분 부가가치세를 신고하면서 석유사업기금으로 건설하는 원유비축기지 건설관련 부가가치세 매입세액(이하 “쟁점매입세액” 이라한다)을 매출세액에서 공제하여 다음과 같이 환급세액이 발생한 것으로 신고하였다.

(단위 : 원)

나. 처분청의 경정

위 신고내용에 대하여 처분청은 석유사업기금으로 건설한 원유비축기지는 국가가 취득한 고정자산에 해당하여 이에 관련된 매입세액은 사업과 직접 관련없는 매입세액이라고 하여 매출세액에서 공제하지 아니하고, 또한 이에 대한 가산세를 부과하여 다음과 같이 청구법인에게 부가가치세를 환급하였다.

(단위 : 원)

다. 청구법인의 불복

(1) 청구법인은 이에 불복하여 93년 제2기 확정신고분(수정신고분)부터 94년 제2기 예정신고분까지의 경정분에 대하여는 94.11.9. 이의신청을 거쳐 95.1.19. 심사청구를 하였고, 국세청장은 동 심사결정에서 ’94년 제1기 예정신고분 부가가치세 환급에 대하여는 환급금송금통지일로부터 60일을 경과하여 이의신청하였다고 하여 각하 결정하였고, 나머지 기분에 대하여는 기각 결정하였으며, 청구법인은 위 심사결정에 불복하여 95.5.2. 이건 심판청구(95서1141)를 하였다.

(2) 또한 청구법인은 94년 제2기 확정신고경정에 불복하여 95.4.8. 심사청구를 거쳐 95.6.5. 이 건 심판청구(95서1544)를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세청장은 ’94년 제1기 예정신고분 부가가치세 환급에 대하여 송금통지일(94.6.10.)로부터 60일이 경과하여 이의신청을 하였다고 하여 각하결정하였다.

청구법인은 94.4.25. ’94년 제1기분 예정신고분 부가가치세 조기환급신고를 하였고, 처분청은 94.5.17. ~ 5.20. 위 신고내용에 대하여 조사를 실시하고 관련자료를 요구하였으며, 94.6.10. 위 조기환급신고에 대하여 환급금 송금 통지서를 받았다.

처분청은 94.6.11. 재차 매입세액관련자료를 요구하고 매입세액 불공제여부를 계속 검토중이라고 하다가 94.9.16. 결정전 조사내용통지서에 의하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제한다는 통지를 청구법인에게 하였다.

따라서 비록 “결정전 조사내용통지서”가 법적효과를 발생시키지 않는다고는 하나 “환급금 송금 통지서”만으로는 부가가치세 환급조사에 대한 결정 내용을 통지한 것이라고 볼 수 없고, 처분청이 쟁점매입세액이 공제되지 않는 세액이라는 의사표시는 결정전 조사내용통지서에 의하여 한 것이고, 청구법인이 위 통지를 받은 날이 “당해 처분이 있었던 것을 안 날”이므로 청구법인이 한 이의신청은 적법한 것이다.

(2) 청구법인은 석유사업법 시행령 제12조의 2의 규정에 의하여 석유사업기금의 관리·운용에 관한 사무를 정부로부터 포괄적으로 위임받은 것이므로 동 기금으로 건설하는 원유비축기지 관련 매입세액을 청구법인의 사업과 관련없는 매입세액이라 하여 매출세액에서 공제하지 않는 것은 부당하다. 또한, 국세청장의 유권해석(부가22601-1397, 92.9.8)에서는 석유사업기금 사업을 위탁받아 자기명의로 재화를 공급하는 때에는 부가가치세가 과세되는 것이라고 하여 청구법인은 위 유권해석에 따라 계속적으로 신고를 하고 매입세액으로 공제받아 왔던 것이므로 처분청의 이 건 매입세액불공제는 신의성실의 원칙을 무시한 소급과세에 해당하므로 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) ’94년 제1기 예정신고분에 대한 환급통보일은 94.6.10.이고, 이의신청일은 94.11.9.이므로 불복청구기한을 지난 청구에 해당한다.

