서울행정법원-2014-구합-74831 (2016.08.26)

하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 오류 또는 누락이 발생한 경우는 재조사의 예외적인 허용사유에 해당함

재조사의 예외적인 허용사유인 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미함

국세기본법 제81조의4세무조사권 남용 금지

2016누65185 법인세등부과처분취소

원고,항소인

●●●● 주식회사

피고,피항소인

○○○세무서장

서울행정법원 2016. 8. 26. 선고 2014구합74831 판결

2017. 5. 18.

2017. 6. 1.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, 2013. 3. 27.자 2007 사업연도 귀속 법인세 4,694,153,270원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 730,613,820원(가산세 포함)의 부과처분 및 2013. 11. 26.자 2010 사업연도 귀속 법인세 3,132,151,640원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 342,839,420원(가산세 포함), 2011 사업연도 귀속 법인세 363,090,560원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 39,590,860원(가산세 포함), 2012 사업연도 귀속 법인세 28,448,840원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 4,613,210원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결 이유는 다음과 같이 일부 내용을 고쳐 쓰고 일부 내용을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

<고쳐 쓰거나 추가하는 부분>

○ 제1심 판결 제4쪽 제16행의 "55,608425,970원"을 "55,608,425,970원"으로 고친다.

○ 제1심 판결 제7쪽 제11행의 "나."를 "다."로 고친다.

○ 제1심 판결 제7쪽 제17행의 "변경시킴으로서"를 "변경시킴으로써"로 고친다.

○ 제1심 판결 제9쪽 제2행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

라. 위법한 중복세무조사 주장에 관한 판단

1) 원고는, 피고가 원고에 대하여 한 2013. 3. 27.자 2007 사업연도 귀속 법인세 및 농어촌특별세는 위법한 중복세무조사에 따라 이루어진 것으로서 위법하다는 취지로 주장한다.

2) 갑 제1, 4, 9 ~ 12, 15, 16, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) ▲▲지방국세청장은 2009. 4. 7. 원고에게 원고의 2004, 2005 사업연도분에 대한 세무조사(이하 '2009년 세무조사'라 한다)를 통보한 다음 2009. 4. 20.부터 2009. 7. 6.까지 세무조사를 실시하였다.

나) ▲▲지방국세청장은 2009년 세무조사 당시 당초 조사대상기간(2004, 2005 사업연도)에 포함되어 있지 않던 2007 사업연도에 대하여도 법인세 전반에 관련된 회계장부 및 재무 관련 서류 등의 제출을 요구하였는데, 그 구체적인 내역은 ① 2003 ~ 2008년 계열사(8개사) 사업보고서, 감사보고서, 결산서, 부가가치세, 원천제세 등 세무신고서, ② 2004 ~ 2008년 감가상각충당금명세서, ③ 2004 ~ 2008년 AAA건설 공사 리스트, ④ 2004 ~ 2008년 보유토지 리스트(면적 포함), ⑤ 2004 ~ 2008년 과세자료(부가세, 관세, 부동산양도) 소명자료(계산서, 기부금 등), ⑥ □□공장 폐석회 매립공사 관련 자료, ⑦ 복리후생비, ⑧ 법인카드 사용내역, ⑨ 2004 ~ 2008년 무형자산상각비 명세표, ⑩ 품목별 매출원가명세서, ⑪ 관계회사 매입, 매출거래, ⑫ 재고자산 평가손실 자료 등이다.

다) 위와 같은 자료의 제출요구를 받고 원고는 ① 2007, 2008년도 재무제표, 감사보고서, 부가가치세, 원천세 신고내역 및 원고로부터 물적분할한 주식회사 ■■■■(이하 '■■■■'라 한다)의 2008 사업연도 결산서, 세무조정계산서, ② □□공장 폐석회 매립공사 공사도급계약서, ③ 폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부에 대한 검토서와 요약서, 폐석회 매립 진행경과 내용 관련 서류, ④ □□공장 폐석회 매립공사 관련 부가가치세 매출집계표, 기성 부분 검사보고서, 공사비 집행현황, 매립공사 계약 품의서, ⑤ □□공장 폐석회 처리 전표내역, ⑥ ■■■■ 매입세금계산서 샘플, 복구손실충당부채 사용 거래내역, ⑦ BB건설 등 공사업체를 제외한 기간별 폐석회 매립 현황, 폐기물처리시설(매립시설) 사용개시 신고수리 3건 관련 자료, ⑧ 부산석회 적치현황 자료, ⑨ □□남구청 제출 토지이용계획서, 싱가포르 CCC과의 양해각서, 도시개발구역 지정제안서, DD유원지 세부세설 재상정에 따른 보류사항 보완서, ■■■■ 재고자산 매각내역, □□공장 등록증, 소다회제조 허가서, □□공장 청사부지 매매계약서, □□개발 검토용역비 내역, 2008년 □□개발 추진본부 인원 급여내역 등의 자료를 세무조사 공무원에게 모두 제출하였다.

라) 2009년 세무조사 당시 세무조사 공무원은 세무조사 기간인 2009. 5. 21. 원고의 □□공장을 직접 방문하여 폐석회 적치 및 처리현장을 실지확인 후 폐석회 매립비용의 적정 여부를 검토하기도 하였다.

마) ▲▲지방국세청장의 2009년 세무조사에 따른 세무조사 자료를 통보받은 피고는 2009. 7. 2. 원고에 대하여 2007, 2008 사업연도에 대한 법인세를 과세하였다.