(2) 석유사업법 제17조의 5의 규정에 의하면 석유사업기금은 상공자원부장관이 관리, 운용하도록 규정되어 있고, 청구법인은 상공자원부장관으로부터 위탁받은 것에 불과하여 석유사업기금으로 건설한 원유비축기지는 정부가 취득한 것으로 보아야 하고 따라서 취득시 부담한 매입세액은 정부가 최종소비자로서 부담한 것이고 “쟁점매입세액”은 공제대상이 아니라는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. ’94년 제1기 예정신고분 부가가치세 매입세액불공제에 대하여 적법한 청구로 보아 본안 심리를 할 수 있는지 여부

(1) 관계법령

㉮ 국세기본법 제21조 제1항에서 “국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다”고 규정하고 그 제7호에서 “부가가치세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때”라고 규정하고 있고,

같은법 제22조 제1항에서 “국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다”고 규정하고 있으며,

㉯ 국세기본법 제61조 및 제66조의 규정에 의하면 이의신청은 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 90일)내에 당해처분을 하거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 당해세무서장을 거쳐 소관지방국세청장에게 하여야 한다고 규정하고 있다.

㉰ 부가가치세법 제24조 제1항의 규정에 의하면 “정부는 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다”고 규정하고, 제2항 본문 및 제2호에서는 『정부는 사업자가 “사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 때”에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다』고 규정하고 있으며,

같은법시행령 제72조 제1항에서는 “법 제24조 제1항에 규정하는 환급세액은 각 과세기간별로 확정신고기한 경과 후 30일내(법 제24조 제2항의 경우에는 15일이내)에 사업자에게 환급하여야 한다”고 규정하고 있다.

㉱ 한편 같은법시행령 제73조(조기환급) 제1항에서는 “법 제24조 제2항에서 규정하는 환급세액은 각 예정신고기간별로 그 예정신고기한 경과 후 15일이내에 사업자에게 환급하여야 한다”고 규정하고 있다.

㉲ 부가가치세법 제21조 제1항 본문에서는 “정부는 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다”고 규정하고, 제2호에서는 “확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때”를 규정하고 있다.

(2) 적법한 청구로 볼 수 있는지 여부에 대하여

청구법인은 ’94년 제1기 부가가치세 예정신고와 함께 “조기환급신고”를 함에 있어서 원유비축기지건설관련 부가가치세매입세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 “조기환급신고”를 하였고, 처분청은 동신고내용에 대하여 원유비축기지건설관련 부가가치세매입세액은 공제대상에서 제외하고 나머지 환급할 세액을 94.6.10. 조기환급결정하였다.

또한 처분청은 94.9.16. ’94년 제1기과세기간(예정신고기간분 포함)분에 대한 부가가치세 경정(쟁점매입세액 불공제)내용을 청구법인에게 “결정한 조사내용 통지서”에 의하여 통지하였고 94.9.29. 위 과세기간분 부가가치세를 경정하여 환급세액을 청구법인에게 환급하였다.

청구법인은 처분청의 94.6.10. 위 ’94년 제1기 에정신고기간분 조기환급결정과 94.9.29. 94년 제1기 확정신고기간분 경정에 각각 불복하여 94.11.9. 처분청에 이의신청을 거쳐 95.1.19. 심사청구를 하였으나, 국세청장은 94년 제1기 예정신고분 조기환급결정에 대한 불복의 경우 청구기간이 도과되었다는 이유로 “각하” 결정하였다.

납세의무는 각 세법이 정하는 과세요건의 충족 즉 특정의 시기에 특정사실 또는 상태가 존재함으로써 과세대상이 납세의무자에게 귀속되어 세법이 정하는 바에 따라 과세표준의 산정 및 세율의 적용이 가능하게 되는 때에 성립하는 바,

이 건 ’94년 제1기 예정신고분 부가가치세의 경우 그 납세의무성립시기는 예정신고기간(94.7. ~ 94.9.)만으로 독립하여 납세의무가 성립되는 것이 아니고 과세기간(94.6. ~ 94.12.)이 종료하는 때에 성립된다 할 것이다.

특히, 부가가치세법 조기환급제도는 시설투자등을 촉진하기 위하여 이에 관련된 매입세액을 조기에 환급하는 데 있는 것이며, 조기환급신고기간분에 대한 환급경정은 당해 과세기간의 과세표준과 세액을 확정짓는 것이 아니다.

따라서, 쟁점매입세액이 공제대상이 아니라는 경정처분인 ’94년 제1기 과세기간분에 당해 과세기간의 예정신고기간분이 포함되는 바, 그 환급통지를 받은 94.9.29.에 처분이 있은 것으로 보는 것이 타당하므로 위 ’94년 제1기분 경정처분일로부터 60일이내인 94.11.9. 이의신청을 한 이 건은 적법한 청구로 판단되며, 예정신고기간 환급결정만을 따로 떼어 부적법한 청구로 본 것은 잘못이다.

나. 원유비축기지 건설관련 부가가치세 매입세액의 공제여부

(1) 관계법령

부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의하면 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하도록 규정되어 있다.

한편, 국세기본법 제15조에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있고,

같은법 제18조 제3항에서는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 되어있다.

(2) 사실관계

이건의 과세에 이르기까지의 경과를 보면, 77.12.31. 법률 제3071호로 석유사업법이 개정되면서 석유사업기금(이하 “기금”이라 한다)이 신설되어 “기금”의 관리·운용주체가 청구법인으로 되었고, “기금”으로 운영하는 사업은 과세사업(법인세과세, 부가가치세과세등)으로 적용하여 오던 중,

91.1.14. 법률 제4325호로 석유사업법이 개정되면서 “기금”의 관리·운용주체가 상공부장관으로 바뀜에 따라 91.2.21. “기금”운용수익에 대한 법인세 과세여부에 대하여 재무부장관으로부터 면세임을 회신받았으며, 기금운용과 관련된 부가가치세에 대하여는 종전의 예에 따라 과세사업으로 적용하여 왔으나,

92.7.25, 92년 1기분 부가가치세 신고시 부가가치세 환급세액 12,837,000,000원이 발생하자 처분청에서는 환급을 보류하였고, 92.8.4. 청구법인은 국세청장에게 석유사업기금의 정부기금화에 따른 “기금”의 관리·운용과 관련한 부가가치세에 관하여 질의 하였는 바,

그 질의내용을 보면 “석유제품(등유·경유등)의 임대차·원유LPG임대차 및 통관시 수입부가세납부·신규비축기지건설·비축사무소경비용역·비축사무소관리, 운용에 따른 관리비(전력료등)에 관하여 부가가치세 과세여부”를 질의하였고,

국세청장은 92.8.20. 청구법인에게 위 질의내용과 관련하여 “비축원유의 구입·대여권 및 소유권문제, 비축원유대여·상환의 계약당사자, 석유사업기금운용으로 인한 수익의 귀속자, 기금의 관리운용범위”등에 관해 질문하였으며, 청구법인은 위 질문내용에 대해 보충설명하여 92.8.27. 국세청장에게 재질의하였으며,

92.9.8. 국세청장은 청구법인에게 “OOOOOO공사가 석유사업법 제17조의 5 제2항 및 동법시행령 제12조의 2 제1항의 규정에 의하여 동력자원부장관으로부터 석유사업기금사무를 위탁받아 당해 석유사업기금의 관리·운용과 관련하여 자기의 명의로 원유등을 수입·공급하는 때에는 부가가치세가 과세되는 것입니다”라고 회신한 사실이 관련문서에 의해 확인되고,

처분청은 위 국세청장의 회신문(부가22601-1397, 92.9.8.)에 따라 전시 환급보류하였던 92년 1기분 부가가치세를 환급한 이후, 계속 청구법인의 “기금” 운용과 관련된 사업을 과세사업으로 적용해온 사실이 청구법인의 부가가치세 신고·납부서에 의해 확인된다.

그러나 처분청은 국세청장의 새로운 해석을 받은 바도 없이 94.3.18. ’93년 제2기 확정신고분 관련 매입세액을 불공제하였고, 그 이후 이건 쟁점매입세액을 불공제하였다.

한편 94.3.24. 에너지 및 자원사업특별회계법 제정 및 석유사업법 개정으로 이 건 석유사업기금은 정부기금에서 정부가 청구법인에 출자하는 형태로 전환되어 95.1.1 부터는 원유비축기지 건설관련 매입세액은 공제대상이 되는 매입세액인 사실을 알 수 있다.

(3) 판단

이건 과세가 신의성실의 원칙에 반한 것인지를 본다.

국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙이 적용되려면 첫째, 과세관청은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고

둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며

셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고

넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(국심 92서573, 92.6.13, 대법원 88누5280, 90.10.10.등 같은 뜻임)

위 사실관계를 보면 원유비축기지건설과 관련하여 청구법인은 국세청장으로부터 직접 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 받아 이를 믿고 과세사업으로 계속 적용하여 왔는데, 처분청은 국세청장으로부터 새로운 해석을 받은 바 없이 위 공적견해표명에 반하는 처분을 한 것으로, 이는 위 신의성실의 원칙에 위배하는 것이라 할 것이므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다.(국심94서4646, 95.5.16, 같은 뜻임)

다. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.