바) ▲▲지방국세청은 2013. 3. 11. 원고에 대하여 2009 내지 2011 사업연도분에 대한 법인세 등 조사(이하 '2013년 세무조사'라 한다)를 개시하였다가 2013. 3. 27. 확대조사의 범위를 복구손실충당금 사용금액의 자산화대상 여부 검토로 하여 조사대상 과세기간을 2007, 2008 사업연도까지 확대함과 동시에 2007 사업연도 폐석회처리비용에 대한 법인세 과세예고통지 및 납세고지를 하였다.

사) 한편, 원고는 □□환경단체 등 시민단체로 구성된 '시민위원회'가 2003. 4.경 작성한 'XX제철화학 폐석회 처리 방안 보고서'를 토대로 2003. 12. 31. □□광역시, □□광역시 남구, 시민위원회와 공동으로 폐석회처리 협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 원고의 □□공장 내 해수저수지에 상부폐석회 전량을 매립하고, 위 폐석회 매립부지를 녹지 및 유원지로 조성한 후 □□시민들이 자유롭게 이용할 수 있도록 관리기간 종료시점에 □□광역시 남구에 지상권을 설정하여 줌으로써 영구적으로 개방하는 것이었다.

아) 원고는 이 사건 협약에 따른 폐석회 처리와 관련하여 2003 사업연도부터 2005 사업연도까지 총 845억 8,600만 원을 복구손실충당금으로 설정하고 2007 사업연도부터 실제 지출한 폐석회 처리비용을 전액 손금에 산입하였다. 한편, 원고는 2008. 5. 1. □□공장의 화학제품제조 사업부문을 물적분할하여 ■■■■를 설립하고 2008. 5. 6.까지 분할등기를 마쳤는데, ■■■■ 역시 2008 사업연도부터 실제 지출한 폐석회 처리비용을 전액 손금에 산입하였다.

3) 위 인정사실에 의하면, 2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세에 대한 부분은 2009년 세무조사에서 이미 이루어졌던 동일 세목, 동일 기간에 대하여 실시한 것으로서 중복세무조사라 할 것이다. 이에 대하여 피고는 2009년 세무조사 당시 2007 사업연도에 대하여 세무조사를 한 사실이 없고 단지 연관 사업연도의 일시적인 기간 귀속의 차이로 인해 세무조정사항 등의 경정결의를 한 것으로서 세무조사가 아니라는 취지로 주장하나, 앞서 인정한 사실에 의하면 ▲▲지방국세청장이 2007 사업연도 법인세에 관련하여 원고에 대하여 광범위한 자료의 제출을 요구하였고, 원고로부터 이를 제출받아 조사를 하였음은 물론 현장방문 조사까지 실시한 후 실제로 2007 사업연도에 관하여 원고에게 법인세까지 부과하였음을 알 수 있고, 이로 인하여 원고는 상당한 영업상의 제한을 받을 수밖에 없는 상황이었는바, 이에 의하면 2009년 세무조사 당시 2007 사업연도 법인세에 관하여 세무조사를 실시하였다고 봄이 타당하다.

4) 나아가 위와 같이 2009년 세무조사에서 2007 사업연도 법인세에 관한 세무조사를 한 이후 2013년 세무조사에서 다시 2007 사업연도 법인세에 관하여 세무조사를 실시한 것이 위법한 중복세무조사에 해당하는지에 관하여 살핀다.

구 국세기본법 제81조의4 제1항은 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 함을 규정한 것이고, 제2항은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 재조사를 원칙적으로 금지하는 한편, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 등의 예외적인 경우에는 재조사를 할 수 있도록 규정한 것이다. 이러한 관련 규정들의 문언과 체계 및 입법취지 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'란 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미한다고 해석함이 타당하다. 따라서 다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에도 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. 그런데 완결적인 하나의 행위가 원인이 되어 같은 잘못이 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 자동적으로 반복되는 경우는 물론, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 아니하더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 마찬가지로 하나의 행위가 원인이 된 것으로서 이에 해당한다고 볼 수 있다(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결

참조).

앞서 인정한 사실관계와 위 법리를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고 및 ■■■■가 2007 사업연도부터 폐석회 처리비용을 지출한 것은 이 사건 협약에 따른 것으로서, 비록 각 사업연도에 실제 지출된 폐석회 처리비용액은 폐석회 매립공사의 진척률 등에 따라 결정되는 것이라 하더라도, 이는 폐석회 매립공사의 구체적인 내용을 정하고 있는 이 사건 협약이 예정한 바대로 이루어진 것이므로 하나의 행위가 원인이 된 것이라고 볼 수 있는 점, ② 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 폐석회의 처리는 이 사건 침전지의 형상을 변경시킴으로써 택지조성 등 그 토지의 이용가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서 □□공장 부지에 대한 자본적 지출에 해당하는 점, ③ 그런데도 원고가 이 사건 폐석회 처리비용을 2007 사업연도부터 전액 손금에 산입하였으므로 ▲▲지방국세청에서 2013년 세무조사를 실시하면서 부과제척기간이 임박한 2007 사업연도 법인세와 관련하여 국세기본법 제81조의4 제2항 제3호를 근거로 2007 사업연도 법인세에 관한 부분으로 세무조사를 확대할 필요가 있었던 점 등을 종합하여 보면, 2013년 세무조사 중 2007 사업연도 법인세에 관한 부분은 적법한 세무조사에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

2. 결론

제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.